gmx-rmsf - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gmx-rmsf - परमाणु उतार-चढ़ाव की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स आरएमएसएफ [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-ओक्यू [<.pdb>]] [-ऑक्स [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-ओडीओ [<.xvg>]] [-ओसी [<.xvg>]] [-दिरो [<.लॉग>]] [-b ]
[-e ] [-डीटी ] [-[अभी] [-xvg ] [- [नहीं] रेस]
[- [नहीं] अनिसो] [-[कोई फिट नहीं]

वर्णन

GMX Rmsf के मूल माध्य वर्ग उतार-चढ़ाव (RMSF, यानी मानक विचलन) की गणना करता है
प्रक्षेपवक्र में परमाणु स्थिति (के साथ आपूर्ति की गई -f) (वैकल्पिक रूप से) फिटिंग के बाद a
संदर्भ फ्रेम (के साथ आपूर्ति की) -s).

विकल्प के साथ -ओक्यू RMSF मानों को B-कारक मानों में बदल दिया जाता है, जिन्हें a . लिखा जाता है
.पीडीबी निर्देशांक के साथ फ़ाइल, संरचना फ़ाइल की, या a .पीडीबी फ़ाइल जब -q is
निर्दिष्ट। विकल्प -ऑक्स औसत निर्देशांक वाली फ़ाइल में बी-कारक लिखता है।

विकल्प के साथ -ओडीओ संदर्भ संरचना के संबंध में मूल माध्य वर्ग विचलन
परिकलित।

विकल्प के साथ -एनिसो, GMX Rmsf अनिसोट्रोपिक तापमान कारकों की गणना करेगा और फिर यह
औसत निर्देशांक भी आउटपुट करेगा और a .पीडीबी ANISOU रिकॉर्ड वाली फ़ाइल (इससे संबंधित
la -ओक्यू or -ऑक्स विकल्प)। कृपया ध्यान दें कि यू मान अभिविन्यास-निर्भर हैं, इसलिए पहले
प्रयोगात्मक डेटा के साथ तुलना करने पर आपको यह सत्यापित करना चाहिए कि आप प्रयोगात्मक के लिए उपयुक्त हैं
निर्देशांक।

जब .पीडीबी इनपुट फ़ाइल प्रोग्राम में पास की जाती है और -एनिसो ध्वज एक सहसंबंध सेट है
उइज का भूखंड बनाया जाएगा, यदि कोई अनिसोट्रोपिक तापमान कारक मौजूद हैं
.पीडीबी फ़ाइल.

विकल्प के साथ -दिरो औसत एमएसएफ (3x3) मैट्रिक्स विकर्ण है। यह दिशाओं को दर्शाता है
जिसमें परमाणुओं में सबसे अधिक और सबसे कम उतार-चढ़ाव होता है।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

-q [<.pdb>] (ईविट.पीडीबी) (वैकल्पिक)
प्रोटीन डेटा बैंक फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-ओक्यू [<.pdb>] (बीएफएसी.पीडीबी) (वैकल्पिक)
प्रोटीन डेटा बैंक फ़ाइल

-ऑक्स [<.pdb>] (xaver.पीडीबी) (वैकल्पिक)
प्रोटीन डेटा बैंक फ़ाइल

-o [<.xvg>] (आरएमएसएफ.एक्सवीजी)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ओडीओ [<.xvg>] (आरएमएसदेव.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ओसी [<.xvg>] (correl.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-दिरो [<.लॉग>] (आरएमएसएफ.लॉग) (वैकल्पिक)
लॉग फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

- [नहीं] रेस (नहीं)
प्रत्येक अवशेष के लिए औसत की गणना करें

- [नहीं] अनिसो (नहीं)
अनिसोट्रोपिक टर्मपेचर कारकों की गणना करें

-[कोई फिट नहीं (हाँ)
आरएमएसएफ की गणना करने से पहले कम से कम वर्ग सुपरपोजिशन करें। इसके बिना आपको जरूर बनाना चाहिए
सुनिश्चित करें कि संदर्भ संरचना और प्रक्षेपवक्र मेल खाते हैं।

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