जीएमएक्स-एनएमटीराज - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-एनएमटीराज - एक ईजेनवेक्टर से एक आभासी दोलन प्रक्षेपवक्र उत्पन्न करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स एनएमटीराज [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr ]
[-चरणों ] [-अस्थायी ] [-आयाम ]
[-nframes ]

वर्णन

GMX nmtraj एक eigenvector से एक आभासी प्रक्षेपवक्र उत्पन्न करता है, जो a के अनुरूप होता है
औसत संरचना के चारों ओर हार्मोनिक कार्टेशियन दोलन। eigenvectors को चाहिए
आम तौर पर बड़े पैमाने पर भारित किया जाता है, लेकिन आप उत्पन्न करने के लिए गैर-भारित eigenvectors का उपयोग कर सकते हैं
ओर्थोगोनल गतियाँ. आउटपुट फ़्रेम संपूर्ण को कवर करने वाली प्रक्षेपवक्र फ़ाइल के रूप में लिखे गए हैं
अवधि, और पहला फ्रेम औसत संरचना है। यदि आप प्रक्षेपवक्र को (या) में लिखते हैं
पीडीबी प्रारूप में कनवर्ट करें, आप इसे सीधे PyMol में देख सकते हैं और एक फोटोरिअलिस्टिक भी प्रस्तुत कर सकते हैं
चलचित्र। गति आयाम की गणना आइगेनवैल्यू और पूर्व निर्धारित तापमान से की जाती है,
सभी तरीकों पर ऊर्जा का समविभाजन मानते हुए। गति को स्पष्ट रूप से दिखाई देने के लिए
PyMol आप अवास्तविक रूप से उच्च तापमान सेट करके इसे बढ़ाना चाह सकते हैं।
हालाँकि, ध्यान रखें कि रैखिक कार्टेशियन विस्थापन और द्रव्यमान भार दोनों होंगे
उच्च आयामों के लिए गंभीर संरचना विरूपण का कारण बनता है - यह केवल एक सीमा है
कार्टेशियन सामान्य मोड मॉडल का। डिफ़ॉल्ट रूप से चयनित eigenvector 7 पर सेट है
पहले छह सामान्य मोड स्वतंत्रता की अनुवादात्मक और घूर्णी डिग्री हैं।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
पूर्ण सटीक प्रक्षेपवक्र: ट्र्र CPT TNG

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xtc/.trr/...>] (एनएमटीराज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र gro g96 पीडीबी TNG

अन्य विकल्प:

-eignr (7)
उपयोग करने के लिए eigenvectors की स्ट्रिंग (पहला 1 है)

-चरणों (0.0)
चरणों की स्ट्रिंग (डिफ़ॉल्ट 0.0 है)

-अस्थायी (300)
तापमान (K)

-आयाम (0.25)
eigenvalue<=0 वाले मोड के लिए आयाम

-nframes (30)
उत्पन्न करने के लिए फ़्रेम की संख्या

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके gmx-nmtraj का ऑनलाइन उपयोग करें