Indexdb_rna - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

Indexdb_rna - फ़िल्टरिंग, मैपिंग और OTU-पिकिंग NGS रीड्स के लिए उपकरण (indexdb)

SYNOPSIS

Indexdb_rna --संदर्भ db.fasta,db.idx [विकल्प]

वर्णन

SortMeRNA फ़िल्टरिंग, मैपिंग और OTU-पिकिंग के लिए एक जैविक अनुक्रम विश्लेषण उपकरण है
एनजीएस पढ़ता है। कोर एल्गोरिदम अनुमानित बीजों पर आधारित है और तेजी से और की अनुमति देता है
न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों का संवेदनशील विश्लेषण। SortMeRNA का मुख्य अनुप्रयोग फ़िल्टरिंग है
मेटाट्रांसक्रिप्टोमिक डेटा से आरआरएनए। अतिरिक्त अनुप्रयोगों में ओटीयू-चयन और शामिल हैं
वर्गीकरण असाइनमेंट QIIME v1.9+ के माध्यम से उपलब्ध है (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA इनपुट के रूप में रीड्स (फास्टा या फास्टक्यू प्रारूप) और एक या एकाधिक आरआरएनए की एक फ़ाइल लेता है
डेटाबेस फ़ाइल(फ़ाइलें), और आरआरएनए और अस्वीकृत रीड्स को अलग करके निर्दिष्ट दो फ़ाइलों में विभाजित करता है
उपयोगकर्ता. वैकल्पिक रूप से, यह आरआरएनए रीड्स के उच्च गुणवत्ता वाले स्थानीय संरेखण प्रदान कर सकता है
आरआरएनए डेटाबेस। SortMeRNA इलुमिना, 454, आयन टोरेंट और PacBio डेटा के साथ काम करता है, और कर सकता है
एसएएम और ब्लास्ट-जैसे संरेखण उत्पन्न करें।

विकल्प

अनिवार्य विकल्प
--संदर्भ स्ट्रिंग, स्ट्रिंग
FASTA संदर्भ फ़ाइल, अनुक्रमणिका फ़ाइल
उदाहरण:
--संदर्भ /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
यदि एकाधिक संदर्भ अनुक्रम फ़ाइलें पास की जा रही हैं, तो उन्हें ':' से अलग करें
उदाहरण:
--संदर्भ /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

वैकल्पिक विकल्प
--तेज़ BOOL
~99% संबंधित प्रजातियों को संरेखित करने के लिए सुझाया गया विकल्प (डिफ़ॉल्ट: बंद)

--संवेदनशील BOOL
~75-98% संबंधित प्रजातियों को संरेखित करने के लिए सुझाया गया विकल्प (डिफ़ॉल्ट: चालू)

--tmpdir STRING है
निर्देशिका जहाँ अस्थायी फ़ाइलें लिखनी हैं

-m INT सूचकांक बनाने के लिए मेमोरी की मात्रा (Mbytes में) (डिफ़ॉल्ट: 3072)

-L INT बीज की लंबाई (डिफ़ॉल्ट: 18)

--max_pos INT
प्रत्येक अद्वितीय एल-मेर के लिए स्टोर करने के लिए पदों की अधिकतम संख्या (डिफ़ॉल्ट: 10000, सेटिंग
--max_pos 0 सभी पदों को संग्रहित करेगा)

-v BOOL
वाचाल

-h BOOL
मदद

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