जीएमएक्स-हेलिक्स - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-हेलिक्स - अल्फा हेलिकॉप्टरों के मूल गुणों की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स हेलिक्स [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-सीएच [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-डीटी ] [-[अभी] [-आर 0 ] [-[क्रम संख्या] [-[नहीं]एफ]
[-[नहीं]डीबी] [-[नहीं]एव] [-एएचएक्सस्टार्ट ] [-आहक्सेंड ]

वर्णन

GMX कुंडलिनी सभी प्रकार के हेलिक्स गुणों की गणना करता है। सबसे पहले, पेप्टाइड को खोजने के लिए जाँच की जाती है
सबसे लंबा पेचदार भाग, जैसा कि हाइड्रोजन बांड और फाई/पीएसआई कोणों द्वारा निर्धारित किया जाता है। वह बिट है
चारों ओर एक आदर्श हेलिक्स से सुसज्जित z-अक्ष और मूल के चारों ओर केन्द्रित। फिर
निम्नलिखित गुणों की गणना की जाती है:

· हेलिक्स त्रिज्या (फ़ाइल त्रिज्या.xvg). यह केवल दो आयामों में आरएमएस विचलन है
सभी कैल्फा परमाणुओं के लिए। इसकी गणना sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) के रूप में की जाती है जहां N है
रीढ़ की हड्डी के परमाणुओं की संख्या. एक आदर्श हेलिक्स के लिए त्रिज्या 0.23 एनएम है।

· ट्विस्ट (फ़ाइल ट्विस्ट.xvg). प्रति अवशेष औसत पेचदार कोण की गणना की जाती है। एक के लिए
अल्फा-हेलिक्स यह 100 डिग्री है, 3-10 हेलिकॉप्टरों के लिए यह छोटा होगा, और 5-हेलिक्सों के लिए यह छोटा होगा
यह बड़ा होगा.

· प्रति अवशेष वृद्धि (फ़ाइल वृद्धि.xvg). प्रति अवशेष पेचदार वृद्धि को इस प्रकार आलेखित किया जाता है
अंतर z-कैल्फा परमाणुओं के बीच समन्वय। एक आदर्श हेलिक्स के लिए, यह 0.15 एनएम है।

· कुल हेलिक्स लंबाई (फ़ाइल len-ahx.xvg). हेलिक्स की कुल लंबाई एनएम में. यह है
बस औसत वृद्धि (ऊपर देखें) पेचदार अवशेषों की संख्या का गुना (नीचे देखें)।

· हेलिक्स द्विध्रुव, केवल रीढ़ की हड्डी (फ़ाइल डिप-ahx.xvg).

· आदर्श हेलिक्स से आरएमएस विचलन, केवल कैल्फा परमाणुओं के लिए गणना की गई (फ़ाइल
आरएमएस-ahx.xvg).

· औसत कैल्फ़ा - कैल्फ़ा डायहेड्रल कोण (फ़ाइल phi-ahx.xvg).

· औसत फाई और पीएसआई कोण (फ़ाइल phipsi.xvg).

· हर्स्ट और ब्रूक्स के अनुसार 222 एनएम पर अण्डाकारता।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-s [<.tpr>] (टॉपोल.टीपीआर)
पोर्टेबल xdr रन इनपुट फ़ाइल

-n [<.ndx>] (index.ndx)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-सीएच [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
संरचना फ़ाइल: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-आर 0 (1)
अनुक्रम में पहली अवशेष संख्या

-[क्रम संख्या (नहीं)
प्रत्येक चरण पर जाँच करें कि अनुक्रम का कौन सा भाग पेचदार है

-[नहीं]एफ (हाँ)
एक आदर्श हेलिक्स में फिट को टॉगल करें

-[नहीं]डीबी (नहीं)
प्रिंट डिबग जानकारी

-[नहीं]एव (नहीं)
ईडी के लिए एक नई 'प्रक्षेपवक्र' फ़ाइल लिखें

-एएचएक्सस्टार्ट (0)
हेलिक्स में पहला अवशेष

-आहक्सेंड (0)
हेलिक्स में अंतिम अवशेष

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