hmm2emit - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

hmm2emit - प्रोफ़ाइल HMM से अनुक्रम उत्पन्न करें

SYNOPSIS

हम्म2emit [विकल्प] हम्मफाइल

वर्णन

हम्म2emit से एक HMM फ़ाइल पढ़ता है हम्मफाइल जिसमें एक या अधिक एचएमएम होते हैं, और एक उत्पन्न करता है
प्रत्येक एचएमएम से अनुक्रमों की संख्या; या, यदि -c विकल्प चुना गया है, एक एकल उत्पन्न करें
बहुमत-शासन सर्वसम्मति. यह विभिन्न अनुप्रयोगों के लिए उपयोगी हो सकता है जिनमें किसी को इसकी आवश्यकता होती है
अनुक्रम पारिवारिक सहमति के अनुरूप अनुक्रमों का अनुकरण।

डिफ़ॉल्ट रूप से, हम्म2emit 10 अनुक्रम उत्पन्न करता है और उन्हें FASTA (अनएलाइन्ड) प्रारूप में आउटपुट करता है।

विकल्प

-a उत्पन्न अनुक्रमों को FASTA के बजाय संरेखित प्रारूप (SELEX) में लिखें।

-c नमूनाकरण अनुक्रमों के बजाय एकल बहुमत-नियम सर्वसम्मति अनुक्रम की भविष्यवाणी करें
एचएमएम की संभाव्यता वितरण से। अत्यधिक संरक्षित अवशेष (p >= 0.9 के लिए
डीएनए, पी >= प्रोटीन के लिए 0.5) अपर केस में दिखाए गए हैं; अन्य को छोटे अक्षर में दिखाया गया है।
कुछ सम्मिलित राज्य बहुमत नियम सर्वसम्मति का हिस्सा बन सकते हैं, क्योंकि वे हैं
उत्पन्न अनुक्रमों के >=50% में उपयोग किया जाता है; जब ऐसा होता है, तो सम्मिलित-उत्पन्न अवशेष
को केवल "x" के रूप में दिखाया गया है।

-h संक्षिप्त सहायता प्रिंट करें; संस्करण संख्या और सभी विकल्पों का सारांश शामिल है, जिसमें शामिल हैं
विशेषज्ञ विकल्प।

-n उत्पन्न करें क्रम. डिफ़ॉल्ट 10 है.

-o फ़ाइल में सिंथेटिक अनुक्रम सहेजें उन्हें स्टडआउट करने के लिए लिखने के बजाय।

-q शांत; अनुक्रमों को छोड़कर सभी आउटपुट को दबा दें। पाइपिंग के लिए उपयोगी
या आउटपुट को निर्देशित करना।

विशेषज्ञ विकल्प

--बीज
यादृच्छिक बीज को पर सेट करें , जहां एक धनात्मक पूर्णांक है. डिफ़ॉल्ट का उपयोग करना है
समय() प्रत्येक दौड़ के लिए एक अलग बीज उत्पन्न करना, जिसका अर्थ है कि दो अलग
रन ऑफ़ हम्म2emit उसी एचएमएम पर थोड़े अलग परिणाम मिलेंगे। आप उपयोग कर सकते हैं
प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य परिणाम उत्पन्न करने के लिए यह विकल्प।

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके hmm2emit का ऑनलाइन उपयोग करें