हम्मफ़ेच - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

hmmfetch - किसी फ़ाइल से प्रोफ़ाइल HMM(s) पुनर्प्राप्त करें

SYNOPSIS

हम्मफेच [विकल्प]
(नामांकित एचएमएम को पुनः प्राप्त करता है )

हम्मफेच -f [विकल्प]
(सूचीबद्ध सभी एचएमएम को पुनः प्राप्त करता है )

हम्मफेच --अनुक्रमणिका [विकल्प]
(सूचकांक लाने के लिए)

वर्णन

किसी से एक या अधिक प्रोफ़ाइल HMM को तुरंत पुनर्प्राप्त करता है (एक बड़ा Pfam डेटाबेस, के लिए
उदाहरण)।

अधिकतम गति के लिए, का उपयोग करके पहले अनुक्रमित किया जाना चाहिए हम्मफेच --अनुक्रमणिका।
इंडेक्स एक बाइनरी फ़ाइल है जिसका नाम है .एसएसआई. हालाँकि, यह वैकल्पिक है, और पुनर्प्राप्ति होगी
अभी भी अनअनुक्रमित फ़ाइलों से काम करता है, यद्यपि बहुत धीमी गति से।

डिफ़ॉल्ट मोड नाम या परिग्रहण द्वारा एकल प्रोफ़ाइल को पुनः प्राप्त करना है, जिसे कहा जाता है .
उदाहरण के लिए:

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% हम्मफच पीएफएएम-ए.हम्म पीएफ00045

उसके साथ -f विकल्प, ए इसके बजाय एक या अधिक कुंजियों की सूची पढ़ी जाती है।
की प्रत्येक गैर-रिक्त गैर-टिप्पणी पंक्ति पर पहला रिक्त स्थान-सीमांकित फ़ील्ड
एक के रूप में प्रयोग किया जाता है , और लाइन पर बचे किसी भी डेटा को नजरअंदाज कर दिया जाता है। यह विविधता की अनुमति देता है
व्हाइटस्पेस सीमांकित डेटाफ़ाइलों का उपयोग किया जाना है एस.

उपयोग करते समय -f और एक , अगर हम्मफाइल अनुक्रमित किया गया है, कुंजियाँ पुनः प्राप्त की गई हैं
जिस क्रम में वे घटित होते हैं कीफाइल, लेकिन अगर हम्मफाइल अनुक्रमित नहीं किया गया है, कुंजियाँ पुनर्प्राप्त की गई हैं
जिस क्रम में वे घटित होते हैं हम्मफाइल. यह उस कार्यान्वयन का एक दुष्प्रभाव है जो अनुमति देता है
एकाधिक कुंजियाँ पुनर्प्राप्त की जानी हैं, भले ही एक नॉन-रिवाइंडेबल स्ट्रीम है, जैसे कि
मानक इनपुट पाइप।

सामान्य उपयोग में (बिना --अनुक्रमणिका or -f विकल्प), '-' (डैश) हो सकता है, जिसका अर्थ है
से इनपुट पढ़ना stdin एक फ़ाइल के बजाय. साथ --अनुक्रमणिका विकल्प, नहीं हो सकता
होना '-'; मानक इनपुट स्ट्रीम को अनुक्रमित करने का कोई मतलब नहीं है। साथ -f विकल्प,
भी or (लेकिन दोनों नहीं) '-' हो सकता है। यह अक्सर विशेष रूप से उपयोगी होता है
पढ़ने के लिए मानक इनपुट से, क्योंकि यह मनमाना कमांड का उपयोग करने की अनुमति देता है
एचएमएम नामों या परिग्रहणों की एक सूची बनाने के लिए लाइन इनवोकेशन, फिर उन सभी को एक नए में लाएं
फ़ाइल, केवल एक आदेश के साथ।

डिफ़ॉल्ट रूप से, प्राप्त HMM को HMMER3 प्रारूप में मानक आउटपुट पर मुद्रित किया जाता है।

विकल्प

-h मदद; कमांड लाइन उपयोग और सभी उपलब्ध विकल्पों का एक संक्षिप्त अनुस्मारक प्रिंट करें।

-f दूसरा कमांडलाइन तर्क है a एकल के बजाय ।
की प्रत्येक पंक्ति पर पहला फ़ील्ड पुनर्प्राप्ति के रूप में उपयोग किया जाता है (एक HMM नाम
या परिग्रहण)। रिक्त पंक्तियाँ और टिप्पणी पंक्तियाँ (जो # वर्ण से प्रारंभ होती हैं) हैं
अवहेलना करना।

-o फाइल करने के लिए आउटपुट एचएमएम मानक आउटपुट के बजाय।

-O नामित व्यक्तिगत फ़ाइल(फ़ाइलों) में एचएमएम आउटपुट करें मानक आउटपुट के बजाय। साथ
la -f विकल्प, इसके परिणामस्वरूप कई फ़ाइलें बनाई जा सकती हैं।

--अनुक्रमणिका
एक या अधिक प्रोफ़ाइल पुनर्प्राप्त करने के बजाय , अनुक्रमणिका एसटी
भविष्य की पुनर्प्राप्ति. यह एक बनाता है .एसएसआई बाइनरी इंडेक्स फ़ाइल।

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