gtf2gff3p - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gtf2gff3 - GTF स्वरूपित फ़ाइलों को मान्य GFF3 फ़ाइलों में परिवर्तित करता है

VERSION

यह दस्तावेज़ संस्करण 0.1 का वर्णन करता है

SYNOPSIS

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

वर्णन

यह स्क्रिप्ट GTF स्वरूपित फ़ाइलों को मान्य GFF3 स्वरूपित फ़ाइलों में परिवर्तित कर देगी। यह मैप करेगा
कॉलम 3 (\"टाइप\" कॉलम) में मान मान्य SO के लिए है, लेकिन क्योंकि कई गैर मानक शब्द हैं
GTF फ़ाइलों में उस कॉलम में दिखाई दे सकता है, आप अपनी स्वयं की कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल प्रदान करने के लिए उसे संपादित कर सकते हैं
एसओ मैपिंग के लिए जीटीएफ सुविधा। स्क्रिप्ट एक्सॉन, सीडीएस आदि से जीन मॉडल भी बनाएगी
जीटीएफ फ़ाइल में दी गई अन्य सुविधाएँ। फिलहाल इसका एन्सेम्बल और ट्विन्सकैन पर परीक्षण किया जा रहा है
जीटीएफ, और इसे समान विनिर्देश का पालन करने वाली किसी भी अन्य फाइल पर काम करना चाहिए। ऐसा होता है
यूसीएससी तालिका ब्राउज़र से जीटीएफ पर काम नहीं करता क्योंकि वे फ़ाइलें जीन के लिए समान आईडी का उपयोग करती हैं
और प्रतिलेख, इसलिए एक जीन में एकाधिक प्रतिलेखों को समूहित करना असंभव है। देखें
README जो अधिक जानकारी के लिए स्क्रिप्ट के साथ आया है।

विकल्प:

--सीएफजी
कॉन्फ़िग फ़ाइल के लिए फ़ाइल नाम प्रदान करें। इसके साथ प्रदान की गई कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल देखें
प्रारूप विवरण के लिए स्क्रिप्ट। के व्यवहार को संशोधित करने के लिए इस कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल का उपयोग करें
लिखी हुई कहानी। यदि कोई कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल नहीं दी गई है तो यह ./gtf2gff3.cfg ढूंढता है, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg उसी क्रम में।

--मदद
एक विस्तृत मैन पेज शैली सहायता संदेश प्रदान करें और फिर बाहर निकलें।

निदान

"त्रुटि: गुम या गैर-मानक विशेषताएँ: parse_attributes"
जीटीएफ फ़ाइल में एक पंक्ति में कोई विशेषता नहीं थी, या इसका विशेषता कॉलम था
अप्राप्य

"त्रुटि: गैर-प्रतिलेख जीन सुविधा समर्थित नहीं है। कृपया समर्थन के लिए लेखक से संपर्क करें:
बिल्ड_जीन"
यह चेतावनी इंगित करती है कि एक पंक्ति छोड़ दी गई थी क्योंकि इसमें एक गैर-प्रतिलेख शामिल था
जीन सुविधा, और कोड वर्तमान में इस प्रकार की सुविधा को संभालने के लिए सुसज्जित नहीं है।
इसे जोड़ना शायद बहुत कठिन नहीं है, इसलिए यदि आपको यह त्रुटि मिलती है तो मुझसे संपर्क करें और करेंगे
इन सुविधाओं का समर्थन करना पसंद है।

"त्रुटि: प्रतिलेख बनाने के लिए कम से कम एक्सॉन या सीडीएस होना चाहिए: build_trnsc"
कुछ फीचर में एक ट्रांस्क्रिप्ट_आईडी थी और फिर भी कोई एक्सॉन या सीडीएस संबद्ध नहीं था
वह ट्रांसक्रिप्ट_आईडी इसलिए स्क्रिप्ट ट्रांसक्रिप्ट बनाने में विफल रही।

"त्रुटि: seq_id विरोध: मान्य_और_समाप्त_trnsc"
एक ही प्रतिलेख में दो विशेषताएं मिलीं जिनमें समान seq_id साझा नहीं थी।

"त्रुटि: स्रोत विरोध: मान्य_और_फिनिश_टीआरएनएससी"
एक ही प्रतिलेख में दो विशेषताएं मिलीं जो समान स्रोत साझा नहीं करती थीं।

"त्रुटि: प्रकार संघर्ष: मान्य_और_फिनिश_टीआरएनएससी"
एक ही प्रतिलेख में दो विशेषताएँ मिलीं जिनसे समान साझा करने की अपेक्षा की गई थी
टाइप करें और फिर भी उन्होंने टाइप नहीं किया।

"त्रुटि: स्ट्रैंड संघर्ष: मान्य_और_समाप्त_trnsc"
एक ही प्रतिलेख में दो विशेषताएँ मिलीं जो समान स्ट्रैंड को साझा नहीं करती थीं।

"त्रुटि: seq_id विरोध: मान्य_और_बिल्ड_जीन"
एक ही जीन के भीतर दो विशेषताएं मिलीं जो समान seq_id साझा नहीं करती थीं।

"त्रुटि: स्रोत विरोध: मान्य_और_बिल्ड_जीन"
एक ही जीन के भीतर दो विशेषताएं मिलीं जिनका स्रोत समान नहीं था।

"त्रुटि: स्ट्रैंड संघर्ष: मान्य_और_बिल्ड_जीन"
एक ही जीन के भीतर दो विशेषताएं मिलीं जो एक ही स्ट्रैंड को साझा नहीं करती थीं।

"त्रुटि: जीन_आईडी संघर्ष: मान्य_और_बिल्ड_जीन"
एक ही जीन के भीतर दो विशेषताएं मिलीं जिनमें समान जीन_आईडी साझा नहीं थी।

"घातक: पढ़ने के लिए GTF फ़ाइल नहीं खोल सकता: फ़ाइल_नाम।"
पढ़ने के लिए GTF फ़ाइल खोलने में असमर्थ.

"घातक: प्रतिलेख बनाने के लिए एक्सॉन या सीडीएस की आवश्यकता है: प्रोसेस_स्टार्ट"
एक स्टार्ट_कोडन फीचर एनोटेट किया गया था और फिर भी कोई एक्सॉन या सीडीएस संबद्ध नहीं था
उस ट्रांस्क्रिप्ट_आईडी के साथ स्क्रिप्ट विफल हो गई।

"घातक: प्रोसेस_स्टार्ट में परीक्षण न किया गया कोड। सहायता के लिए लेखक से संपर्क करें।"
स्क्रिप्ट 5' यूटीआर की उपस्थिति के आधार पर एक स्टार्ट कोडन का अनुमान लगाने के लिए लिखी गई है, लेकिन हम
जब हमने कोड लिखा था तो हमारे पास इस प्रकार का कोई उदाहरण GTF नहीं था, इसलिए हमने प्रक्रिया को समाप्त कर दिया
अप्रयुक्त कोड चलाने की तुलना में। समर्थन के लिए लेखक से संपर्क करें.

"घातक: अमान्य सुविधा सेट: प्रक्रिया_प्रारंभ"
हमने प्रारंभ कोडन का अनुमान लगाने या एए गैर का अनुमान लगाने के सभी संभावित तरीकों पर विचार करने का प्रयास किया।
कोडिंग जीन, और फिर भी हम असफल रहे हैं। जीन सुविधाओं का आपका संयोजन नहीं बनता है
हमारे लिए समझ में आता है. आपको यह त्रुटि कभी नहीं मिलनी चाहिए, और यदि आपको मिलती है, तो हम वास्तव में देखना चाहेंगे
वह GTF फ़ाइल जिसने इसे उत्पन्न किया। कृपया समर्थन के लिए लेखक से संपर्क करें।

"घातक: प्रतिलेख बनाने के लिए एक्सॉन या सीडीएस की आवश्यकता है: प्रोसेस_स्टॉप"
एक स्टॉप_कोडन सुविधा की व्याख्या की गई थी और फिर भी इसके साथ कोई एक्सॉन या सीडीएस संबद्ध नहीं था
वह ट्रांस्क्रिप्ट_आईडी इसलिए स्क्रिप्ट विफल हो गई।

"घातक: प्रोसेस_स्टॉप में परीक्षण न किया गया कोड। सहायता के लिए लेखक से संपर्क करें।"
स्क्रिप्ट 3' यूटीआर की उपस्थिति के आधार पर स्टॉप कोडन का अनुमान लगाने के लिए लिखी गई है, लेकिन हम
जब हमने कोड लिखा था तो हमारे पास इस प्रकार का कोई उदाहरण GTF नहीं था, इसलिए हमने प्रक्रिया को समाप्त कर दिया
अप्रयुक्त कोड चलाने की तुलना में। समर्थन के लिए लेखक से संपर्क करें.

"घातक: अमान्य सुविधा सेट: प्रक्रिया_स्टॉप"
हमने स्टॉप कोडन का अनुमान लगाने या एए गैर का अनुमान लगाने के सभी संभावित तरीकों पर विचार करने का प्रयास किया।
कोडिंग जीन, और फिर भी हम असफल रहे हैं। जीन सुविधाओं का आपका संयोजन नहीं बनता है
हमारे लिए समझ में आता है. आपको यह त्रुटि कभी नहीं मिलनी चाहिए, और यदि आपको मिलती है, तो हम वास्तव में देखना चाहेंगे
वह GTF फ़ाइल जिसने इसे उत्पन्न किया। कृपया समर्थन के लिए लेखक से संपर्क करें।

"घातक: अमान्य सुविधा सेट:process_exon_CDS_UTR"
हमने एक्सॉन, सीडीएस और यूटीआर का अनुमान लगाने के सभी संभावित तरीकों पर विचार करने की कोशिश की और फिर भी हम ऐसा कर पाए हैं
असफल। जीन विशेषताओं का आपका संयोजन हमारे लिए कोई मायने नहीं रखता। तुम वास्तव में
कभी भी यह त्रुटि आनी चाहिए, और यदि आपको मिलती है, तो हम वास्तव में वह GTF फ़ाइल देखना चाहेंगे
इसे उत्पन्न किया। कृपया समर्थन के लिए लेखक से संपर्क करें।

"घातक: सरणी संदर्भ आवश्यक: sort_features।"
किसी उपयोगकर्ता को इस त्रुटि को ट्रिगर करने में सक्षम नहीं होना चाहिए. यह लगभग निश्चित रूप से इंगित करता है
सॉफ़्टवेयर बग. कृपया लेखक से संपर्क करें.

"घातक: सॉर्ट_फ़ीचर_टाइप्स में स्ट्रैंड निर्धारित नहीं किया जा सकता।"
यह संकेत दे सकता है कि आपकी GTF फ़ाइल उन सुविधाओं के लिए स्ट्रैंड को इंगित नहीं करती है
इसकी आवश्यकता है. यह सॉफ़्टवेयर बग का संकेत भी दे सकता है. कृपया लेखक से संपर्क करें.

"घातक: हैश संदर्भ आवश्यक: sort_feature_types।"
किसी उपयोगकर्ता को इस त्रुटि को ट्रिगर करने में सक्षम नहीं होना चाहिए. यह लगभग निश्चित रूप से इंगित करता है
सॉफ़्टवेयर बग. कृपया लेखक से संपर्क करें.

"घातक: अमान्य मान स्ट्रैंड को दिया गया: स्ट्रैंड।"
यह संकेत दे सकता है कि आपकी GTF फ़ाइल उन सुविधाओं के लिए स्ट्रैंड को इंगित नहीं करती है
इसकी आवश्यकता है. कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल में DEFAULT_STRAND पैरामीटर का उपयोग करने पर विचार करें। यह हो सकता है
सॉफ़्टवेयर बग का भी संकेत मिलता है. कृपया लेखक से संपर्क करें.

विन्यास और वातावरण

इस स्क्रिप्ट के साथ एक कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल प्रदान की गई है। स्क्रिप्ट उसकी तलाश करेगी
./gtf2gff3.cfg में कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल, ~/gtf2gff3.cfg या /etc/gtf2gff3.cfg उसी क्रम में।
यदि कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल उन स्थानों में से किसी एक में नहीं मिलती है और एक प्रदान नहीं की गई है
--cfg ध्वज के माध्यम से यह कुछ समझदार डिफ़ॉल्ट चुनने का प्रयास करेगा, लेकिन आपको वास्तव में प्रदान करना चाहिए
कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल. आपूर्ति की गई कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल के साथ-साथ README भी देखें
जो कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल के प्रारूप और विवरण के लिए इस पैकेज के साथ आया था।

निर्भरता

इस स्क्रिप्ट के लिए निम्नलिखित पर्ल पैकेज की आवश्यकता है जो सीपीएएन से उपलब्ध हैं
(www.cpan.org).

Getopt::लंबा; कॉन्फिग::एसटीडी का उपयोग करें;

असंगतियां

किसी ने सूचना नहीं दी।

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके gtf2gff3p का ऑनलाइन उपयोग करें