gmx-tune_pme - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gmx-tune_pme - सेटिंग्स को अनुकूलित करने के लिए PME रैंक के एक फ़ंक्शन के रूप में समय mdrun

SYNOPSIS

जीएमएक्स ट्यून_पीएमई [-s [<.tpr>]] [-सीपीआई [<.सीपीटी>]] [-table [<.xvg>]]
[-टैबलेटफ [<.xvg>]] [-टेबलपी [<.xvg>]]
[-टेबलबी [<.xvg>]] [-रेरुन [<.xtc/.trr/...>]]
[-ईआई [<.edi>]] [-p [<.बाहर>]] [-त्रुटि [<.लॉग>]]
[-इसलिए [<.tpr>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-सीपीओ [<.सीपीटी>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.लॉग>]] [-डीएचडीएलई [<.xvg>]] [-मैदान [<.xvg>]]
[-टीपीआई [<.xvg>]] [-टीपीआईडी [<.xvg>]] [-ईओ [<.xvg>]]
[-भक्त [<.xvg>]] [-रुनावी [<.xvg>]] [-पीएक्स [<.xvg>]]
[-पीएफ [<.xvg>]] [-- [<.xvg>]] [-फ्रॉग [<.लॉग>]]
[-आरएस [<.लॉग>]] [-आरटी [<.लॉग>]] [-एमटीएक्स [<.एमटीएक्स>]]
[-डीएन [<.ndx>]] [-स्वैप [<.xvg>]] [-बस [<.trr/.cpt/...>]]
[-बीएक्स [<.xtc>]] [-बीसीपीओ [<.सीपीटी>]] [-बी सी [<.gro/.g96/...>]]
[रहो [<.edr>]] [-बीजी [<.लॉग>]] [-बीओ [<.xvg>]]
[-बीडीएचडीएलई [<.xvg>]] [-बीफ़ील्ड [<.xvg>]] [-बीटीपीआई [<.xvg>]]
[-बीटीपीआईडी [<.xvg>]] [-बदेवाउट [<.xvg>]] [-ब्रुनाव [<.xvg>]]
[-बीपीएक्स [<.xvg>]] [-बीपीएफ [<.xvg>]] [-बस [<.xvg>]]
[-बस [<.लॉग>]] [-ब्र्स [<.लॉग>]] [-बीआरटी [<.लॉग>]]
[-बीएमटीएक्स [<.एमटीएक्स>]] [-बीडीएन [<.ndx>]] [-बस्वाप [<.xvg>]]
[-xvg ] [-मद्रुन ] [-एनपीई ]
[-एनपीस्ट्रिंग ] [-एनटीएमपीआई ] [-r ]
[अधिकतम ] [सफाई MIN ] [-एनपीएमई ] [-ठीक कर ]
[-आरमैक्स ] [-रमिन ] [-[नहीं]स्केलवडव]
[-एनटीपीआर ] [-कदम ] [-रीसेटस्टेप ]
[-नस्टेप्स ] [- [नहीं] लॉन्च] [- [नहीं] बेंच] [- [नहीं] चेक]
[-जीपीयू_आईडी ] [-[नहीं]परिशिष्ट] [-[नहीं]सीपीनम]
[-डेफएनएम ]

वर्णन

किसी दिए गए नंबर के लिए -एनपीई or -एनटीएमपीआई रैंक के, GMX ट्यून_पमे व्यवस्थित समय GMX मद्रुन
PME-only रैंक की विभिन्न संख्याओं के साथ और यह निर्धारित करता है कि कौन सी सेटिंग सबसे तेज़ है। यह
यह भी जांचें कि क्या पारस्परिक से लोड को स्थानांतरित करके प्रदर्शन को बढ़ाया जा सकता है
इवाल्ड योग का वास्तविक स्थान भाग। बस अपना पास करें टीपीआर फ़ाइल GMX ट्यून_पमे एक साथ
के लिए अन्य विकल्पों के साथ GMX मद्रुन जैसी जरूरत थी।

GMX ट्यून_पमे कॉल करने की जरूरत है GMX मद्रुन और इसलिए यह आवश्यक है कि आप निर्दिष्ट करें कि mdrun . को कैसे कॉल करें
तर्क के साथ -मद्रुन पैरामीटर। इस पर निर्भर करते हुए कि आपने GROMACS का निर्माण कैसे किया है, मान
जैसे 'gmx mdrun', 'gmx_d mdrun', या 'mdrun_mpi' की आवश्यकता हो सकती है।

MPI प्रोग्राम चलाने वाले प्रोग्राम को पर्यावरण चर MPIRUN (डिफ़ॉल्ट .) में सेट किया जा सकता है
'एमपिरुन')। ध्यान दें कि कुछ एमपीआई ढांचे के लिए, आपको एक मशीन प्रदान करने की आवश्यकता है- या
होस्टफाइल इसे MPIRUN चर के माध्यम से भी पारित किया जा सकता है, उदाहरण के लिए

निर्यात MPIRUN="/usr/स्थानीय/mpirun -मशीनफाइल मेजबान" ध्यान दें कि ऐसे मामलों में यह है
संकलन और/या चलाने के लिए सामान्य रूप से आवश्यक है GMX ट्यून_पमे एमपीआई समर्थन के बिना, ताकि यह कर सके
MPIRUN प्रोग्राम को कॉल करें।

वास्तविक बेंचमार्क रन करने से पहले, GMX ट्यून_पमे एक त्वरित जांच करेंगे कि क्या GMX
मद्रुन प्रदान की गई समानांतर सेटिंग्स के साथ अपेक्षा के अनुरूप काम करता है यदि -जाँच विकल्प है
सक्रिय (डिफ़ॉल्ट)। कृपया कॉल करें GMX ट्यून_पमे सामान्य विकल्पों के साथ आप पास होंगे
सेवा मेरे GMX मद्रुन और जोड़ -एनपीई परीक्षण करने के लिए रैंकों की संख्या के लिए, या -एनटीएमपीआई एसटी
धागे की संख्या। आप भी जोड़ सकते हैं -r बेहतर होने के लिए प्रत्येक परीक्षा को कई बार दोहराने के लिए
आँकड़े.

GMX ट्यून_पमे आपके लिए विभिन्न वास्तविक स्थान/पारस्परिक स्थान कार्यभार का परीक्षण कर सकता है। साथ में -एनटीपीआर
आप नियंत्रित करते हैं कि कितने अतिरिक्त टीपीआर फाइलें बढ़े हुए कटऑफ और छोटी के साथ लिखी जाएंगी
क्रमशः फूरियर ग्रिड। आमतौर पर, पहला परीक्षण (नंबर 0) के साथ होगा
इनपुट से सेटिंग्स टीपीआर फ़ाइल; अंतिम परीक्षण (संख्या एनटीपीआर) कूलम्ब होगा
द्वारा निर्दिष्ट कटऑफ -आरमैक्स एक ही समय में कुछ छोटे पीएमई ग्रिड के साथ। इस आखिरी में
परीक्षण, फूरियर रिक्ति को गुणा किया जाता है आरमैक्स/रकूलम्ब। बचा हुआ टीपीआर फ़ाइलें होंगी
इन चरम सीमाओं के बीच समान दूरी वाले कूलम्ब रेडी (और फूरियर स्पेसिंग) हैं। नोट कि
आप सेट कर सकते हैं -एनटीपीआर 1 से यदि आप केवल PME-only रैंक की इष्टतम संख्या चाहते हैं; उस स्तिथि में
आपका सुझाव टीपीआर फ़ाइल अपरिवर्तित रहेगी।

बेंचमार्क रन के लिए, अधिकांश एमडी सिस्टम के लिए 1000 टाइम स्टेप्स का डिफ़ॉल्ट पर्याप्त होना चाहिए।
स्थानीय लोड असंतुलन के अनुकूल होने के लिए गतिशील लोड संतुलन को लगभग 100 समय के चरणों की आवश्यकता होती है,
इसलिए टाइम स्टेप काउंटर डिफ़ॉल्ट रूप से 100 चरणों के बाद रीसेट हो जाते हैं। बड़े सिस्टम के लिए
(>1M परमाणु), साथ ही माप की उच्च सटीकता के लिए, आपको सेट करना चाहिए
-रीसेटस्टेप एक उच्च मूल्य के लिए। md.log आउटपुट में 'डीडी' लोड असंतुलन प्रविष्टियों से
फ़ाइल आप बता सकते हैं कि लोड कितने चरणों के बाद पर्याप्त रूप से संतुलित है। उदाहरण कॉल:

GMX ट्यून_पमे -एनपीई 64 -s प्रोटीन.टीपीआर -प्रक्षेपण

कॉल करने के बाद GMX मद्रुन कई बार, विस्तृत प्रदर्शन जानकारी उपलब्ध है
आउटपुट फ़ाइल पूर्ण.आउट. नोट कि बेंचमार्क के दौरान, कुछ अस्थायी फ़ाइलें
लिखे गए हैं (विकल्प -बी*), ये प्रत्येक परीक्षण के बाद स्वचालित रूप से हटा दिए जाएंगे।

यदि आप चाहते हैं कि सिमुलेशन स्वचालित रूप से अनुकूलित मापदंडों के साथ शुरू हो, तो उपयोग करें
कमांड लाइन विकल्प -प्रक्षेपण.

GPU-सक्षम के लिए मूल समर्थन मद्रुन मौजूद। GPU की आईडी वाली एक स्ट्रिंग दें
जिसे आप ऑप्टिमाइज़ेशन में उपयोग करना चाहते हैं -जीपीयू_आईडी कमांड लाइन तर्क। भिन्न
मद्रुन -जीपीयू_आईडी, इसका मतलब मैपिंग नहीं है, बल्कि केवल योग्य सेट है। g_tune_pm मर्जी
mdrun को कॉल का निर्माण करें जो इस सेट का उचित उपयोग करते हैं, यह मानते हुए कि PP निम्न के साथ रैंक करता है
सूचकांकों को कम सूचकांक वाले GPU के साथ मैप करना चाहिए, और दोनों को नीरस रूप से बढ़ाना चाहिए
संबंधित सेट।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-s [<.tpr>] (टॉपोल.टीपीआर)
पोर्टेबल xdr रन इनपुट फ़ाइल

-सीपीआई [<.सीपीटी>] (राज्य सीपीटी) (वैकल्पिक)
चेकपॉइंट फ़ाइल

-table [<.xvg>] (तालिका.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-टैबलेटफ [<.xvg>] (टैबलेटf.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-टेबलपी [<.xvg>] (टेबलपी.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-टेबलबी [<.xvg>] (तालिका.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-रेरुन [<.xtc/.trr/...>] (फिर से चलाएँ.एक्सटीसी) (वैकल्पिक)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-ईआई [<.edi>] (सैम ईडीआई) (वैकल्पिक)
ईडी नमूना इनपुट

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-p [<.बाहर>] (परफ.आउट)
सामान्य आउटपुट फ़ाइल

-त्रुटि [<.लॉग>] (बेंचर.लॉग)
लॉग फ़ाइल

-इसलिए [<.tpr>] (ट्यूनेड.टीपीआर)
पोर्टेबल xdr रन इनपुट फ़ाइल

-o [<.trr/.cpt/...>] (ट्रेज.टीआरआर)
पूर्ण सटीक प्रक्षेपवक्र: ट्र्र CPT TNG

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (वैकल्पिक)
संपीड़ित प्रक्षेपवक्र (टीएनजी प्रारूप या पोर्टेबल एक्सडीआर प्रारूप)

-सीपीओ [<.सीपीटी>] (राज्य सीपीटी) (वैकल्पिक)
चेकपॉइंट फ़ाइल

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
संरचना फ़ाइल: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष

-e [<.edr>] (ener.edr)
ऊर्जा फ़ाइल

-g [<.लॉग>] (एमडी.लॉग)
लॉग फ़ाइल

-डीएचडीएलई [<.xvg>] (डीएचडीएल.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-मैदान [<.xvg>] (फ़ील्ड.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-टीपीआई [<.xvg>] (टीपीआई.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-टीपीआईडी [<.xvg>] (टीपीडिस्ट.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ईओ [<.xvg>] (edsam.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-भक्त [<.xvg>] (विचलन.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-रुनावी [<.xvg>] (रनवर.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-पीएक्स [<.xvg>] (पुलएक्स.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-पीएफ [<.xvg>] (पुलफ.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-- [<.xvg>] (रोटेशन.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-फ्रॉग [<.लॉग>] (घूर्णन.लॉग) (वैकल्पिक)
लॉग फ़ाइल

-आरएस [<.लॉग>] (rotslabs.log) (वैकल्पिक)
लॉग फ़ाइल

-आरटी [<.लॉग>] (रोट्टोर्क.लॉग) (वैकल्पिक)
लॉग फ़ाइल

-एमटीएक्स [<.एमटीएक्स>] (एनएम.एमटीएक्स) (वैकल्पिक)
हेसियन मैट्रिक्स

-डीएन [<.ndx>] (द्विध्रुव.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

-स्वैप [<.xvg>] (स्वैपियन.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-बस [<.trr/.cpt/...>] (बेंच.trr)
पूर्ण सटीक प्रक्षेपवक्र: ट्र्र CPT TNG

-बीएक्स [<.xtc>] (बेंच.एक्सटीसी)
संपीड़ित प्रक्षेपवक्र (पोर्टेबल xdr प्रारूप): xtc

-बीसीपीओ [<.सीपीटी>] (बेंच.सीपीटी)
चेकपॉइंट फ़ाइल

-बी सी [<.gro/.g96/...>] (बेंच.ग्रो)
संरचना फ़ाइल: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष

रहो [<.edr>] (बेंच.ईडीआर)
ऊर्जा फ़ाइल

-बीजी [<.लॉग>] (बेंच.लॉग)
लॉग फ़ाइल

-बीओ [<.xvg>] (बेंचेडो.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-बीडीएचडीएलई [<.xvg>] (बेंचडीएचडीएल.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-बीफ़ील्ड [<.xvg>] (बेंचफ्लड.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-बीटीपीआई [<.xvg>] (बेंचटीपीआई.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-बीटीपीआईडी [<.xvg>] (बेंचटपिड.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-बदेवाउट [<.xvg>] (बेंचदेव.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ब्रुनाव [<.xvg>] (बेंचर्नव.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-बीपीएक्स [<.xvg>] (बेंचपीएक्स.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-बीपीएफ [<.xvg>] (बेंचपीएफ.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-बस [<.xvg>] (बेंचरोट.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-बस [<.लॉग>] (बेंचरोटा.लॉग) (वैकल्पिक)
लॉग फ़ाइल

-ब्र्स [<.लॉग>] (बेंचरोट्स.लॉग) (वैकल्पिक)
लॉग फ़ाइल

-बीआरटी [<.लॉग>] (बेंचरोट.लॉग) (वैकल्पिक)
लॉग फ़ाइल

-बीएमटीएक्स [<.एमटीएक्स>] (बेंचन.एमटीएक्स) (वैकल्पिक)
हेसियन मैट्रिक्स

-बीडीएन [<.ndx>] (बेंच.एनडीएक्स) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

-बस्वाप [<.xvg>] (बेंचस्वप.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-मद्रुन
अनुकरण चलाने के लिए कमांड लाइन, जैसे 'gmx mdrun' या 'mdrun_mpi'

-एनपीई (1)
परीक्षण चलाने के लिए रैंकों की संख्या (अलग पीएमई रैंक के लिए> 2 होनी चाहिए)

-एनपीस्ट्रिंग (एनपी)
का नाम $एमपीआईआरयूएन विकल्प जो उपयोग करने के लिए रैंकों की संख्या निर्दिष्ट करता है ('np', या 'n';
यदि ऐसा कोई विकल्प नहीं है तो 'कोई नहीं' का उपयोग करें): एनपी, एन, कोई नहीं

-एनटीएमपीआई (1)
परीक्षण चलाने के लिए एमपीआई-थ्रेड्स की संख्या (एमपीआई और एमपिरुन को बंद कर देता है)

-r (2)
प्रत्येक परीक्षण को इसे बार-बार दोहराएं

अधिकतम (0.5)
परीक्षण के लिए पीएमई रैंक का अधिकतम अंश

सफाई MIN (0.25)
परीक्षण के लिए पीएमई रैंक का न्यूनतम अंश

-एनपीएमई (ऑटो)
-मिनट और -मैक्स के भीतर, के लिए सभी संभावित मानों को बेंचमार्क करें -एनपीएमई, या सिर्फ एक उचित
सबसेट। ऑटो -मिन और -मैक्स की उपेक्षा करता है और अनुमान के आसपास उचित मान चुनता है
.tpr से प्राप्त npme के लिए: ऑटो, सभी, सबसेट

-ठीक कर (-2)
यदि >= -1, केवल-पीएमई रैंकों की संख्या में परिवर्तन न करें, इसके बजाय इस निश्चित मान का उपयोग करें
और केवल रकौलॉम्ब और पीएमई ग्रिड रिक्ति भिन्न होती है।

-आरमैक्स (0)
यदि >0, -ntpr>1 के लिए अधिकतम रकौलम्ब
घटाना)

-रमिन (0)
अगर >0, -ntpr>1 . के लिए न्यूनतम रकूलम्ब

-[नहीं]स्केलवडव (हाँ)
स्केल rvdw साथ में rcoulomb

-एनटीपीआर (0)
सक्रिय वॉलेटस टीपीआर बेंचमार्क के लिए फ़ाइलें। अलग-अलग rcoulomb के साथ इतनी सारी फाइलें बनाएं
-rmin और -rmax के आधार पर स्केलिंग कारक। यदि <1, स्वचालित रूप से चुनें
की संख्या टीपीआर परीक्षण करने के लिए फ़ाइलें

-कदम (1000)
इसके लिए समय निकालें बेंचमार्क रन में कई कदम

-रीसेटस्टेप (100)
समय लेने से पहले dlb को इन कई चरणों को संतुलित करने दें (साइकिल काउंटरों को रीसेट करें
इसके बाद कई कदम)

-नस्टेप्स (-1)
यदि गैर-ऋणात्मक है, तो वास्तविक रन में यह कई चरण निष्पादित करें (एनस्टेप्स को ओवरराइट करता है
टीपीआर, जोड़ें सीपीटी कदम)

- [नहीं] लॉन्च (नहीं)
अनुकूलन के बाद वास्तविक सिमुलेशन लॉन्च करें

- [नहीं] बेंच (हाँ)
बेंचमार्क चलाएँ या केवल इनपुट बनाएँ टीपीआर फ़ाइलें?

- [नहीं] चेक (हाँ)
बेंचमार्क चलने से पहले, जांचें कि क्या mdrun समानांतर में काम करता है

-जीपीयू_आईडी
उपयोग के लिए योग्य GPU डिवाइस आईडी की सूची (mdrun के विपरीत, इसका कोई मतलब नहीं है
मानचित्रण)

-[नहीं]परिशिष्ट (हाँ)
जोड़ने के बजाय चेकपॉइंट से जारी रखते समय पिछली आउटपुट फ़ाइलों में जोड़ें
सभी फ़ाइल नामों के लिए सिमुलेशन भाग संख्या (केवल लॉन्च के लिए)

-[नहीं]सीपीनम (नहीं)
चेकपॉइंट फ़ाइलें रखें और नंबर दें (केवल लॉन्च करें)

-डेफएनएम
डिफ़ॉल्ट फ़ाइल नाम सेट करें (केवल लॉन्च करें)

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