рдЕрдВрдЧреНрд░реЗрдЬрд╝реАрдлреНрд░реЗрдВрдЪрд╕реНрдкреЗрдирд┐рд╢

Ad


рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рдлрд╝реЗрд╡рд┐рдХреЙрди

рдЬреАрдПрдордПрдХреНрд╕-рд╡реНрдпреВ - рдХреНрд▓рд╛рдЙрдб рдореЗрдВ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди

рдЙрдмрдВрдЯреВ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рдлреЗрдбреЛрд░рд╛ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рд╡рд┐рдВрдбреЛрдЬ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдпрд╛ рдореИрдХ рдУрдПрд╕ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдкрд░ рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рдореБрдлреНрдд рд╣реЛрд╕реНрдЯрд┐рдВрдЧ рдкреНрд░рджрд╛рддрд╛ рдореЗрдВ рдЬреАрдПрдордПрдХреНрд╕-рд╡реНрдпреВ рдЪрд▓рд╛рдПрдВ

рдпрд╣ рдХрдорд╛рдВрдб рдЬреАрдПрдордПрдХреНрд╕-рд╡реНрдпреВ рд╣реИ рдЬрд┐рд╕реЗ рд╣рдорд╛рд░реЗ рдХрдИ рдореБрдлреНрдд рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рд╡рд░реНрдХрд╕реНрдЯреЗрд╢рди рдЬреИрд╕реЗ рдХрд┐ рдЙрдмрдВрдЯреВ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рдлреЗрдбреЛрд░рд╛ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рд╡рд┐рдВрдбреЛрдЬ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдпрд╛ рдореИрдХ рдУрдПрд╕ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рдлреНрд░реА рд╣реЛрд╕реНрдЯрд┐рдВрдЧ рдкреНрд░рджрд╛рддрд╛ рдореЗрдВ рдЪрд▓рд╛рдпрд╛ рдЬрд╛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИред

рдХрд╛рд░реНрдпрдХреНрд░рдо:

рдирд╛рдо


рдЬреАрдПрдордПрдХреНрд╕-рд╡реНрдпреВ - рдПрдХреНрд╕-рд╡рд┐рдВрдбреЛрдЬ рдЯрд░реНрдорд┐рдирд▓ рдкрд░ рдПрдХ рдкреНрд░рдХреНрд╖реЗрдкрд╡рдХреНрд░ рджреЗрдЦреЗрдВ

SYNOPSIS


рдЬреАрдПрдордПрдХреНрд╕ рджреГрд╢реНрдп [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-b ]
[-e ] [-рдбреАрдЯреА ]

рд╡рд░реНрдгрди


GMX рд░рд╛рдп GROMACS рдкреНрд░рдХреНрд╖реЗрдкрд╡рдХреНрд░ рджрд░реНрд╢рдХ рд╣реИред рдпрд╣ рдкреНрд░реЛрдЧреНрд░рд╛рдо рдПрдХ рдкреНрд░рдХреНрд╖реЗрдкрд╡рдХреНрд░ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓, рдПрдХ рд░рди рдкрдврд╝рддрд╛ рд╣реИ
рдЗрдирдкреБрдЯ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдФрд░ рдПрдХ рдЗрдВрдбреЗрдХреНрд╕ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдФрд░ рдЖрдкрдХреЗ рдорд╛рдирдХ X рдкрд░ рдЖрдкрдХреЗ рдЕрдгреБ рдХреА рдПрдХ 3D рд╕рдВрд░рдЪрдирд╛ рдкреНрд▓реЙрдЯ рдХрд░рддрд╛ рд╣реИ
рдЦрд┐рдбрд╝рдХреА рдХрд╛ рдкрд░реНрджрд╛ред рд╣рд╛рдИ-рдПрдВрдб рдЧреНрд░рд╛рдлрд╝рд┐рдХреНрд╕ рд╡рд░реНрдХрд╕реНрдЯреЗрд╢рди рдХреА рдХреЛрдИ рдЖрд╡рд╢реНрдпрдХрддрд╛ рдирд╣реАрдВ рд╣реИ, рдпрд╣ рдореЛрдиреЛрдХреНрд░реЛрдо рдкрд░ рднреА рдХрд╛рдо рдХрд░рддрд╛ рд╣реИ
рд╕реНрдХреНрд░реАрдиред

рдирд┐рдореНрдирд▓рд┐рдЦрд┐рдд рд╕реБрд╡рд┐рдзрд╛рдПрдБ рд▓рд╛рдЧреВ рдХреА рдЧрдИ рд╣реИрдВ: 3рдбреА рджреГрд╢реНрдп, рд░реЛрдЯреЗрд╢рди, рдЕрдиреБрд╡рд╛рдж рдФрд░ рд╕реНрдХреЗрд▓рд┐рдВрдЧ
рдЖрдкрдХреЗ рдЕрдгреБрдУрдВ рдХрд╛, рдкрд░рдорд╛рдгреБрдУрдВ рдкрд░ рд▓реЗрдмрд▓, рдкреНрд░рдХреНрд╖реЗрдк рдкрде рдХрд╛ рдПрдиреАрдореЗрд╢рди, рдкреЛрд╕реНрдЯрд╕реНрдХреНрд░рд┐рдкреНрдЯ рдореЗрдВ рд╣рд╛рд░реНрдбрдХреЙрдкреА
рдкреНрд░рд╛рд░реВрдк, рдЙрдкрдпреЛрдЧрдХрд░реНрддрд╛ рдкрд░рд┐рднрд╛рд╖рд┐рдд рдкрд░рдорд╛рдгреБ-рдлрд╝рд┐рд▓реНрдЯрд░ рдПрдордЖрдИрдЯреА-рдПрдХреНрд╕ (рд╡рд╛рд╕реНрддрд╡рд┐рдХ рдПрдХреНрд╕), рдЦреБрд▓реА рдЦрд┐рдбрд╝рдХрд┐рдпрд╛рдВ рдФрд░ рдореЛрдЯрд┐рдл, рдЙрдкрдпреЛрдЧрдХрд░реНрддрд╛ рдкрд░ рдЪрд▓рддрд╛ рд╣реИ
рдЕрдиреБрдХреВрд▓ рдореЗрдиреВ, рдЖрд╡рдзрд┐рдХрддрд╛ рд╣рдЯрд╛рдиреЗ рдХрд╛ рд╡рд┐рдХрд▓реНрдк, рдХрдореНрдкреНрдпреВрдЯреЗрд╢рдирд▓ рдмреЙрдХреНрд╕ рджрд┐рдЦрд╛рдиреЗ рдХрд╛ рд╡рд┐рдХрд▓реНрдкред

рдХреБрдЫ рдЕрдзрд┐рдХ рд╕рд╛рдорд╛рдиреНрдп X рдХрдорд╛рдВрдб рд▓рд╛рдЗрди рд╡рд┐рдХрд▓реНрдкреЛрдВ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИ: -рдмреАрдЬреА, -рдлрдЧ рд░рдВрдЧ рдмрджрд▓реЗрдВ, -рдлреЛрдВрдЯ
рдлрд╝реЙрдиреНрдЯрдирд╛рдо рдлрд╝реЙрдиреНрдЯ рдмрджрд▓рддрд╛ рд╣реИ.

рд╡рд┐рдХрд▓реНрдк


рдЗрдирдкреБрдЯ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓реЛрдВ рдХреЛ рдирд┐рд░реНрджрд┐рд╖реНрдЯ рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд╡рд┐рдХрд▓реНрдк:

-f [<.xtc/.trr/...>] (рдЯреНрд░реЗрдЬ.рдПрдХреНрд╕рдЯреАрд╕реА)
рдкреНрд░рдХреНрд╖реЗрдкрд╡рдХреНрд░: рдкрд░рдорд╛рдирдВрдж рдЯреНрд░реНрд░ CPT gro g96 рдкреАрдбреАрдмреА TNG

-s [<.tpr>] (рдЯреЙрдкреЛрд▓.рдЯреАрдкреАрдЖрд░)
рдкреЛрд░реНрдЯреЗрдмрд▓ xdr рд░рди рдЗрдирдкреБрдЯ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓

-n [<.ndx>] (index.ndx) (рд╡реИрдХрд▓реНрдкрд┐рдХ)
рдЕрдиреБрдХреНрд░рдордгрд┐рдХрд╛ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓

рдЕрдиреНрдп рд╡рд┐рдХрд▓реНрдк:

-b (0)
рдкреНрд░рдХреНрд╖реЗрдкрд╡рдХреНрд░ рд╕реЗ рдкрдврд╝рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдкрд╣рд▓рд╛ рдлреНрд░реЗрдо (рдкреАрдПрд╕)

-e (0)
рдкреНрд░рдХреНрд╖реЗрдкрд╡рдХреНрд░ рд╕реЗ рдкрдврд╝рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдЕрдВрддрд┐рдо рдлреНрд░реЗрдо (рдкреАрдПрд╕)

-рдбреАрдЯреА (0)
рдХреЗрд╡рд▓ рдлреНрд░реЗрдо рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░реЗрдВ рдЬрдм рдЯреА рдПрдордУрдбреА рдбреАрдЯреА = рдкрд╣рд▓реА рдмрд╛рд░ (рдкреАрдПрд╕)

рдЬреНрдЮрд╛рдд рдореБрджреНрджреЗрдВ


┬╖ рдмреЙрд▓реНрд╕ рд╡рд┐рдХрд▓реНрдк рдХрд╛рдо рдирд╣реАрдВ рдХрд░рддрд╛

┬╖ рдХрднреА-рдХрднреА рдмрд┐рдирд╛ рдХрд┐рд╕реА рдЕрдЪреНрдЫреЗ рдХрд╛рд░рдг рдХреЗ рдХреЛрд░ рдбрдВрдк рд╣реЛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИ

onworks.net рд╕реЗрд╡рд╛рдУрдВ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдЬреАрдПрдордПрдХреНрд╕-рд╡реНрдпреВ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░реЗрдВ


рдлреНрд░реА рд╕рд░реНрд╡рд░ рдФрд░ рд╡рд░реНрдХрд╕реНрдЯреЗрд╢рди

рд╡рд┐рдВрдбреЛрдЬ рдФрд░ рд▓рд╛рдЗрдиреЗрдХреНрд╕ рдПрдк рдбрд╛рдЙрдирд▓реЛрдб рдХрд░реЗрдВ

рд▓рд┐рдирдХреНрд╕ рдХрдорд╛рдВрдб

Ad