जीएमएक्स-रोटैकएफ - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gmx-rotacf - अणुओं के लिए घूर्णी सहसंबंध फ़ंक्शन की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स रोटैकएफ [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-डीटी ]
[-[अभी] [-xvg ] [-[सिर हिलाकर सहमति देना] [-[नहीं]एवर]
[-एकफ्लेन ] [- [नहीं] सामान्य करें] [-P ]
[-फिटफ़एन ] [-बेगिनफिट ] [-एंडफिट ]

वर्णन

GMX रोटैकएफ अणुओं के लिए घूर्णी सहसंबंध फ़ंक्शन की गणना करता है। परमाणु त्रिक
(i,j,k) दो वैक्टर ij और jk को परिभाषित करते हुए इंडेक्स फ़ाइल में दिया जाना चाहिए। घूर्णी
ACF की गणना वेक्टर n = ij x jk, यानी के ऑटोसहसंबंध फ़ंक्शन के रूप में की जाती है
दो वैक्टरों का क्रॉस उत्पाद। चूँकि तीन परमाणु एक तल में फैले होते हैं, इसलिए तीनों का क्रम
परमाणु कोई मायने नहीं रखता. वैकल्पिक रूप से, का आह्वान करके -d स्विच, आप गणना कर सकते हैं
में परमाणु जोड़े (i,j) को निर्दिष्ट करके रैखिक अणुओं के लिए घूर्णी सहसंबंध फ़ंक्शन
अनुक्रमणिका फ़ाइल.

उदाहरण

GMX रोटैकएफ -P 1 -nparm 2 -एफएफटी -n अनुक्रमणिका -o रोटैकएफ-एक्स-पी1 -fa expfit-x-P1 -बेगिनफिट 2.5
-एंडफिट 20.0

यह प्रथम क्रम लीजेंड्रे का उपयोग करके घूर्णी सहसंबंध फ़ंक्शन की गणना करेगा
सूचकांक फ़ाइल द्वारा परिभाषित वेक्टर के कोण का बहुपद। सहसंबंध समारोह
2.5 पीएस से 20.0 पीएस तक दो-पैरामीटर घातांक में फिट किया जाएगा।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr>] (टॉपोल.टीपीआर)
पोर्टेबल xdr रन इनपुट फ़ाइल

-n [<.ndx>] (index.ndx)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-[सिर हिलाकर सहमति देना (नहीं)
सहसंबंध फलन के लिए त्रिक (तल) के स्थान पर सूचकांक द्विक (वेक्टर) का उपयोग करें

-[नहीं]एवर (हाँ)
अणुओं पर औसत

-एकफ्लेन (-1)
ACF की लंबाई, डिफ़ॉल्ट रूप से फ़्रेम की संख्या का आधा है

- [नहीं] सामान्य करें (हाँ)
एसीएफ को सामान्य करें

-P (0)
एसीएफ के लिए लीजेंड्रे बहुपद का क्रम (0 इंगित नहीं करता है): 0, 1, 2, 3

-फिटफ़एन (कोई नहीं)
फ़िट फ़ंक्शन: कोई नहीं, क्स्प, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-बेगिनफिट (0)
समय जहां सहसंबंध समारोह के घातीय फिट शुरू करने के लिए

-एंडफिट (-1)
सहसम्बन्ध फलन के घातांकीय फिट को समाप्त करने का समय, -1 तब तक है जब तक
समाप्त

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