जीएमएक्स-स्थानिक - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-स्थानिक - स्थानिक वितरण फ़ंक्शन की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स स्थानिक [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-डीटी ] [-[अभी] [- [नहीं] पीबीसी]
[-[नहीं]डिव] [-इग्न ] [-बिन ] [-नाब ]

वर्णन

GMX स्थानिक स्थानिक वितरण फ़ंक्शन की गणना करता है और इसे ऐसे रूप में आउटपुट करता है जो कर सकता है
वीएमडी द्वारा गॉसियन98 क्यूब प्रारूप के रूप में पढ़ा जा सकता है। 32,000 परमाणुओं और 50 एनएस की एक प्रणाली के लिए
प्रक्षेपवक्र, एसडीएफ लगभग 30 मिनट में तैयार किया जा सकता है, जिसमें अधिकांश समय समर्पित होता है
दो के माध्यम से चलाता है trjconv जो हर चीज़ को ठीक से केन्द्रित करने के लिए आवश्यक है। यह
जगह का एक पूरा गुच्छा भी लेता है (प्रक्षेपवक्र फ़ाइल की 3 प्रतियां)। फिर भी, तस्वीरें
जब उपयुक्त चयन ठीक से किया जाता है तो ये सुंदर और बहुत जानकारीपूर्ण होते हैं। 3-4 परमाणुओं में
एक व्यापक रूप से गतिशील समूह (समाधान में एक मुक्त अमीनो एसिड की तरह) अच्छी तरह से काम करता है, या का चयन करें
विलायक का एसडीएफ प्राप्त करने और देखने के लिए एक स्थिर मुड़ी हुई संरचना में प्रोटीन रीढ़ की हड्डी
समय-औसत सॉल्वेशन शेल। एसडीएफ उत्पन्न करने के लिए इस प्रोग्राम का उपयोग करना भी संभव है
कुछ मनमाने कार्टेशियन समन्वय पर आधारित। ऐसा करने के लिए, बस प्रारंभिक को छोड़ दें GMX
trjconv कदम।

उपयोग:

1. उपयोग GMX make_ndx उन परमाणुओं से युक्त एक समूह बनाने के लिए जिसके चारों ओर आप एसडीएफ चाहते हैं

2. GMX trjconv -s ए.टी.पी.आर -f ए.टी.एन.जी -o बी.टी.एन.जी -बॉक्ससेंटर ट्रिक -उर सघन -पीबीसी कोई नहीं

3. GMX trjconv -s ए.टी.पी.आर -f बी.टी.एन.जी -o सी.टी.एन.जी -फिट सड़ांध+ट्रांस

4. रन GMX स्थानिक पर सी.टी.एन.जी चरण #3 का आउटपुट।

5. भार ग्रिड.घन वीएमडी में और एक आइसोसतह के रूप में देखें।

नोट मिसेलस जैसी प्रणालियों की आवश्यकता होगी GMX trjconv -पीबीसी समूह चरण 1 के बीच
और 2।

:
एसडीएफ एक क्यूब के लिए तैयार किया जाएगा जिसमें सभी डिब्बे होंगे जिनमें कुछ गैर-शून्य होगा
अधिभोग. हालाँकि, तैयारी -फिट सड़ांध+ट्रांस विकल्प GMX trjconv इसका आशय है
आपका सिस्टम अंतरिक्ष में घूम रहा होगा और अनुवाद कर रहा होगा (ताकि चयनित समूह
नहीं करता)। इसलिए लौटाए गए मान केवल कुछ क्षेत्र के लिए मान्य होंगे
आपके केंद्रीय समूह/समन्वय के चारों ओर, जिसका संपूर्ण सिस्टम वॉल्यूम के साथ पूर्ण ओवरलैप है
प्रक्षेपवक्र के दौरान संपूर्ण अनुवादित/घुमाया गया सिस्टम। यह तक है
उपयोगकर्ता यह सुनिश्चित करने के लिए कि यह मामला है।

जोखिम भरा विकल्पों
आवश्यक स्थान और समय की मात्रा को कम करने के लिए, आप केवल उन कोर्डर्स को आउटपुट कर सकते हैं जो मौजूद हैं
पहले और बाद के रन थ्रू में उपयोग किया जाएगा GMX trjconv. हालाँकि, सुनिश्चित करें
स्थित -नाब पर्याप्त रूप से उच्च मान का विकल्प क्योंकि क्यूब बिन के लिए मेमोरी आवंटित की जाती है
प्रारंभिक निर्देशांक और के आधार पर -नाब विकल्प मान।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

- [नहीं] पीबीसी (नहीं)
दूरी की गणना के लिए आवधिक सीमा शर्तों का प्रयोग करें

-[नहीं]डिव (हाँ)
परमाणुओं/न्यूनतम घन के आधार पर बिन अधिभोग के लिए विभाजक की गणना करें और लागू करें
आकार। विज़ुअलाइज़ेशन के लिए TRUE और FALSE के रूप में सेट करें (-नोडिव) सटीक गणना प्राप्त करने के लिए
प्रति फ्रेम

-इग्न (-1)
बाहरी घनों की इस संख्या को प्रदर्शित न करें (सकारात्मक मान सीमा को कम कर सकते हैं
धब्बेदार; -1 सुनिश्चित करता है कि बाहरी सतह दिखाई दे रही है)

-बिन (0.05)
डिब्बे की चौड़ाई (एनएम)

-नाब (4)
उचित मेमोरी आवंटन सुनिश्चित करने के लिए अतिरिक्त डिब्बे की संख्या

ज्ञात मुद्दें

· जब आवंटित मेमोरी पर्याप्त बड़ी नहीं है, तो विभाजन दोष उत्पन्न हो सकता है। यह है
आमतौर पर इसका पता चल जाता है और चेतावनी प्रदर्शित करते समय प्रोग्राम को खराबी से पहले ही रोक दिया जाता है
के उपयोग का सुझाव देने वाला संदेश -नाब (अतिरिक्त डिब्बे की संख्या) विकल्प। हालांकि
प्रोग्राम ऐसी सभी घटनाओं का पता नहीं लगाता. यदि आपको कोई विभाजन दोष मिलता है, तो उसे चलाएँ
फिर से बढ़ोतरी के साथ -नाब मूल्य.

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके gmx-spatial का ऑनलाइन उपयोग करें