hhsearch - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

hhsearch - क्वेरी संरेखण या क्वेरी HMM के साथ HMM का डेटाबेस खोजें

SYNOPSIS

hhखोज -i सवाल -d डेटाबेस [विकल्पों]

वर्णन

HHsearch संस्करण 2.0.16 (जनवरी 2013) क्वेरी संरेखण के साथ HMM का डेटाबेस खोजें या
क्वेरी एचएमएम (सी) जोहान्स सोडिंग, माइकल रेमर्ट, एंड्रियास बीगर्ट, एंड्रियास हॉसर सोडिंग,
जे. एचएमएम-एचएमएम तुलना द्वारा प्रोटीन समरूपता का पता लगाना। जैव सूचना विज्ञान 21:951-960 (2005)।

-i
इनपुट/क्वेरी एकाधिक अनुक्रम संरेखण (a2m, a3m, FASTA) या HMM

-d
एचएचएम, एचएमएमईआर, या ए3एम प्रारूप में संयोजित एचएमएम का एचएमएम डेटाबेस, या, यदि फ़ाइल में है
एक्सटेंशन मित्र, एचएमएम फ़ाइल नामों की सूची, प्रति पंक्ति एक। एकाधिक डीबीएस, एचएमएम, या दोस्त
के साथ फ़ाइलें -d ' ...'

संपूर्ण रूप से 'स्टडिन' या 'स्टडआउट' हो सकता है।

उत्पादन विकल्प हैं:
-o
फ़ाइल में मानक प्रारूप में परिणाम लिखें (डिफ़ॉल्ट = )

-के रूप में
FASTA प्रारूप के अनुरूप महत्वपूर्ण मिलानों के जोड़ीवार संरेखण लिखें
a3m, a2m, और psi प्रारूप में आउटपुट (जैसे -ओए3एम)

-oa3m
ए3एम प्रारूप में महत्वपूर्ण मिलानों का एमएसए लिखें, ए2एम, पीएसआई, में आउटपुट के अनुरूप
और एचएचएम प्रारूप (उदा -ओह्म्म)

-e [0,1]
एकाधिक संरेखण में शामिल करने के लिए ई-मूल्य कटऑफ (def=0.001)

-सेक
अधिकतम. प्रदर्शित क्वेरी/टेम्पलेट अनुक्रमों की संख्या (def=1) अतिप्रवाह से सावधान रहें! सभी
ये क्रम स्मृति में संग्रहीत हैं।

-दोष क्वेरी एमएसए के मास्टर अनुक्रम के रूप में सर्वसम्मति अनुक्रम दिखाएं

-nocons
संरेखण में सर्वसम्मति अनुक्रम न दिखाएं (डिफ़ॉल्ट=दिखाएँ)

-नोप्रेड
संरेखण में अनुमानित द्वितीय संरचना न दिखाएं (डिफ़ॉल्ट=दिखाएँ)

-नोड्सस्प
संरेखण में डीएसएसपी द्वितीय संरचना न दिखाएं (डिफ़ॉल्ट = दिखाएं)

-ssconf
संरेखण में अनुमानित द्वितीय संरचना के लिए विश्वास दिखाएं

-p
सारांश और संरेखण सूची में न्यूनतम संभावना (def=20)

-E
सारांश और संरेखण सूची में अधिकतम ई-मूल्य (def=1E+06)

-Z
सारांश हिट सूची में पंक्तियों की अधिकतम संख्या (def=500)

-z
सारांश हिट सूची में पंक्तियों की न्यूनतम संख्या (def=10)

-B
संरेखण सूची में संरेखण की अधिकतम संख्या (def=500)

-b
संरेखण सूची में संरेखण की न्यूनतम संख्या (def=10)

-अलिव [40,..[
संरेखण सूची में प्रति पंक्ति स्तंभों की संख्या (def=80)

-dbstrlen
एचएचआर फ़ाइल में मुद्रित की जाने वाली डेटाबेस स्ट्रिंग की अधिकतम लंबाई

फ़िल्टर क्वेरी एकाधिक अनुक्रम संरेखण

-याद [0,100] अधिकतम जोड़ीवार अनुक्रम पहचान (%) (def=90)

-अंतर [0,जानकारी[
अनुक्रमों के सबसे विविध सेट का चयन करके, कम से कम इतने को ध्यान में रखते हुए एमएसए को फ़िल्टर करें
लंबाई 50 के प्रत्येक एमएसए ब्लॉक में सेकंड (def=100)

-कोव [0,100] क्वेरी के साथ न्यूनतम कवरेज (%) (def=0)

-qid [0,100] क्वेरी के साथ न्यूनतम अनुक्रम पहचान (%) (def=0)

-क्यूएससी [0,100] क्वेरी के साथ प्रति कॉलम न्यूनतम स्कोर (def=-20.0)

-नेफ़ [1,जानकारी]
संरेखण की लक्ष्य विविधता (डिफ़ॉल्ट=बंद)

निवेश संरेखण प्रारूप:
-M a2m A2M/A3M का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट): अपर केस = मिलान; लोअरकेस = सम्मिलित करें; '-' = हटाएँ; '.' =
आवेषण से जुड़े अंतराल (छोड़े जा सकते हैं)

-M प्रथम
FASTA का उपयोग करें: पहले अनुक्रम में अवशेष वाले कॉलम मिलान स्थिति हैं

-M [0,100]
FASTA का उपयोग करें: X% से कम अंतराल वाले कॉलम मिलान स्थिति हैं

-tags उसके-, सी-माइसी-, फ्लैग-टैग और ट्रिप्सिन पहचान अनुक्रम को बेअसर न करें
पृष्ठभूमि वितरण

हम्म-हम्म संरेखण विकल्प हैं:
-नोरिलाइन
प्रदर्शित हिट्स को MAC एल्गोरिथम के साथ पुनः संरेखित न करें (def=realign)

-मैक्ट [0,1[
मैक पुनः संरेखण के लिए पश्च संभाव्यता सीमा (def=0.350) पैरामीटर नियंत्रण
संरेखण लालच: 0:वैश्विक>0.1:स्थानीय

-ग्लोब/-loc
खोज/रैंकिंग के लिए वैश्विक/स्थानीय संरेखण मोड का उपयोग करें (def=स्थानीय)

-alt
इसमें कई महत्वपूर्ण वैकल्पिक संरेखण दिखाएं(def=2)

-विट खोज/रैंकिंग के लिए विटर्बी एल्गोरिदम का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट)

-मैक खोज/रैंकिंग के लिए अधिकतम सटीकता (मैक) एल्गोरिदम का उपयोग करें

-आगे
खोज के लिए फॉरवर्ड प्रायिकता का उपयोग करें

-बहिष्कृत
संरेखण से क्वेरी स्थिति को बाहर निकालें, उदाहरण के लिए '1-33,97-168'

-खिसक जाना [-1,1]
स्कोर ऑफ़सेट (def=-0.03)

-सही [0,1]
युग्म सहसंबंधों के लिए पद का भार (def=0.10)

-अनुसूचित जाति अमीनो एसिड स्कोर (tja: कॉलम j पर टेम्पलेट HMM) (def=1)

0 = लॉग2 योग(tja*qia/pa) (pa: aa पृष्ठभूमि आवृत्तियाँ)

1 = लॉग2 योग(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = लॉग2 योग(tja*qia/ta) (ta: av. AA टेम्पलेट में आवृत्तियाँ)

3 = लॉग2 योग(tja*qia/qa) (qa: av. AA क्वेरी में आवृत्तियाँ)

5 स्थानीय अमीनो एसिड संरचना सुधार

-एसएसएम {0,..,4}
0: कोई एसएस स्कोरिंग नहीं 1,2: एसएस स्कोरिंग संरेखण के बाद या उसके दौरान [डिफ़ॉल्ट = 2] 3,4: एसएस
संरेखण के बाद या उसके दौरान स्कोरिंग, पूर्वानुमानित बनाम पूर्वानुमानित

-एसएसडब्ल्यूई [0,1] कॉलम स्कोर की तुलना में एसएस स्कोर का वजन (def=0.11)

-एसएसए [0,1] एसएस प्रतिस्थापन मैट्रिक्स = (1-एसएसए)*आई + एसएसए*पूर्ण-एसएस-प्रतिस्थापन-मैट्रिक्स
[डीईएफ़=1.00)

गैप लागत विकल्प हैं:
-गैपब [0,जानकारी[
संक्रमण स्यूडोकाउंट मिश्रण (def=1.00)

-गैपड [0,जानकारी[
खुले अंतराल के लिए संक्रमण स्यूडोकाउंट मिश्रण (डिफ़ॉल्ट=0.15)

-गप्प [0,1.5]
विस्तारित अंतराल के लिए संक्रमण स्यूडोकाउंट मिश्रण (def=1.00)

-गॅप्फ ]0,जानकारी]
डिलीट के लिए गैप ओपन पेनल्टी को बढ़ाने/कम करने का कारक (def=0.60)

-गैपग ]0,जानकारी]
इंसर्ट के लिए गैप ओपन पेनल्टी को बढ़ाने/घटाने का कारक (def=0.60)

-gaph ]0,जानकारी]
अंतर को बढ़ाने/घटाने का कारक, हटाए जाने पर दंड का विस्तार (def=0.60)

-गपी ]0,जानकारी]
अंतर को बढ़ाने/घटाने का कारक सम्मिलन के लिए जुर्माना बढ़ाता है (def=0.60)

-उदाहरण [0,inf[ क्वेरी अवशेषों से जुड़े अंतिम अंतराल के लिए जुर्माना (बिट्स) (def=0.00)

-उदा [0,inf[ टेम्पलेट अवशेषों से जुड़े अंतिम अंतराल के लिए जुर्माना (बिट्स) (def=0.00)

छद्मगणना (पीसी) विकल्प हैं:
-पीसीएम {0,..,3}
पीसी मिश्रण 'ताऊ' की स्थिति निर्भरता (पीसी मोड, डिफ़ॉल्ट=2) 0: कोई छद्म गणना नहीं:
ताऊ = 0 1: स्थिर ताऊ = ए 2: विविधता-निर्भर: ताऊ = ए/(1 +
((नेफ़[i]-1)/बी)^सी) (नेफ़[i]: कॉलम i के आसपास स्थानीय एमएसए में प्रभावी अनुक्रमों की संख्या)
3: निरंतर विविधता छद्म गिनती

-पीसीए [0,1] समग्र छद्मगणना मिश्रण (def=1.0)

पीसीबी [1,inf[ के लिए नेफ़ थ्रेशोल्ड मान -पीसीएम 2 (डीईएफ़=1.5)

-पीसीसी [0,3] विलुप्ति प्रतिपादक सी के लिए -पीसीएम 2 (डीईएफ़=1.0)

संदर्भ-विशेष छद्म गिनती:
-nocontxt
संदर्भ-विशिष्ट छद्मगणना के बजाय प्रतिस्थापन-मैट्रिक्स का उपयोग करें

-contxt संदर्भ-विशिष्ट छद्मगणना की गणना के लिए संदर्भ फ़ाइल
(डिफ़ॉल्ट=./data/context_data.lib)

-सीएसएलआईबी
तेज़ डेटाबेस प्रीफ़िल्टरिंग के लिए कॉलम स्थिति फ़ाइल (डिफ़ॉल्ट=./data/cs219.lib)

-सीएसडब्ल्यू [0, inf] सीएस स्यूडोकाउंट मोड में केंद्रीय स्थिति का वजन (def=1.6)

-सीएसबी [0,1] सीएस पीसी मोड में पदों के लिए वजन क्षय पैरामीटर (def=0.9)

अन्य विकल्प हैं:
-सी पी यू
उपयोग करने के लिए सीपीयू की संख्या (साझा मेमोरी एसएमपी के लिए) (डिफ़ॉल्ट=1)

-v
वर्बोज़ मोड: 0:कोई स्क्रीन आउटपुट नहीं 1:केवल चेतावनी 2: वर्बोज़

-मैक्सरेस
एचएमएम कॉलम की अधिकतम संख्या (def=15002)

-मैक्समेम [1, जानकारी[ जीबी में अधिकतम उपलब्ध मेमोरी (def=3.0)

-अंक फाइल करने के लिए सभी जोड़ीवार तुलनाओं के लिए स्कोर लिखें

-शांत {0,..,3} 0:क्वेरी 1:टेम्पलेट 2:दोनों का अनुभवजन्य स्कोर अंशांकन

डिफ़ॉल्ट 3: ईवीडी पैरामीटर्स का तंत्रिका नेटवर्क-आधारित अनुमान

उदाहरण: hhsearch -i ए.1.1.1.ए3एम -d स्कोप70_1.71.hhm

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