hhmake - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

hhmake - इनपुट संरेखण से HMM बनाएं या HMMER प्रारूप और HHsearch के बीच कनवर्ट करें
प्रारूप

SYNOPSIS

hhबनाओ -i पट्टिका [विकल्पों]

वर्णन

HHmake संस्करण 2.0.16 (जनवरी 2013) A2M, A3M, या में इनपुट संरेखण से एक HMM बनाएं
FASTA प्रारूप, या HMMER प्रारूप (.hmm) और HHsearch प्रारूप (.hhm) के बीच कनवर्ट करें। Remert
एम, बीगर्ट ए, हाउजर ए, और सोडिंग जे. एचएचब्लिट्स: बिजली की तेजी से चलने वाला पुनरावृत्त प्रोटीन अनुक्रम
HMM-HMM संरेखण द्वारा खोज। नेट. विधियाँ 9:173-175 (2011)। (सी) जोहान्स सोडिंग,
माइकल रेमर्ट, एंड्रियास बीगर्ट, एंड्रियास हॉसर

-i
क्वेरी संरेखण (A2M, A3M, या FASTA), या क्वेरी HMM

उत्पादन विकल्प हैं:
-o
HMM फ़ाइल को (डिफ़ॉल्ट =) लिखा जाना है )

-a
HMM फ़ाइल को संलग्न किया जाना है

-v
वर्बोज़ मोड: 0:कोई स्क्रीन आउटपुट नहीं 1:केवल चेतावनी 2: वर्बोज़

-सेक
अधिकतम. प्रदर्शित क्वेरी/टेम्पलेट अनुक्रमों की संख्या (def=10) अतिप्रवाह से सावधान रहें! सभी
ये क्रम स्मृति में संग्रहीत हैं।

-दोष क्वेरी एमएसए का सर्वसम्मति अनुक्रम मास्टर अनुक्रम बनाएं

-रतालू
HMM के लिए इस नाम का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट: पहले अनुक्रम के नाम का उपयोग करें)

फ़िल्टर क्वेरी एकाधिक अनुक्रम संरेखण

-याद [0,100] अधिकतम जोड़ीवार अनुक्रम पहचान (%) (def=90)

-अंतर [0,जानकारी[
अनुक्रमों के सबसे विविध सेट का चयन करके, कम से कम इतने को ध्यान में रखते हुए एमएसए को फ़िल्टर करें
लंबाई 50 के प्रत्येक एमएसए ब्लॉक में सेकंड (def=100)

-कोव [0,100] क्वेरी के साथ न्यूनतम कवरेज (%) (def=0)

-qid [0,100] क्वेरी के साथ न्यूनतम अनुक्रम पहचान (%) (def=0)

-क्यूएससी [0,100] क्वेरी के साथ प्रति कॉलम न्यूनतम स्कोर (def=-20.0)

-नेफ़ [1,जानकारी]
संरेखण की लक्ष्य विविधता (डिफ़ॉल्ट=बंद)

निवेश संरेखण प्रारूप:
-M a2m A2M/A3M का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट): अपर केस = मिलान; लोअरकेस = सम्मिलित करें; '-' = हटाएँ; '.' =
आवेषण से जुड़े अंतराल (छोड़े जा सकते हैं)

-M प्रथम
FASTA का उपयोग करें: पहले अनुक्रम में अवशेष वाले कॉलम मिलान स्थिति हैं

-M [0,100]
FASTA का उपयोग करें: X% से कम अंतराल वाले कॉलम मिलान स्थिति हैं

छद्मगणना (पीसी) विकल्प हैं:
-पीसीएम पीसी मिश्रण 'ताऊ' की 0-2 स्थिति निर्भरता (पीसी मोड, डिफ़ॉल्ट = 0)

0: कोई छद्म गिनती नहीं:
ताऊ = 0

1: स्थिर
ताऊ = ए

2: विविधता-निर्भर: ताऊ = ए/(1 + ((नेफ[i]-1)/बी)^सी) (नेफ[i]: की संख्या
कॉलम i) 3 के आसपास स्थानीय एमएसए में प्रभावी अनुक्रम: निरंतर विविधता छद्मगणना

-पीसीए [0,1] समग्र छद्मगणना मिश्रण (def=1.0)

पीसीबी [1,inf[ के लिए नेफ़ थ्रेशोल्ड मान -पीसीएम 2 (डीईएफ़=1.5)

-पीसीसी [0,3] विलुप्ति प्रतिपादक सी के लिए -पीसीएम 2 (डीईएफ़=1.0)

-pre_pca [0,1]
प्रीफ़िल्टर स्यूडोकाउंट मिश्रण (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ नेफ़ के लिए प्रीफ़िल्टर सीमा (def=1.8)

संदर्भ-विशेष छद्म गिनती:
-nocontxt
संदर्भ-विशिष्ट छद्मगणना के बजाय प्रतिस्थापन-मैट्रिक्स का उपयोग करें

-contxt संदर्भ-विशिष्ट छद्मगणना की गणना के लिए संदर्भ फ़ाइल
(डिफ़ॉल्ट=./data/context_data.lib)

-सीएसएलआईबी
तेज़ डेटाबेस प्रीफ़िल्टरिंग के लिए कॉलम स्थिति फ़ाइल (डिफ़ॉल्ट=./data/cs219.lib)

उदाहरण: hhmake -i परीक्षण.ए3एम

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