gmx-trjconv - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gmx-trjconv - प्रक्षेपवक्र फ़ाइलों को परिवर्तित और हेरफेर करता है

SYNOPSIS

जीएमएक्स ट्रजकॉनव [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-NS [<.ndx>]] [-विषय [<.ndx>]] [ड्रॉप [<.xvg>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-b ] [-e ]
[-आप ] [-[अभी] [-xvg ] [-छोड़ें ]
[-डीटी ] [- [नहीं] गोल] [-डंप करना ] [-0 ]
[-समय का कदम ] [-पीबीसी ] [-उर ]
[- [नहीं] केंद्र] [-बॉक्ससेंटर ] [-डिब्बा ]
[-ट्रांस ] [-खिसक जाना ] [-फिट ]
[-एनडीसी ] [-[उपन्यास] [- [नहीं] बल] [-ट्रंक ]
[-चलाना ] [-विभाजित करें ] [- [नहीं] सितंबर]
[-नज़ेरो ] [-ड्रॉपअंडर ] [-छोड़ना ]
[- [नहीं] कनेक्ट]

वर्णन

GMX trjconv प्रक्षेपवक्र फ़ाइलों को कई तरह से परिवर्तित कर सकते हैं:

· एक प्रारूप से दूसरे प्रारूप में

परमाणुओं का एक उपसमुच्चय चुनें

· आवधिक प्रतिनिधित्व बदलें

मल्टीमेरिक अणुओं को एक साथ रखें

बॉक्स में परमाणुओं को केन्द्रित करें

· संदर्भ संरचना के लिए परमाणुओं को फिट करें

· फ्रेम की संख्या कम करें

· फ़्रेम का टाइमस्टैम्प बदलें (-0 और -समय का कदम)

इंडेक्स फाइल में दी गई जानकारी के अनुसार प्रक्षेपवक्र को छोटे सबट्रैजेक्टरी में काटें।
यह सबट्रैजेक्टरीज के बाद के विश्लेषण की अनुमति देता है, उदाहरण के लिए, हो सकता है
क्लस्टर विश्लेषण के परिणाम विकल्प का प्रयोग करें -विषय. यह मानता है कि में प्रविष्टियाँ
अनुक्रमणिका फ़ाइल फ़्रेम संख्याएँ होती हैं और अनुक्रमणिका फ़ाइल में प्रत्येक समूह को एक अलग करने के लिए डंप करती हैं
प्रक्षेपवक्र फ़ाइल।

एक में दी गई मात्रा की एक निश्चित सीमा के भीतर फ्रेम का चयन करें .xvg फ़ाइल.

GMX trjcat एकाधिक प्रक्षेपवक्र फ़ाइलों को संयोजित करने के लिए बेहतर अनुकूल है।

निम्नलिखित प्रारूप इनपुट और आउटपुट के लिए समर्थित हैं: .xtc, टीआरआर, ग्रो, .जी96 और .पीडीबी.
फ़ाइल एक्सटेंशन से फ़ाइल स्वरूपों का पता लगाया जाता है। की शुद्धता .xtc और ग्रो
आउटपुट इनपुट फ़ाइल से लिया जाता है .xtc, ग्रो और .पीडीबी, और से -एनडीसी के लिए विकल्प
अन्य इनपुट प्रारूप। सटीकता हमेशा से ली जाती है -एनडीसी, जब यह विकल्प सेट हो।
अन्य सभी प्रारूपों में निश्चित सटीकता है। टीआरआर आउटपुट सिंगल या डबल सटीक हो सकता है,
की शुद्धता के आधार पर GMX trjconv द्विआधारी। ध्यान दें कि वेग केवल हैं
में समर्थित टीआरआर, ग्रो और .जी96 फाइलें.

विकल्प -सेपू हर फ्रेम को अलग से लिखने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है .ग्रो, .जी96 or .पीडीबी फ़ाइल। द्वारा
डिफ़ॉल्ट, सभी फ़्रेम सभी एक फ़ाइल में लिखे गए हैं। .पीडीबी सभी फ़्रेमों के साथ फ़ाइलें संयोजित कर सकते हैं
के साथ देखा जा सकता है रसमोल -एनएमआरपीडीबी.

अपने प्रक्षेपवक्र के हिस्से का चयन करना और इसे एक नई प्रक्षेपवक्र फ़ाइल में लिखना संभव है
डिस्क स्थान बचाने के लिए, उदाहरण के लिए प्रोटीन के प्रक्षेपवक्र से पानी छोड़ने के लिए
पानी में। हमेशा मूल प्रक्षेपवक्र को टेप पर रखें! हम पोर्टेबल का उपयोग करने की सलाह देते हैं
.xtc डिस्क स्थान बचाने और पोर्टेबल फ़ाइलें रखने के लिए आपके विश्लेषण के लिए प्रारूप।

एक संदर्भ के लिए प्रक्षेपवक्र फिट करने के लिए या तो आवश्यक के लिए दो विकल्प हैं
गतिकी विश्लेषण, आदि। पहला विकल्प एक संदर्भ संरचना के लिए सिर्फ सादा फिटिंग है
संरचना फ़ाइल में। दूसरा विकल्प एक प्रगतिशील फिट है जिसमें पहली समय सीमा
प्राप्त करने के लिए संरचना फ़ाइल में संदर्भ संरचना के लिए फिट है और प्रत्येक अनुवर्ती
समय सीमा पहले से सज्जित संरचना में फिट की गई है। इस तरह एक सतत प्रक्षेपवक्र
उत्पन्न होता है, जो नियमित रूप से फिट विधि का उपयोग करते समय ऐसा नहीं हो सकता है, उदाहरण के लिए जब
आपका प्रोटीन बड़े गठनात्मक संक्रमणों से गुजरता है।

विकल्प -पीबीसी आवधिक सीमा स्थिति उपचार का प्रकार निर्धारित करता है:

· मोल अणुओं के द्रव्यमान का केंद्र बॉक्स में रखता है, और इसके लिए एक रन इनपुट फ़ाइल की आवश्यकता होती है
के साथ आपूर्ति की जा -s.

· रेस अवशेषों के द्रव्यमान का केंद्र बॉक्स में रखता है।

· परमाणु सभी परमाणुओं को बॉक्स में रखता है।

· नोजम्प जाँचता है कि क्या परमाणु बॉक्स के पार कूदते हैं और फिर उन्हें वापस रख देते हैं। इसमें है
प्रभाव है कि सभी अणु पूरे रहेंगे (बशर्ते वे प्रारंभिक में पूरे थे
रचना)। नोट कि यह एक सतत प्रक्षेपवक्र सुनिश्चित करता है लेकिन अणु हो सकते हैं
बॉक्स से बाहर फैलाना। इस प्रक्रिया के लिए प्रारंभिक विन्यास से लिया गया है
संरचना फ़ाइल, यदि कोई आपूर्ति की जाती है, अन्यथा यह पहला फ्रेम है।

· समूह चयनित सूचकांक में सभी परमाणुओं को इस तरह समूहित करता है कि वे सभी निकटतम हैं
क्लस्टर के द्रव्यमान के केंद्र में, जिसे पुनरावृत्त रूप से अद्यतन किया जाता है। नोट वह यह
केवल तभी सार्थक परिणाम देगा जब आपके पास वास्तव में एक क्लस्टर होगा। सौभाग्य से यह हो सकता है
एक प्रक्षेपवक्र दर्शक का उपयोग करके बाद में जाँच की गई। यह भी ध्यान दें कि यदि आपके अणु हैं
टूटा यह भी काम नहीं करेगा।

अलग विकल्प -क्लस्टरसेंटर के लिए एक अनुमानित केंद्र निर्दिष्ट करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
क्लस्टर। यह उपयोगी है उदाहरण के लिए यदि आपके पास दो बड़े पुटिकाएं हैं, और आप चाहते हैं
अपनी सापेक्ष स्थिति बनाए रखें।

· पूरा का पूरा केवल टूटे हुए अणुओं को पूरा बनाता है।

विकल्प -उर विकल्पों के लिए इकाई सेल प्रतिनिधित्व सेट करता है मोल, रेस और परमाणु of -पीबीसी। सभी
ट्राईक्लिनिक बॉक्स के लिए तीन विकल्प अलग-अलग परिणाम देते हैं और के लिए समान परिणाम देते हैं
आयताकार बक्से। रेक्ट साधारण ईंट आकार है। ट्रिक ट्राइक्लिनिक यूनिट सेल है।
सघन सभी परमाणुओं को बॉक्स के केंद्र से निकटतम दूरी पर रखता है। यह हो सकता है
देखने के लिए उपयोगी है जैसे काटे गए अष्टफलक या समचतुर्भुज डोडेकाहेड्रा। के लिए केंद्र
विकल्पों ट्रिक और सघन is ट्रिक (नीचे देखें), जब तक विकल्प -बॉक्ससेंटर सेट है
अलग ढंग से।

विकल्प -center सिस्टम को बॉक्स में केन्द्रित करता है। उपयोगकर्ता उस समूह का चयन कर सकता है जिसका उपयोग किया जाता है
ज्यामितीय केंद्र का निर्धारण करने के लिए। विकल्प -बॉक्ससेंटर के केंद्र का स्थान निर्धारित करता है
विकल्पों के लिए बॉक्स -पीबीसी और -center. केंद्र विकल्प हैं: ट्रिक: के योग का आधा
बॉक्स वैक्टर, रेक्ट: बॉक्स विकर्ण का आधा, शून्य: शून्य। विकल्प का प्रयोग करें -पीबीसी मोल इसके अलावा में
सेवा मेरे -center जब आप केंद्र के बाद बॉक्स में सभी अणु चाहते हैं।

विकल्प -डिब्बा नए बॉक्स का आकार सेट करता है। यह विकल्प केवल प्रमुख आयामों के लिए काम करता है
और इस प्रकार आम तौर पर केवल आयताकार बक्से के लिए उपयोगी होता है। यदि आप केवल कुछ को संशोधित करना चाहते हैं
आयामों की, उदाहरण के लिए जब एक प्रक्षेपवक्र से पढ़ते हैं, तो आप उनके लिए -1 का उपयोग कर सकते हैं
आयाम जो समान रहने चाहिए . के संयोजनों का उपयोग करना हमेशा संभव नहीं होता है
-पीबीसी, -फिट, -उर और -center ठीक वही करने के लिए जो आप एक कॉल में करना चाहते हैं GMX trjconv.
एकाधिक कॉल का उपयोग करने पर विचार करें, और सुझावों के लिए GROMACS वेबसाइट देखें।

- -डीटी, आउटपुट में फ़्रेम की संख्या को कम करना संभव है। यह विकल्प निर्भर करता है
अपने इनपुट प्रक्षेपवक्र में समय की सटीकता पर, इसलिए यदि ये गलत हैं तो इसका उपयोग करें
-समय का कदम समय को संशोधित करने का विकल्प (यह एक साथ किया जा सकता है)। चिकना बनाने के लिए
फिल्में, कार्यक्रम GMX फ़िल्टर लो-पास का उपयोग करते हुए फ्रेम की संख्या को कम कर सकते हैं
आवृत्ति फ़िल्टरिंग, यह उच्च आवृत्ति गतियों के अलियासिंग को कम करता है।

का प्रयोग -ट्रंक GMX trjconv छोटा कर सकते हैं टीआरआर जगह में, यानी फ़ाइल को कॉपी किए बिना। इस
डिस्क I/O (यानी पूर्ण डिस्क) के दौरान एक रन क्रैश होने पर, या दो सन्निहित होने पर उपयोगी होता है
ट्रैजेक्टोरियों को डबल फ्रेम के बिना संयोजित किया जाना चाहिए।

विकल्प -डंप करना आपके से एक विशिष्ट समय पर या उसके निकट एक फ्रेम निकालने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
प्रक्षेपवक्र, लेकिन केवल तभी मज़बूती से काम करता है जब फ़्रेम के बीच का समय अंतराल एक समान हो।

विकल्प ड्रॉप पढ़ता है .xvg समय और मूल्यों के साथ फ़ाइल। जब विकल्प -ड्रॉपअंडर और / या
-छोड़ना सेट हैं, संबंधित विकल्पों के मान के नीचे और ऊपर के मान वाले फ़्रेम
नहीं लिखा जाएगा।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर) (वैकल्पिक)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

-NS [<.ndx>] (फ्रेम्स.एनडीएक्स) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

-विषय [<.ndx>] (क्लस्टर.एनडीएक्स) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

ड्रॉप [<.xvg>] (ड्रॉप.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xtc/.trr/...>] (ट्रैजआउट.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र gro g96 पीडीबी TNG

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-आप (पीएस)
समय मानों की इकाई: fs, ps, ns, us, ms, s

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-छोड़ें (1)
हर एनआर-वें फ्रेम को ही लिखें

-डीटी (0)
केवल तभी फ्रेम लिखें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

- [नहीं] गोल (नहीं)
निकटतम पिकोसेकंड के लिए गोल माप

-डंप करना (-1)
डंप फ्रेम निकटतम निर्दिष्ट समय (पीएस)

-0 (0)
प्रारंभ समय (ps) (डिफ़ॉल्ट: परिवर्तन न करें)

-समय का कदम (0)
इनपुट फ़्रेम (ps) के बीच समय चरण बदलें

-पीबीसी (कोई नहीं)
पीबीसी उपचार (पूर्ण विवरण के लिए सहायता पाठ देखें): कोई नहीं, मोल, रेस, एटम, नोजंप,
क्लस्टर, संपूर्ण

-उर (आयत)
यूनिट-सेल प्रतिनिधित्व: रेक्ट, ट्रिक, कॉम्पैक्ट

- [नहीं] केंद्र (नहीं)
बॉक्स में केंद्र परमाणु

-बॉक्ससेंटर (ट्रिक)
-पीबीसी और -केंद्र के लिए केंद्र: ट्रिक, रेक्ट, शून्य

-डिब्बा (0 0 0)
नए क्यूबिक बॉक्स के लिए आकार (डिफ़ॉल्ट: इनपुट से पढ़ें)

-ट्रांस (0 0 0)
सभी निर्देशांक ट्रांस द्वारा अनुवादित किए जाएंगे। इसे लाभप्रद रूप से जोड़ा जा सकता है
-pbc mol -ur कॉम्पैक्ट के साथ।

-खिसक जाना (0 0 0)
सभी निर्देशांकों को फ्रेमनर*शिफ्ट द्वारा स्थानांतरित किया जाएगा

-फिट (कोई नहीं)
संरचना फ़ाइल में संरचना को रेफरी करने के लिए फिट अणु: कोई नहीं, रोट + ट्रांस,
रोटक्सी+ट्रांसक्सी, अनुवाद, ट्रांसक्सी, प्रोग्रेसिव

-एनडीसी (3)
दशमलव स्थानों की संख्या में .xtc और .gro लेखन के लिए परिशुद्धता

-[उपन्यास (हाँ)
यदि संभव हो तो वेग पढ़ें और लिखें

- [नहीं] बल (नहीं)
यदि संभव हो तो बलों को पढ़ें और लिखें

-ट्रंक (-1)
इस समय के बाद इनपुट प्रक्षेपवक्र फ़ाइल को काटें (ps)

-चलाना
तर्क के रूप में फ्रेम संख्या के साथ प्रत्येक आउटपुट फ्रेम के लिए कमांड निष्पादित करें

-विभाजित करें (0)
नई फ़ाइल लिखना प्रारंभ करें जब t MOD विभाजन = पहली बार (ps)

- [नहीं] सितंबर (नहीं)
प्रत्येक फ़्रेम को एक अलग .gro, .g96 या .pdb फ़ाइल में लिखें

-नज़ेरो (0)
यदि -sep फ़्लैग सेट है, तो फ़ाइल नंबरों के लिए इन कई अंकों का उपयोग करें और प्रीपेन्ड करें
आवश्यकता अनुसार शून्य

-ड्रॉपअंडर (0)
सभी फ़्रेमों को इस मान से नीचे छोड़ें

-छोड़ना (0)
सभी फ़्रेमों को इस मान से ऊपर छोड़ें

- [नहीं] कनेक्ट (नहीं)
लिखते समय कनेक्ट रिकॉर्ड जोड़ें .पीडीबी फ़ाइलें। विज़ुअलाइज़ेशन के लिए उपयोगी
गैर-मानक अणु, उदाहरण के लिए मोटे अनाज वाले

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन gmx-trjconv का उपयोग करें