जीएमएक्स-आरएमएस - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-आरएमएस - एक संदर्भ संरचना और आरएमएसडी मैट्रिक्स के साथ आरएमएसडी की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स आरएमएस [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-2 [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]]
[-मीर [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]] [-जिला [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]]
[-बिन [<.डेट>]] [-बीएम [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-डीटी ] [-आप ] [-[अभी] [-xvg ]
[-क्या ] [- [नहीं] पीबीसी] [-फिट ] [-पिछला ]
[-[कोई अलगाव नहीं] [-छोड़ें ] [-छोड़ें2 ] [अधिकतम ]
[सफाई MIN ] [-bmax ] [-बीमिन ] [- [नहीं] एमडब्ल्यू]
[-नलेवल ] [-एनजीओ ]

वर्णन

GMX आरएमएस मूल माध्य वर्ग विचलन (आरएमएसडी) की गणना करके दो संरचनाओं की तुलना करता है
आकार-स्वतंत्र rho समानता पैरामीटर (रो) या स्केल्ड आरएचओ (rhosc), मायोरोव और देखें
क्रिप्पन, प्रोटीन्स 22, 273 (1995)। इसके द्वारा चयन किया गया है -क्या.

प्रक्षेपवक्र से प्रत्येक संरचना (-f) की तुलना एक संदर्भ संरचना से की जाती है। संदर्भ
संरचना संरचना फ़ाइल से ली गई है (-s).

विकल्प के साथ -मीर संदर्भ संरचना की दर्पण छवि के साथ तुलना भी है
गणना की गई। यह 'महत्वपूर्ण' मूल्यों के संदर्भ के रूप में उपयोगी है, मायोरोव और देखें
क्रिप्पन, प्रोटीन्स 22, 273 (1995)।

विकल्प -पिछला पिछले फ़्रेम के साथ फ़्रेम की निर्दिष्ट संख्या की तुलना करता है
पहले.

विकल्प -m में एक मैट्रिक्स उत्पन्न करता है .एक्सपीएम में प्रत्येक संरचना के तुलनात्मक मूल्यों का प्रारूप
एक दूसरे की संरचना के संबंध में प्रक्षेप पथ। इस फ़ाइल को for के साथ विज़ुअलाइज़ किया जा सकता है
उदाहरण xv और इसे पोस्टस्क्रिप्ट में बदला जा सकता है GMX xpm2ps.

विकल्प -फिट एक-दूसरे के ऊपर संरचनाओं की न्यूनतम-वर्ग फिटिंग को नियंत्रित करता है:
पूर्ण फिट (रोटेशन और अनुवाद), केवल अनुवाद, या बिल्कुल भी फिटिंग नहीं।

विकल्प -एमडब्ल्यू यह नियंत्रित करता है कि बड़े पैमाने पर वजन लिया गया है या नहीं। यदि आप विकल्प का चयन करते हैं
(डिफ़ॉल्ट) और एक वैध आपूर्ति करें टीपीआर फ़ाइल समूह वहां से ले लिया जाएगा, अन्यथा
जनता से अनुमान लगाया जाएगा atommass.dat में फाइल जीएमएक्सएलआईबी. यह प्रोटीन के लिए ठीक है,
लेकिन जरूरी नहीं कि यह अन्य अणुओं के लिए हो। 12.011 एएमयू (कार्बन) का डिफ़ॉल्ट द्रव्यमान निर्दिष्ट किया गया है
अज्ञात परमाणुओं को. आप इसे चालू करके जांच सकते हैं कि ऐसा हुआ है या नहीं -डीबग झंडा और
लॉग फ़ाइल का निरीक्षण करना।

- -2, 'अन्य संरचनाएं' दूसरे प्रक्षेपवक्र से ली गई हैं, इससे एक उत्पन्न होता है
एक प्रक्षेपवक्र बनाम दूसरे प्रक्षेपवक्र की तुलना मैट्रिक्स।

विकल्प -बिन तुलना मैट्रिक्स का बाइनरी डंप करता है।

विकल्प -बीएम के अनुरूप औसत बांड कोण विचलन का एक मैट्रिक्स तैयार करता है -m
विकल्प। तुलना समूह में केवल परमाणुओं के बीच के बंधन पर विचार किया जाता है।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-2 [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी) (वैकल्पिक)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-मीर [<.xvg>] (rmsdmir.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-a [<.xvg>] (avgrp.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-जिला [<.xvg>] (आरएमएसडी-जिला.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-m [<.xpm>] (आरएमएसडी.एक्सपीएम) (वैकल्पिक)
एक्स पिक्समैप संगत मैट्रिक्स फ़ाइल

-बिन [<.डेट>] (rmsd.dat) (वैकल्पिक)
सामान्य डेटा फ़ाइल

-बीएम [<.xpm>] (बॉन्ड.एक्सपीएम) (वैकल्पिक)
एक्स पिक्समैप संगत मैट्रिक्स फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-आप (पीएस)
समय मानों की इकाई: fs, ps, ns, us, ms, s

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-क्या (आरएमएसडी)
संरचनात्मक अंतर माप: आरएमएसडी, आरएचओ, आरएचओएससी

- [नहीं] पीबीसी (हाँ)
पीबीसी चेक

-फिट (सड़ांध+ट्रांस)
संदर्भ संरचना के अनुरूप: रोट+ट्रांस, अनुवाद, कोई नहीं

-पिछला (0)
पिछले फ़्रेम से तुलना करें

-[कोई अलगाव नहीं (नहीं)
स्प्लिट ग्राफ जहां समय शून्य है

-छोड़ें (1)
प्रत्येक एनआर-वें फ्रेम को केवल मैट्रिक्स में लिखें

-छोड़ें2 (1)
प्रत्येक एनआर-वें फ्रेम को केवल मैट्रिक्स में लिखें

अधिकतम (-1)
तुलना मैट्रिक्स में अधिकतम स्तर

सफाई MIN (-1)
तुलना मैट्रिक्स में न्यूनतम स्तर

-bmax (-1)
बांड कोण मैट्रिक्स में अधिकतम स्तर

-बीमिन (-1)
बांड कोण मैट्रिक्स में न्यूनतम स्तर

- [नहीं] एमडब्ल्यू (हाँ)
सुपरपोजिशन के लिए मास वेटिंग का उपयोग करें

-नलेवल (80)
मैट्रिक्स में स्तरों की संख्या

-एनजीओ (1)
आरएमएस की गणना करने के लिए समूहों की संख्या

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