इम्पाला - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

bl2seq, ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल 3, ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला, मेगाब्लास्ट, आरपीएसब्लास्ट,
सीडटॉप - मूल स्थानीय संरेखण खोज उपकरण

SYNOPSIS

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "प्रारंभ रुकें"] [-J "प्रारंभ रुकें"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a फ़ाइल का नाम] [-d N] [-e X] [-g F] -i फ़ाइल का नाम
-j फ़ाइल का नाम [-m] [-o फ़ाइल का नाम] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

ब्लास्ट १ ९ 2 ९ [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "प्रारंभ रुकें"]
[-J "प्रारंभ रुकें"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i फ़ाइल का नाम]
[-j फ़ाइल का नाम] [-k str] [-m N] [-n] [-o फ़ाइल का नाम] -p str [-q N] [-r N] [-एस] [-टी N] [-यू]
[-वी N] [-व N] [-य N] [-ज N]

ब्लास्टल [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L चालू बंद] [-M str] [-O फ़ाइल का नाम] [-P N] [-Q N] [-R फ़ाइल का नाम] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i फ़ाइल का नाम]
[-l str] [-m N] [-n] [-o फ़ाइल का नाम] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

ब्लास्टॉल_ओल्ड [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L चालू बंद] [-M str] [-O फ़ाइल का नाम] [-P N] [-Q N] [-R फ़ाइल का नाम] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i फ़ाइल का नाम] [-l str]
[-m N] [-n] [-o फ़ाइल का नाम] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

ब्लास्टक्ल3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L चालू बंद]
[-M str] [-O फ़ाइल का नाम] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i फ़ाइल का नाम] [-m N] [-n] [-o फ़ाइल का नाम] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

ब्लास्टपीजीपी [-] [-A N] [-B फ़ाइल का नाम] [-C फ़ाइल का नाम] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O फ़ाइल का नाम] [-P N] [-Q फ़ाइल का नाम] [-R फ़ाइल का नाम] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i फ़ाइल का नाम] [-j N] [-k फ़ाइल का नाम] [-l str] [-m N] [-o फ़ाइल का नाम] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

इम्पाला [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O फ़ाइल का नाम] [-P फ़ाइल का नाम]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i फ़ाइल का नाम] [-j N] [-m N] [-o फ़ाइल का नाम]
[-v N] [-y X] [-z N]

मेगाब्लास्ट [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L चालू बंद] [-M N]
[-N N] [-O फ़ाइल का नाम] [-P N] [-Q फ़ाइल का नाम] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i फ़ाइल का नाम] [-l str] [-m N] [-n]
[-o फ़ाइल का नाम] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

आरपीएसब्लास्ट [-] [-F str] [-I] [-J] [-L चालू बंद] [-N X] [-O फ़ाइल का नाम] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d फ़ाइल का नाम [-e X] [-i फ़ाइल का नाम] [-l फ़ाइल का नाम] [-m N]
[-o फ़ाइल का नाम] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

सीडटॉप [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O फ़ाइल का नाम]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i फ़ाइल का नाम] [-k फ़ाइल का नाम] [-o फ़ाइल का नाम] [-p str]
[-q N] [-r N]

वर्णन

यह मैनुअल पेज संक्षेप में कमांड का दस्तावेजीकरण करता है bl2seq, विस्फोट, ब्लास्टल, ब्लास्टक्ल3,
ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला, मेगाब्लास्ट, आरपीएसब्लास्ट, तथा सीडटॉप. ये आदेश प्रलेखित हैं
एक साथ क्योंकि उनके पास बहुत सारे सामान्य विकल्प हैं।

bl2seq ब्लास्टन या ब्लास्ट का उपयोग करके दो अनुक्रमों के बीच तुलना करता है
कलन विधि। दोनों अनुक्रम या तो न्यूक्लियोटाइड या प्रोटीन होने चाहिए।

ब्लास्ट १ ९ 2 ९ किसी अनुक्रम की तुलना किसी स्थानीय डेटाबेस या दूसरे क्रम से करता है; यह
दोनों की अधिकांश कार्यक्षमता को शामिल करता है bl2seq और ब्लास्टल, लेकिन अर्ध- का उपयोग करता है
प्रयोगात्मक नया आंतरिक इंजन।

ब्लास्टल और ब्लास्टॉल_ओल्ड अनुक्रम के लिए स्थानीय डेटाबेस में सर्वोत्तम मिलान खोजें।
ब्लास्टल की तुलना में एक नए इंजन का उपयोग करता है ब्लास्टॉल_ओल्ड डिफ़ॉल्ट रूप से, लेकिन पुराने का उपयोग करने का समर्थन करता है
इंजन भी (विकल्प के साथ लागू होने पर -V F).

ब्लास्टक्ल3 नवीनतम एनसीबीआई ब्लास्ट सर्च इंजन (संस्करण 2.0) तक पहुंचता है। पीछे सॉफ्टवेयर
BLAST संस्करण 2.0 को नई चुनौतियों से निपटने के लिए BLAST को अनुमति देने के लिए शुरू से लिखा गया था
आने वाले वर्षों में अनुक्रम डेटाबेस द्वारा प्रस्तुत किया गया। इस सॉफ़्टवेयर के अपडेट होंगे
आने वाले वर्षों में जारी रखें।

ब्लास्टपीजीपी गैप्ड ब्लास्टपी खोज करता है और इसका उपयोग पुनरावृत्त खोजों को करने के लिए किया जा सकता है
साई-विस्फोट और फाई-विस्फोट मोड।

इम्पाला द्वारा तैयार किए गए स्कोर मैट्रिसेस के डेटाबेस की खोज करता है नकलची(1), ब्लास्ट-लाइक का उत्पादन करना
उत्पादन.

मेगाब्लास्ट वेब मिलर एट अल के लालची एल्गोरिथ्म का उपयोग करता है। न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम के लिए
संरेखण खोज और डेटाबेस को स्कैन करने में लगने वाले समय को बचाने के लिए कई प्रश्नों को जोड़ता है।
इस कार्यक्रम को अनुक्रमों को संरेखित करने के लिए अनुकूलित किया गया है जो के परिणामस्वरूप थोड़ा भिन्न होते हैं
अनुक्रमण या अन्य समान "त्रुटियों"। यह सामान्य से 10 गुना तेज है
अनुक्रम समानता कार्यक्रम और इसलिए दो बड़े सेटों की तेजी से तुलना करने के लिए उपयोग किया जा सकता है
एक दूसरे के खिलाफ अनुक्रमों की।

आरपीएसब्लास्ट (रिवर्स पीएसआई-ब्लास्ट) प्रोफाइल के डेटाबेस के खिलाफ एक क्वेरी अनुक्रम खोजता है।
यह PSI-BLAST के विपरीत है जो अनुक्रमों के डेटाबेस के विरुद्ध एक प्रोफ़ाइल खोजता है,
इसलिए 'रिवर्स'। आरपीएसब्लास्ट एक ब्लास्ट-जैसे एल्गोरिदम का उपयोग करता है, सिंगल- या डबल-वर्ड ढूंढता है
हिट और फिर इन उम्मीदवार मैचों पर एक अनकैप्ड एक्सटेंशन का प्रदर्शन करना। यदि एक
पर्याप्त रूप से उच्च-स्कोरिंग अनकैप्ड संरेखण का उत्पादन किया जाता है, एक गैप्ड एक्सटेंशन किया जाता है
और वे (अंतराल) संरेखण पर्याप्त रूप से कम अपेक्षित मूल्य के साथ सूचित किए जाते हैं। इस
प्रक्रिया IMPALA के विपरीत है जो के बीच स्मिथ-वाटरमैन गणना करता है
क्वेरी और प्रत्येक प्रोफ़ाइल, मैच की पहचान करने के लिए शब्द-हिट दृष्टिकोण का उपयोग करने के बजाय
बढ़ाया जाना चाहिए।

सीडटॉप दो अपेक्षाकृत सरल प्रश्नों के उत्तर देता है:
1. अनुक्रम और पैटर्न के डेटाबेस को देखते हुए, अनुक्रम में कौन से पैटर्न होते हैं
और कहाँ?
2. एक पैटर्न और एक अनुक्रम डेटाबेस को देखते हुए, किस क्रम में पैटर्न होता है और
कहा पे?

इनमें से कुछ कमांड कई प्रकार की तुलना का समर्थन करते हैं, जो द्वारा शासित होते हैं -p
("कार्यक्रम") ध्वज:

ब्लास्टप एक प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस के खिलाफ एक एमिनो एसिड क्वेरी अनुक्रम की तुलना करता है।

ब्लास्टन एक न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम डेटाबेस के खिलाफ एक न्यूक्लियोटाइड क्वेरी अनुक्रम की तुलना करता है।

ब्लास्टएक्स न्यूक्लियोटाइड क्वेरी के छह-फ्रेम वैचारिक अनुवाद उत्पादों की तुलना करता है
प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस के विरुद्ध अनुक्रम (दोनों किस्में)। के लिये bl2seq,
न्यूक्लियोटाइड दिया गया पहला अनुक्रम होना चाहिए।

Psitblastn एक न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम डेटाबेस के खिलाफ एक प्रोटीन क्वेरी अनुक्रम की तुलना करता है
a . का उपयोग करके सभी छह रीडिंग फ्रेम (दोनों किस्में) में गतिशील रूप से अनुवादित
PSI-BLAST द्वारा निर्मित स्थिति विशिष्ट मैट्रिक्स।

tblastn एक न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम डेटाबेस के खिलाफ एक प्रोटीन क्वेरी अनुक्रम की तुलना करता है
सभी छह रीडिंग फ्रेम (दोनों किस्में) में गतिशील रूप से अनुवादित। के लिये bl2seq,
न्यूक्लियोटाइड दिया गया दूसरा क्रम होना चाहिए।

tblastx एक न्यूक्लियोटाइड क्वेरी अनुक्रम के छह-फ्रेम अनुवादों की तुलना करता है
एक न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम डेटाबेस के छह-फ्रेम अनुवाद।

विकल्प

विकल्पों का सारांश नीचे दिया गया है।

- प्रिंट उपयोग संदेश

-A (ब्ल2सेक)
परिग्रहण के रूप में इनपुट अनुक्रम। संस्करण

-A N (ब्लास्टॉल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी, मेगाब्लास्ट)
एकाधिक हिट विंडो आकार; आम तौर पर डिफ़ॉल्ट रूप से 0 (सिंगल-हिट एक्सटेंशन के लिए) होता है, लेकिन
असतत टेम्पलेट्स का उपयोग करते समय डिफॉल्ट 40 हो जाता है।

-B N (विस्फोट2)
ऑन-द-फ्लाई आउटपुट का उत्पादन करें:
0 कोई नहीं (डिफ़ॉल्ट)
ऑफ़सेट और गुणवत्ता मूल्यों की 1 तालिका
2 अनुक्रम डेटा जोड़ें
3 पाठ ASN.1
4 बाइनरी ASN.1

-B N (ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड)
संयोजित प्रश्नों की संख्या, विस्फोट या tblastn मोड में

-B फ़ाइल का नाम (ब्लास्टपीजीपी)
PSI-BLAST पुनरारंभ के लिए इनपुट संरेखण फ़ाइल

-C X (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3)
ब्लास्टप या टब्लस्टन के लिए संरचना-आधारित आंकड़ों का उपयोग करें:
टी, टी, डी, या डी
डिफ़ॉल्ट (के बराबर 1 एसटी ब्लास्ट १ ९ 2 ९ और ब्लास्टॉल_ओल्ड करने के लिए और 2 एसटी ब्लास्टल
और ब्लास्टक्ल3)
0, एफ, या एफ
कोई रचना-आधारित आँकड़े नहीं
1 संरचना-आधारित आँकड़े जैसा कि नर 29:2994-3005, 2001
2 संरचना-आधारित स्कोर समायोजन इस प्रकार है जैव सूचना विज्ञान 21:902-911, 2005,
अनुक्रम गुणों पर वातानुकूलित
3 संरचना-आधारित स्कोर समायोजन इस प्रकार है जैव सूचना विज्ञान 21:902-911, 2005,
बिना शर्त
ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, या ब्लास्टक्ल3 में आंकड़े सक्षम करते समय (यानी, विस्फोट नहीं 2),
जोड़कर u (केस-असंवेदनशील) मोड के लिए एकीकृत पी-मानों के उपयोग को सक्षम बनाता है
केवल राउंड 1 में संरेखण और कंपोजिटल पी-मानों का संयोजन।

-C फ़ाइल का नाम (ब्लास्टपीजीपी)
PSI-BLAST चेकपॉइंटिंग के लिए आउटपुट फ़ाइल

-C N (बीज की चोटी)
केवल स्कोर करें या नहीं (डिफ़ॉल्ट = 1)

-D N (ब्ल2सेक)
आउटपुट स्वरूप:
0 पारंपरिक (डिफ़ॉल्ट)
1 सारणी

-D N (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3)
आनुवंशिक कोड के अनुसार डेटाबेस में अनुक्रमों का अनुवाद करें N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (डिफ़ॉल्ट 1 है; केवल tblast* पर लागू होता है)

-D N (मेगाब्लास्ट)
आउटपुट का प्रकार:
0 संरेखण समापन बिंदु और स्कोर
1 सभी अनकैप्ड खंड समापन बिंदु
2 पारंपरिक ब्लास्ट आउटपुट (डिफ़ॉल्ट)
3 टैब-सीमांकित एक पंक्ति प्रारूप
4 वृद्धिशील पाठ ASN.1
5 वृद्धिशील बाइनरी ASN.1

-D N (बीज की चोटी)
संरेखित करने के लिए लागत में गिरावट (डिफ़ॉल्ट = 99999)

-E N (bl2seq, ब्लास्टक्ल3, मेगाब्लास्ट)
एक अंतर लागत का विस्तार N (-1 डिफ़ॉल्ट व्यवहार को आमंत्रित करता है)

-E N (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड)
एक अंतर लागत का विस्तार N (-1 डिफ़ॉल्ट व्यवहार का आह्वान करता है: लालची होने पर गैर-संबद्ध, 2
अन्यथा)

-E N (ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला, सीडटॉप)
एक अंतर लागत का विस्तार N (डिफ़ॉल्ट 1 है)

-F str (bl2seq, ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टपीजीपी,
ब्लास्टक्ल3, इम्पाला, मेगाब्लास्ट, आरपीएसब्लास्ट) DUST या SEG के लिए फ़िल्टर विकल्प; करने के लिए चूक
T bl2seq,blast2,blastall,blastall_old,blastcl3, और megablast, और to . के लिए F एसटी
ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला, और आरपीएसब्लास्ट।

-F (बीज की चोटी)
SEG के साथ फ़िल्टर अनुक्रम।

-G N (bl2seq, ब्लास्टक्ल3, मेगाब्लास्ट)
एक अंतर खोलने की लागत N (-1 डिफ़ॉल्ट व्यवहार को आमंत्रित करता है)

-G N (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड)
एक अंतर खोलने की लागत N (-1 डिफ़ॉल्ट व्यवहार का आह्वान करता है: लालची होने पर गैर-एफ़िन, 5 अगर
गतिशील प्रोग्रामिंग का उपयोग करना)

-G N (ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला, सीडटॉप)
एक अंतर खोलने की लागत N (डिफ़ॉल्ट 11 है)

-H (विस्फोट2)
HTML आउटपुट का उत्पादन करें

-H N (ब्लास्टपीजीपी)
क्वेरी में आवश्यक क्षेत्र का अंत (-1 क्वेरी के अंत को इंगित करता है)

-H (इपाला)
प्रिंट सहायता (उपयोग संदेश से भिन्न)

-H N (मेगाब्लास्ट)
प्रति डेटाबेस अनुक्रम को बचाने के लिए एचएसपी की अधिकतम संख्या (डिफ़ॉल्ट 0 है, असीमित)

-I "प्रारंभ रुकें"(bl2seq, ब्लास्ट2)
पहले (क्वेरी) अनुक्रम पर स्थान (केवल तभी लागू होता है जब फ़ाइल निर्दिष्ट की जाती है -i शामिल हैं
एक ही क्रम)

-I (ब्लास्टॉल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला, मेगाब्लास्ट,
आरपीएसब्लास्ट, सीडटॉप) जीआई को डिफ्लिन में दिखाएं

-J "प्रारंभ रुकें"(bl2seq, ब्लास्ट2)
दूसरे (विषय) अनुक्रम पर स्थान (केवल तभी लागू होता है जब फ़ाइल निर्दिष्ट होती है -j
एक एकल अनुक्रम शामिल है)

-J (ब्लास्टॉल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला, मेगाब्लास्ट,
rpsblast, Seedtop) क्वेरी पर विश्वास करें defline

-K N (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी)
किसी क्षेत्र से रखने के लिए सर्वश्रेष्ठ हिट की संख्या। डिफ़ॉल्ट रूप से बंद। यदि 100 . के मान का उपयोग किया जाता है
इसकी सिफारिश की जाती है। के बहुत उच्च मूल्य -v or -b भी सुझाव दिए गए हैं।

-K N (बीज की चोटी)
आंतरिक हिट बफर आकार गुणक (wrt क्वेरी लंबाई; डिफ़ॉल्ट = 2)

-L (विस्फोट2)
चौड़ाई 12 . के साथ (शास्त्रीय मेगा ब्लास्ट) लुकअप तालिका का उपयोग करें

-L चालू बंद (ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, मेगाब्लास्ट,
rpsblast) क्वेरी अनुक्रम पर स्थान (rpsblast के लिए, केवल ब्लास्टप मोड में मान्य)

-M str (bl2seq, ब्लास्ट2, ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3,
ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला, सीडटॉप) मैट्रिक्स का प्रयोग करें str (डिफ़ॉल्ट = BLOSUM62)

-M N (मेगाब्लास्ट)
एकल खोज के लिए क्वेरी की अधिकतम कुल लंबाई (डिफ़ॉल्ट = 5000000)

-N (विस्फोट2)
सारणीबद्ध आउटपुट में अनुक्रम आईडी के लिए केवल एक्सेस दिखाएं

-N X (ब्लास्टपीजीपी, आरपीएसब्लास्ट)
गैपिंग को ट्रिगर करने के लिए बिट्स की संख्या (डिफ़ॉल्ट = 22.0)

-N N (मेगाब्लास्ट)
एक सन्निहित शब्द टेम्पलेट का प्रकार:
0 कोडिंग (डिफ़ॉल्ट)
1 इष्टतम
2 दो एक साथ

-O फ़ाइल का नाम (ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3,
ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला, मेगाब्लास्ट, आरपीएसब्लास्ट, सीडटॉप) लिखें (ASN.1) अनुक्रम संरेखण
सेवा मेरे फ़ाइल का नाम; केवल ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला, आरपीएसब्लास्ट, और सीडटॉप के साथ मान्य है -J, तथा
केवल मेगाब्लास्ट के लिए मान्य -डी2.

-P X (विस्फोट2)
पहचान प्रतिशत कट-ऑफ

-P N (ब्लास्टॉल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी, आरपीएसब्लास्ट)
सिंगल-हिट मोड के लिए 1 या मल्टीपल-हिट मोड के लिए 0 पर सेट करें (डिफ़ॉल्ट)। लागू नहीं होता
विस्फोट करना।

-P फ़ाइल का नाम (इपाला)
डेटाबेस से मैट्रिक्स प्रोफाइल पढ़ें फ़ाइल का नाम

-P N (मेगाब्लास्ट)
हैश मान के लिए पदों की अधिकतम संख्या (अनदेखा करने के लिए 0 [डिफ़ॉल्ट] पर सेट)

-Q N (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3)
आनुवंशिक कोड के अनुसार क्वेरी का अनुवाद करें N में /usr/share/ncbi/data/gc.prt (डिफ़ॉल्ट
1 है)

-Q फ़ाइल का नाम (ब्लास्टपीजीपी)
ASCII में PSI-विस्फोट मैट्रिक्स के लिए आउटपुट फ़ाइल

-Q फ़ाइल का नाम (मेगाब्लास्ट)
नकाबपोश क्वेरी आउटपुट; आवश्यक है -D 2

-R (विस्फोट2)
स्थानीय रूप से इष्टतम स्मिथ-वाटरमैन संरेखण की गणना करें। (यह विकल्प केवल उपलब्ध है
गैप्ड tblastn के लिए।)

-R फ़ाइल का नाम (ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड)
PSI-TBLASTN चेकपॉइंट फ़ाइल पढ़ें फ़ाइल का नाम

-R (ब्लास्टक्ल3)
आरपीएस ब्लास्ट सर्च

-R फ़ाइल का नाम (ब्लास्टपीजीपी)
साई-विस्फोट पुनरारंभ के लिए इनपुट फ़ाइल

-R (मेगाब्लास्ट)
आउटपुट के अंत में लॉग जानकारी की रिपोर्ट करें

-S N (bl2seq, ब्लास्ट2, ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3,
मेगाब्लास्ट) ब्लास्टन, ब्लास्टएक्स, टीब्लास्टएक्स के लिए डेटाबेस के खिलाफ खोज करने के लिए क्वेरी किस्में:
1 शीर्ष
2 तल
3 दोनों (डिफ़ॉल्ट)

-S N (ब्लास्टपीजीपी)
क्वेरी में आवश्यक क्षेत्र की शुरुआत (डिफ़ॉल्ट = 1)

-S N (बीज की चोटी)
कटऑफ लागत (डिफ़ॉल्ट = 30)

-T (bl2seq, ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी, मेगाब्लास्ट,
rpsblast) HTML आउटपुट का उत्पादन करें

-T N (विस्फोट2)
एक सन्निहित शब्द टेम्पलेट का प्रकार:
0 कोडिंग (डिफ़ॉल्ट)
1 इष्टतम
2 दो एक साथ

-U (bl2seq, ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी, मेगाब्लास्ट,
rpsblast) क्वेरी अनुक्रम के लिए लोअर केस फ़िल्टरिंग का उपयोग करें

-V (bl2seq, ब्लास्टल, मेगाब्लास्ट)
पुराने इंजन का बल प्रयोग

-V (विस्फोट2)
डेटाबेस स्कैनिंग के लिए परिवर्तनीय शब्द आकार दृष्टिकोण का प्रयोग करें

-W N (bl2seq, ब्लास्ट2, ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3,
ब्लास्टपीजीपी, मेगाब्लास्ट, आरपीएसब्लास्ट) आकार के शब्दों का प्रयोग करें N (सर्वश्रेष्ठ पूर्ण मिलान की लंबाई;
शून्य डिफ़ॉल्ट व्यवहार को आमंत्रित करता है, मेगाब्लास्ट को छोड़कर, जो डिफ़ॉल्ट रूप से 28 है, और
ब्लास्टपीजीपी, जो डिफ़ॉल्ट रूप से 3 पर है। अन्य कमांड के लिए डिफ़ॉल्ट मान अलग-अलग होते हैं
"कार्यक्रम": 11 विस्फोट के लिए, 28 मेगाब्लास्ट के लिए, और 3 अन्य सभी चीज़ों के लिए।)

-X N (bl2seq, ब्लास्ट2, ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3,
ब्लास्टपीजीपी, मेगाब्लास्ट, आरपीएसब्लास्ट, सीडटॉप) गैप्ड एलाइनमेंट के लिए एक्स ड्रॉपऑफ वैल्यू (इन .)
बिट्स) (शून्य डिफ़ॉल्ट व्यवहार को आमंत्रित करता है, मेगाब्लास्ट को छोड़कर, जो डिफ़ॉल्ट रूप से 20 है,
और rpsblast और सीडटॉप, जो डिफ़ॉल्ट रूप से 15 है। दूसरे के लिए डिफ़ॉल्ट मान
कमांड "प्रोग्राम" के साथ भिन्न होते हैं: ब्लास्टन के लिए 30, मेगाब्लास्ट के लिए 20, tblastx के लिए 0, और
15 बाकी सब के लिए।)

-Y X (bl2seq, ब्लास्ट2, ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3,
ब्लास्टपीजीपी, मेगाब्लास्ट, आरपीएसब्लास्ट) खोज स्थान की प्रभावी लंबाई (शून्य के लिए उपयोग करें)
वास्तविक आकार)

-Z N (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी,
megablast, rpsblast) अंतिम [गतिशील प्रोग्रामिंग?] के लिए X ड्रॉपऑफ़ मान गैप्ड
बिट्स में संरेखण (ब्लास्टन और मेगाब्लास्ट के लिए डिफ़ॉल्ट 100 है, tblastx के लिए 0, 25 के लिए
अन्य)

-a फ़ाइल का नाम (ब्ल2सेक)
करने के लिए पाठ ASN.1 आउटपुट लिखें फ़ाइल का नाम

-a N (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी,
इम्पाला, मेगाब्लास्ट, आरपीएसब्लास्ट) उपयोग किए जाने वाले थ्रेड्स की संख्या (डिफ़ॉल्ट एक है)

-b N (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी,
इम्पाला, मेगाब्लास्ट, आरपीएसब्लास्ट) के लिए संरेखण दिखाने के लिए डेटाबेस अनुक्रमों की संख्या
(बी) (डिफ़ॉल्ट 250 है)

-c (विस्फोट2)
मास्क लोअर केस

-c N (इपाला)
मल्टीपास संस्करण के लिए छद्म गणना में निरंतर; 0 (डिफ़ॉल्ट) एन्ट्रापी विधि का उपयोग करता है;
अन्यथा 30 के करीब एक मूल्य की सिफारिश की जाती है

-c N (इपाला)
मल्टीपास संस्करण के लिए छद्म गणना में स्थिर (डिफ़ॉल्ट 10 है)

-d N (ब्ल2सेक)
सैद्धांतिक डीबी आकार का प्रयोग करें N (शून्य वास्तविक आकार के लिए खड़ा है)

-d str (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी,
इम्पाला, मेगाब्लास्ट, सीडटॉप) उपयोग करने के लिए डेटाबेस (सभी निष्पादन योग्य के लिए डिफ़ॉल्ट एनआर है
ब्लास्ट 2 को छोड़कर, जिसे सेट नहीं होने पर दूसरे FASTA अनुक्रम की आवश्यकता होती है)

-d फ़ाइल का नाम (आरपीएसब्लास्ट)
आरपीएस ब्लास्ट डेटाबेस

-e X उम्मीद मूल्य (ई) (डिफ़ॉल्ट = 10.0)

-f X (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3)
हिट के विस्तार के लिए सीमा, डिफ़ॉल्ट अगर शून्य: ब्लास्ट और मेगाब्लास्ट के लिए 0, 11 के लिए
ब्लास्टप, ब्लास्टएक्स के लिए 12, और टीबीलासन और टीब्लास्टएक्स के लिए 13।

-f N (ब्लास्टपीजीपी)
हिट बढ़ाने की सीमा (डिफ़ॉल्ट 11)

-f (मेगाब्लास्ट)
आउटपुट में पूर्ण आईडी दिखाएं (डिफ़ॉल्ट: केवल जीआई या एक्सेस)

-f (बीज की चोटी)
पैटर्न की खोज करने के लिए बाध्य करें, भले ही वे बहुत अधिक संभावना वाले हों

-g F (bl2seq, ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3)
गैप्ड अलाइनमेंट न करें (tblastx के लिए लागू नहीं)

-g (विस्फोट2)
गैप्ड एक्सटेंशन के लिए लालची एल्गोरिदम का प्रयोग करें

-g F (मेगाब्लास्ट)
डेटाबेस के प्रत्येक आधार के लिए असतत मेगाब्लास्ट शब्द उत्पन्न करें
(वर्तमान ब्लास्ट इंजन के साथ अनिवार्य)

-h N (विस्फोट2)
आउट-ऑफ़-फ़्रेम गैपिंग के लिए फ़्रेम शिफ़्ट पेनल्टी (केवल ब्लास्टएक्स, टीब्लास्टन; डिफ़ॉल्ट is
शून्य)

-h X (ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला)
मल्टीपास मॉडल में शामिल करने के लिए ई-वैल्यू थ्रेशोल्ड (ब्लास्टपीजीपी के लिए डिफ़ॉल्ट = 0.002,
0.005 इम्पाला के लिए)

-i फ़ाइल का नाम
पढ़ें (प्रथम, क्वेरी) अनुक्रम या से सेट करें फ़ाइल का नाम (डिफ़ॉल्ट स्टडिन है; इसके लिए आवश्यक नहीं है
ब्लास्टपीजीपी अगर स्कोरमैट से पुनः आरंभ हो रहा है)

-j फ़ाइल का नाम (bl2seq, ब्लास्ट 2)
दूसरा (विषय) अनुक्रम पढ़ें या से सेट करें फ़ाइल का नाम

-j N (ब्लास्टपीजीपी)
मल्टीपास संस्करण में उपयोग करने के लिए पास की अधिकतम संख्या (डिफ़ॉल्ट = 1)

-k str (विस्फोट2)
PHI-BLAST . के लिए पैटर्न

-k फ़ाइल का नाम (ब्लास्टपीजीपी, सीडटॉप)
PHI-BLAST के लिए इनपुट हिट फ़ाइल (डिफ़ॉल्ट = Hit_file)

-l str (ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टपीजीपी, मेगाब्लास्ट)
डेटाबेस की खोज को जीआई की सूची में प्रतिबंधित करें [स्ट्रिंग]

-l फ़ाइल का नाम (आरपीएसब्लास्ट)
संदेश लॉग इन करें फ़ाइल का नाम मानक त्रुटि के बजाय।

-m (ब्ल2सेक)
खोज के लिए मेगा ब्लास्ट का उपयोग करें

-m N (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी,
इम्पाला, मेगाब्लास्ट, आरपीएसब्लास्ट) संरेखण दृश्य विकल्प:
0 जोड़ीवार (डिफ़ॉल्ट)
1 क्वेरी-लंगर पहचान दिखा रहा है
2 क्वेरी-लंगर, कोई पहचान नहीं
3 फ्लैट क्वेरी-लंगर, पहचान दिखाएं
4 फ्लैट क्वेरी-लंगर, कोई पहचान नहीं
5 प्रश्न-लंगर, कोई पहचान नहीं और कुंद अंत
6 फ्लैट क्वेरी-लंगर, कोई पहचान नहीं और कुंद समाप्त होता है
7 एक्सएमएल ब्लास्ट आउटपुट (इपाला के लिए उपलब्ध नहीं)
8 सारणीबद्ध (इपाला के लिए उपलब्ध नहीं)
टिप्पणी पंक्तियों के साथ 9 सारणीबद्ध (इपाला के लिए उपलब्ध नहीं)
10 ASN.1 पाठ (इपाला या rpsblast के लिए उपलब्ध नहीं)
11 ASN.1 बाइनरी (इपाला या rpsblast के लिए उपलब्ध नहीं)

-n (विस्फोट2)
अनुक्रम आईडी में जीआई दिखाएं

-n (ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3)
मेगाब्लास्ट खोज

-n (मेगाब्लास्ट)
एफ़िन गैप स्कोर के लिए गैर-लालची (डायनेमिक प्रोग्रामिंग) एक्सटेंशन का उपयोग करें

-o फ़ाइल का नाम
को अंतिम संरेखण रिपोर्ट लिखें फ़ाइल का नाम स्टडआउट के बजाय

-p str (bl2seq, ब्लास्ट2, ब्लास्टॉल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3)
"प्रोग्राम" (तुलना प्रकार) का प्रयोग करें str। वर्णन अनुभाग इसमें शामिल है
अधिक विस्तार से विकल्प।

-p str (ब्लास्टपीजीपी)
PHI-BLAST के लिए प्रोग्राम विकल्प (डिफ़ॉल्ट = ब्लास्टपीजीपी)

-p X (मेगाब्लास्ट)
पहचान प्रतिशत कट-ऑफ (डिफ़ॉल्ट = 0)

-p F (आरपीएसब्लास्ट)
क्वेरी अनुक्रम न्यूक्लियोटाइड है, प्रोटीन नहीं

-p str (बीज की चोटी)
कार्यक्रम का नाम:
patmatchp इंगित करता है कि अनुक्रम में कौन से पैटर्न होते हैं
पैटर्नपी इंगित करता है कि किन अनुक्रमों में एक पैटर्न है

-q N (bl2seq, ब्लास्ट2, ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3,
मेगाब्लास्ट, सीडटॉप) न्यूक्लियोटाइड बेमेल के लिए दंड (केवल ब्लास्टन) (डिफ़ॉल्ट = -10
सीडटॉप के लिए, -3 बाकी सब चीजों के लिए)

-q N (ब्लास्टपीजीपी)
ASN.1 चेकपॉइंट डेटा का स्कोरमैट इनपुट:
0 कोई स्कोरमैट इनपुट नहीं (डिफ़ॉल्ट)
1 ASCII स्कोरमैट चेकपॉइंट फ़ाइल से पुनः आरंभ करें
2 बाइनरी स्कोरमैट चेकपॉइंट फ़ाइल से पुनः आरंभ करें

-r N (bl2seq, ब्लास्ट2, ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3,
मेगाब्लास्ट, सीडटॉप) न्यूक्लियोटाइड मैच के लिए इनाम (केवल ब्लास्टन) (डिफ़ॉल्ट = 10 के लिए
सीडटॉप, -10 बाकी सब चीजों के लिए)

-s (विस्फोट2)
नो-ऑप (डेटाबेस के प्रत्येक आधार के लिए पूर्व में अनुरोधित शब्द उत्पन्न करना)

-s (ब्लास्टॉल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी)
स्थानीय रूप से इष्टतम स्मिथ-वाटरमैन संरेखण की गणना करें। ब्लास्टॉल के लिए, ब्लास्टॉल_ओल्ड, और
blastcl3, यह केवल गैप्ड tblastn मोड में उपलब्ध है।

-s N (मेगाब्लास्ट)
रिपोर्ट करने के लिए न्यूनतम हिट स्कोर (डिफ़ॉल्ट व्यवहार के लिए 0)

-t N (bl2seq, ब्लास्ट2, ब्लास्टॉल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3)
एक असंबद्ध शब्द टेम्पलेट की लंबाई (अनुवादित में अनुमत सबसे बड़ा इंट्रॉन)
कई अलग-अलग असाइनमेंट को जोड़ने पर न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम; डिफ़ॉल्ट = 0;
नकारात्मक मान ब्लास्टल, ब्लास्टॉल_ओल्ड, और ब्लास्टक्ल3 के लिए लिंकिंग अक्षम करते हैं।)

-t N[u] (ब्लास्टपीजीपी)
संरचना-आधारित स्कोर समायोजन। पहले वर्ण की व्याख्या इस प्रकार की गई है:
0, एफ, या एफ
कोई रचना-आधारित आँकड़े नहीं
1 रचना-आधारित आँकड़े जैसा कि नर 29:2994-3005, 2001
2, टी, या टी
संरचना-आधारित स्कोर समायोजन के रूप में जैव सूचना विज्ञान 21:902-911, 2005,
दौर 1 में अनुक्रम गुणों पर वातानुकूलित (डिफ़ॉल्ट)
3 संरचना-आधारित स्कोर समायोजन के रूप में जैव सूचना विज्ञान 21:902-911, 2005,
राउंड 1 . में बिना शर्त

जब रचना-आधारित आँकड़े उपयोग में हों, तो संलग्न करना u (केस-असंवेदनशील) को
तर्क अनुरोध एकीकृत पी-मान संरेखण पी-मान और संरचना पी- के संयोजन का अनुरोध करता है
केवल राउंड 1 में मान।

-t N (मेगाब्लास्ट)
एक असतत शब्द टेम्पलेट की लंबाई (सन्निहित शब्द यदि 0 [डिफ़ॉल्ट])

-u (विस्फोट2)
केवल अनकैप्ड अलाइनमेंट करें (tblastx के लिए हमेशा TRUE)

-u str (ब्लास्टक्ल3)
Entrez2 लुकअप के परिणामों के लिए डेटाबेस की खोज को प्रतिबंधित करें

-u N (ब्लास्टपीजीपी)
ASN.1 चेकपॉइंट डेटा का स्कोरमैट आउटपुट:
0 कोई स्कोरमैट आउटपुट नहीं (डिफ़ॉल्ट)
1 आउटपुट ASCII स्कोरमैट चेकपॉइंट फ़ाइल (आवश्यक) -J)
2 आउटपुट बाइनरी स्कोरमैट चेकपॉइंट फ़ाइल (आवश्यक) -J)

-v N (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी,
impala, megablast, rpsblast) दिखाने के लिए एक-पंक्ति विवरण की संख्या (V) (डिफ़ॉल्ट =
500)

-w N (विस्फोट2)
विंडो आकार (प्रारंभिक हिट की एक जोड़ी के बीच अधिकतम अनुमत दूरी; 0 आह्वान
डिफ़ॉल्ट व्यवहार, -1 एकाधिक हिट बंद कर देता है)

-w N (ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3)
फ़्रेम शिफ्ट पेनल्टी (ब्लास्टएक्स के लिए ओओएफ एल्गोरिथम)

-y X (ब्लास्ट 2, ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी,
इम्पाला, आरपीएसब्लास्ट) बिट्स में अनकैप्ड एक्सटेंशन के लिए एक्स ड्रॉपऑफ़ (0.0 डिफ़ॉल्ट को आमंत्रित करता है
व्यवहार: 20 विस्फोट के लिए, 10 मेगाब्लास्ट के लिए, और 7 अन्य सभी के लिए।)

-y N (मेगाब्लास्ट)
अनकैप्ड एक्सटेंशन के लिए X ड्रॉपऑफ़ मान (डिफ़ॉल्ट 10 है)

-z N (विस्फोट2)
असमान अंतराल एचएसपी लिंकिंग के लिए सबसे लंबी इंट्रॉन लंबाई (केवल tblastn; डिफ़ॉल्ट 0 है)

-z N (ब्लास्टल, ब्लास्टल_ओल्ड, ब्लास्टक्ल3, ब्लास्टपीजीपी, इम्पाला,
megablast, rpsblast) डेटाबेस की प्रभावी लंबाई (वास्तविक आकार के लिए शून्य का उपयोग करें)

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