hhblits - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

hhblits - HMM डेटाबेस को पुनरावृत्त रूप से खोजने के लिए तेज़ होमोलॉजी डिटेक्शन विधि

SYNOPSIS

hhblits -i सवाल [विकल्पों]

वर्णन

एचएचब्लिट्स संस्करण 2.0.16 (जनवरी 2013): एचएमएम-एचएमएम-आधारित बिजली-तेज़ पुनरावृत्त अनुक्रम
खोज HHblits एक संवेदनशील, सामान्य प्रयोजन, पुनरावृत्त अनुक्रम खोज उपकरण है
एचएमएम द्वारा क्वेरी और डेटाबेस अनुक्रम दोनों का प्रतिनिधित्व करता है। आप HHblits डेटाबेस खोज सकते हैं
एकल क्वेरी अनुक्रम, एकाधिक अनुक्रम संरेखण (एमएसए), या एचएमएम से शुरू करना।
HHblits डेटाबेस HMM/MSAs की एक रैंक वाली सूची प्रिंट करता है और इसके द्वारा MSA भी उत्पन्न कर सकता है
महत्वपूर्ण डेटाबेस एचएमएम/एमएसए को क्वेरी एमएसए पर मर्ज करना।

रेमर्ट एम., बीगर्ट ए., हाउजर ए., और सोडिंग जे. एचएचब्लिट्स: बिजली की तेजी से चलने वाली पुनरावृत्ति
एचएमएम-एचएमएम संरेखण द्वारा प्रोटीन अनुक्रम खोज। नेट. विधियाँ 9:173-175 (2011) (सी)
जोहान्स सोएडिंग, माइकल रेमर्ट, एंड्रियास बीगर्ट, एंड्रियास हॉसर

-i
इनपुट/क्वेरी: a3m, a2m, या में एकल अनुक्रम या एकाधिक अनुक्रम संरेखण (MSA)।
FASTA प्रारूप, या HMM प्रारूप में HMM

संपूर्ण रूप से 'स्टडिन' या 'स्टडआउट' हो सकता है।

विकल्प

-d
डेटाबेस का नाम (जैसे uniprot20_29Feb2012) (डिफ़ॉल्ट=)

-n [1,8] पुनरावृत्तियों की संख्या (डिफ़ॉल्ट=2)

-e [0,1] परिणाम संरेखण में शामिल करने के लिए ई-वैल्यू कटऑफ (def=0.001)

निवेश संरेखण प्रारूप:
-M a2m A2M/A3M का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट): अपर केस = मिलान; लोअरकेस = सम्मिलित करें;

'-' = हटाएं; '.' = आवेषण से जुड़े अंतराल (छोड़े जा सकते हैं)

-M प्रथम
FASTA का उपयोग करें: पहले अनुक्रम में अवशेष वाले कॉलम मिलान स्थिति हैं

-M [0,100]
FASTA का उपयोग करें: X% से कम अंतराल वाले कॉलम मिलान स्थिति हैं

उत्पादन विकल्प हैं:
-o
फ़ाइल में मानक प्रारूप में परिणाम लिखें (डिफ़ॉल्ट = )

-oa3m
ए3एम प्रारूप में महत्वपूर्ण मिलानों के साथ परिणाम एमएसए लिखें

-ऑप्सि
पीएसआई-ब्लास्ट प्रारूप में महत्वपूर्ण मैचों का परिणाम एमएसए लिखें

-ओह्म्म
महत्वपूर्ण मिलानों के परिणाम एमएसए के लिए एचएचएम फ़ाइल लिखें

-ओलिस
प्रत्येक पुनरावृत्ति के बाद A3M प्रारूप में MSAs लिखें

-के रूप में
FASTA प्रारूप के अनुरूप महत्वपूर्ण मिलानों के जोड़ीवार संरेखण लिखें
a3m और a2m प्रारूप में आउटपुट (उदा -ओए3एम)

-qhhm
अंतिम पुनरावृत्ति की क्वेरी इनपुट HHM फ़ाइल लिखें (डिफ़ॉल्ट = बंद)

-सेक
अधिकतम. प्रदर्शित क्वेरी/टेम्पलेट अनुक्रमों की संख्या (डिफ़ॉल्ट=1)

-अलिव
संरेखण सूची में प्रति पंक्ति स्तंभों की संख्या (डिफ़ॉल्ट=80)

-p [0,100]
सारांश और संरेखण सूची में न्यूनतम संभावना (डिफ़ॉल्ट=20)

-E [0,जानकारी[
सारांश और संरेखण सूची में अधिकतम ई-मूल्य (डिफ़ॉल्ट=1ई+06)

-Z
सारांश हिट सूची में पंक्तियों की अधिकतम संख्या (डिफ़ॉल्ट=500)

-z
सारांश हिट सूची में पंक्तियों की न्यूनतम संख्या (डिफ़ॉल्ट=10)

-B
संरेखण सूची में संरेखण की अधिकतम संख्या (डिफ़ॉल्ट=500)

-b
संरेखण सूची में संरेखण की न्यूनतम संख्या (डिफ़ॉल्ट=10)

प्रीफ़िल्टर विकल्प

-noprefilt
सभी फ़िल्टर चरण अक्षम करें

-noaddfilter
सभी फ़िल्टर चरणों को अक्षम करें (तेज़ प्रीफ़िल्टरिंग को छोड़कर)

-नोडफ़िल्टर
प्रीफ़िल्टर किए गए HMM की अतिरिक्त फ़िल्टरिंग अक्षम करें

-नोब्लॉकफ़िल्टर Viterbi में संपूर्ण मैट्रिक्स खोजें

-मैक्सफिल्ट
दूसरे प्रीफ़िल्टर को पारित करने के लिए हिट की अधिकतम संख्या की अनुमति है (डिफ़ॉल्ट=2)

क्वेरी एमएसए, डेटाबेस एमएसए और परिणाम एमएसए पर फ़िल्टर विकल्प लागू होते हैं

-सब परिणाम एमएसए में सभी अनुक्रम दिखाएं; परिणाम एमएसए फ़िल्टर न करें

-याद [0,100] अधिकतम जोड़ीवार अनुक्रम पहचान (def=90)

-अंतर [0,जानकारी[
अनुक्रमों के सबसे विविध सेट का चयन करके, कम से कम इतने को ध्यान में रखते हुए MSAs को फ़िल्टर करें
लंबाई 50 के प्रत्येक एमएसए ब्लॉक में सेकंड (def=1000)

-कोव [0,100] मास्टर अनुक्रम के साथ न्यूनतम कवरेज (%) (def=0)

-qid [0,100] मास्टर अनुक्रम के साथ न्यूनतम अनुक्रम पहचान (%) (def=0)

-क्यूएससी [0,100] मास्टर अनुक्रम के साथ प्रति कॉलम न्यूनतम स्कोर (डिफ़ॉल्ट=-20.0)

-नेफ़ [1,जानकारी]
एकाधिक अनुक्रम संरेखण की लक्ष्य विविधता (डिफ़ॉल्ट = बंद)

हम्म-हम्म संरेखण विकल्प हैं:
-नोरिलाइन
प्रदर्शित हिट्स को MAC एल्गोरिथम के साथ पुनः संरेखित न करें (def=realign)

-मैक्ट [0,1[
मैक पुनः संरेखण के लिए पश्च संभाव्यता सीमा (def=0.350) पैरामीटर नियंत्रण
संरेखण लालच: 0:वैश्विक>0.1:स्थानीय

-ग्लोब/-loc
खोज/रैंकिंग के लिए वैश्विक/स्थानीय संरेखण मोड का उपयोग करें (def=स्थानीय)

-Realign_max
अधिकतम पुनः संरेखित करें हिट (डिफ़ॉल्ट=1000)

-alt
इसमें कई महत्वपूर्ण वैकल्पिक संरेखण दिखाएं(def=2)

-प्रीमर्ज मर्ज शेष हिट्स को संरेखित करने से पहले एमएसए को क्वेरी करने के लिए हिट्स (def=3)

-खिसक जाना [-1,1]
प्रोफ़ाइल-प्रोफ़ाइल स्कोर ऑफ़सेट (def=-0.03)

-एसएसएम {0,..,4}
0: कोई एसएस स्कोरिंग नहीं 1,2: एसएस स्कोरिंग संरेखण के बाद या उसके दौरान [डिफ़ॉल्ट = 2] 3,4: एसएस
संरेखण के बाद या उसके दौरान स्कोरिंग, पूर्वानुमानित बनाम पूर्वानुमानित

-एसएसडब्ल्यूई [0,1]
एसएस स्कोर का वजन (def=0.11)

गैप लागत विकल्प हैं:
-गैपब [0,जानकारी[
संक्रमण स्यूडोकाउंट मिश्रण (def=1.00)

-गैपड [0,जानकारी[
खुले अंतराल के लिए संक्रमण स्यूडोकाउंट मिश्रण (डिफ़ॉल्ट=0.15)

-गप्प [0,1.5]
विस्तारित अंतराल के लिए संक्रमण स्यूडोकाउंट मिश्रण (def=1.00)

-गॅप्फ ]0,जानकारी]
डिलीट के लिए गैप ओपन पेनाल्टी को बढ़ाने/कम करने का कारक (def=0.60)

-गैपग ]0,जानकारी]
इंसर्ट के लिए गैप ओपन पेनल्टी को बढ़ाने/कम करने का कारक (def=0.60)

-gaph ]0,जानकारी]
अंतर को बढ़ाने/घटाने का कारक हटाए जाने पर जुर्माना बढ़ाता है(def=0.60)

-गपी ]0,जानकारी]
अंतर को बढ़ाने/घटाने का कारक सम्मिलन के लिए जुर्माना बढ़ाता है (def=0.60)

-उदाहरण [0,inf[ क्वेरी अवशेषों से जुड़े अंतिम अंतराल के लिए जुर्माना (बिट्स) (def=0.00)

-उदा [0,inf[ टेम्पलेट अवशेषों से जुड़े अंतिम अंतराल के लिए जुर्माना (बिट्स) (def=0.00)

छद्मगणना (पीसी) विकल्प हैं:
-पीसीएम {0,..,2}
पीसी मिश्रण 'ताऊ' की स्थिति निर्भरता (पीसी मोड, डिफ़ॉल्ट=2) 0: कोई छद्म गणना नहीं:
ताऊ = 0 1: स्थिर ताऊ = ए 2: विविधता-निर्भर: ताऊ = ए/(1 +
((नेफ़[i]-1)/बी)^सी) (नेफ़[i]: कॉलम i के आसपास स्थानीय एमएसए में प्रभावी अनुक्रमों की संख्या)

-पीसीए [0,1] समग्र छद्मगणना मिश्रण (def=1.0)

पीसीबी [1,inf[ के लिए नेफ़ थ्रेशोल्ड मान -पीसीएम 2 (डीईएफ़=1.5)

-पीसीसी [0,3] विलुप्ति प्रतिपादक सी के लिए -पीसीएम 2 (डीईएफ़=1.0)

-pre_pca [0,1]
प्रीफ़िल्टर स्यूडोकाउंट मिश्रण (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ नेफ़ के लिए प्रीफ़िल्टर सीमा (def=1.8)

संदर्भ-विशेष छद्म गिनती:
-nocontxt
संदर्भ-विशिष्ट छद्मगणना के बजाय प्रतिस्थापन-मैट्रिक्स का उपयोग करें

-contxt संदर्भ-विशिष्ट छद्मगणना की गणना के लिए संदर्भ फ़ाइल
(डिफ़ॉल्ट=./data/context_data.lib)

-सीएसएलआईबी
तेज़ डेटाबेस प्रीफ़िल्टरिंग के लिए कॉलम स्थिति फ़ाइल (डिफ़ॉल्ट=./data/cs219.lib)

द्वितीयक संरचना की भविष्यवाणी करें

-जोड़ता है परिणामी एमएसए में पीएसआईपीआरईडी के साथ अनुमानित दूसरी संरचना जोड़ें

-psipred PSIPRED निष्पादनयोग्य वाली निर्देशिका (डिफ़ॉल्ट=)

-psipred_data
PSIPRED डेटा वाली निर्देशिका (डिफ़ॉल्ट=)

अन्य विकल्प हैं:
-v
वर्बोज़ मोड: 0:कोई स्क्रीन आउटपुट नहीं 1:केवल चेतावनी 2: वर्बोज़ (डीईएफ़=2)

-नेफ़मैक्स ]1,20] क्वेरी एमएसए की विविधता नेफ़ होने पर आगे की खोज पुनरावृत्तियों को छोड़ें

नेफ़मैक्स से बड़ा हो जाता है (डिफ़ॉल्ट=10.0)

-सी पी यू
उपयोग करने के लिए सीपीयू की संख्या (साझा मेमोरी एसएमपी के लिए) (डिफ़ॉल्ट=2)

-अंक फाइल करने के लिए सभी जोड़ीवार तुलनाओं के लिए स्कोर लिखें

-एक टैब फ़ाइल में सभी संरेखण को सारणीबद्ध लेआउट में लिखें

-मैक्सरेस
एचएमएम कॉलम की अधिकतम संख्या (def=15002)

-मैक्समेम [1, जानकारी[ जीबी में अधिकतम उपलब्ध मेमोरी (def=3.0)

उदाहरण

hhblits -i query.fas -o query.hhr -d ./uniprot20

hhblits -i query.fas -o query.hhr -oa3m query.a3m -n 1 -d ./uniprot20

से डेटाबेस डाउनलोड करेंftp://toolkit.genzentrum.lmu.de/pub/HH-suite/databases/>.

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