gt-seqmutate - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gt-seqmutate - दिए गए अनुक्रम फ़ाइल(फ़ाइलों) के अनुक्रम को बदलें।

SYNOPSIS

gt अनुक्रमित करें [विकल्प ...] [अनुक्रम_फाइल ...]

वर्णन

-मूल्यांकन करें [मूल्य]
उत्परिवर्तन दर निर्धारित करें (डिफ़ॉल्ट: 1)

-चौड़ाई [मूल्य]
FASTA अनुक्रम मुद्रण के लिए आउटपुट चौड़ाई सेट करें (0 स्वरूपण अक्षम करता है) (डिफ़ॉल्ट: 0)

-o [फ़ाइल का नाम]
आउटपुट को निर्दिष्ट फ़ाइल पर रीडायरेक्ट करें (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-गज़िप [हाँ|नहीं]
gzip संपीड़ित आउटपुट फ़ाइल लिखें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-बज़िप2 [हाँ|नहीं]
bzip2 संपीड़ित आउटपुट फ़ाइल लिखें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

फोर्स [हाँ|नहीं]
आउटपुट फ़ाइल को लिखने के लिए बाध्य करें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-मदद
सहायता प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

-संस्करण
संस्करण की जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

दिए गए अनुक्रमों में प्रत्येक स्थिति के लिए इसे संभाव्यता के साथ यादृच्छिक रूप से निर्धारित किया जाता है
(उत्परिवर्तन दर / 100) यदि दी गई स्थिति उत्परिवर्तित है। यदि हां, तो 80% मामलों में ए
प्रतिस्थापन, क्रमशः 10% में सम्मिलन और 10% में विलोपन किया जाता है। के लिए
प्रतिस्थापन और सम्मिलन की घटनाओं के कारण, न्यूक्लियोटाइड बिना किसी परवाह के यादृच्छिक रूप से उत्पन्न होता है
मूल न्यूक्लियोटाइड. अर्थात् पुनर्प्रतिस्थापन संभव है। यह प्रक्रिया के बराबर है
निम्नलिखित पेपर के पृष्ठ 1867 पर वर्णित एक:

टीडी Wu और सी.के. वतनबे। जीएमएपी: a जीनोमिक मानचित्रण और संरेखण कार्यक्रम एसटी mRNA और ईएसटी
दृश्यों। जैव सूचना विज्ञान, 21(9):1859-1875, 2005.

रिपोर्टिंग बग

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