यह वह कमांड है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
insegt - एनोटेशन के साथ दूसरी पीढ़ी के अनुक्रमण डेटा को इंटरसेक्ट करना
SYNOPSIS
insegt [विकल्प]
वर्णन
INSEGT RNA-Seq रीड्स (सिंगल-एंड या पेयर-एंड) के संरेखण का विश्लेषण करने के लिए एक उपकरण है।
जीन-एनोटेशन का उपयोग करके।
INSEGT में इनपुट एक एसएएम फ़ाइल है जिसमें संरेखण और एक फ़ाइल शामिल है
संदर्भ जीनोम के एनोटेशन, या तो जीएफएफ या जीटीएफ प्रारूप में।
-h, --मदद
यह सहायता संदेश प्रदर्शित करता है।
--संस्करण
संस्करण जानकारी प्रदर्शित करें
विकल्प: :
--, --पढ़ें-आउटपुट फ़ाइल
रीड-आउटपुट के लिए आउटपुट फ़ाइल नाम, जिसमें मैप किए गए एनोटेशन शामिल हैं
उनकी मूल टिप्पणी. वैध फ़ाइल प्रकार है: gff.
-आओ, --anno-आउटपुट फ़ाइल
एनो-आउटपुट के लिए आउटपुट फ़ाइल नाम, जिसमें जीएफएफ के समान एनोटेशन शामिल हैं
इनपुट और इसके अतिरिक्त मैप किए गए रीड्स की गिनती और सामान्यीकृत अभिव्यक्ति
आरपीकेएम में स्तर। वैध फ़ाइल प्रकार है: gff.
-सेवा, --टुपल-आउटपुट फ़ाइल
टपल-आउटपुट के लिए आउटपुट फ़ाइल नाम, जिसमें रीड्स द्वारा जुड़े एक्सॉन टुपल्स शामिल हैं
matepairs. वैध फ़ाइल प्रकार है: gff.
-NS, --फ्यूजन-आउटपुट एसटीआर
फ़्यूज़न-आउटपुट के लिए आउटपुट फ़ाइल नाम, जिसमें जीन फ़्यूज़न का एक्सॉन टपल शामिल है
(उन्नत विकल्प, वर्तमान में KNIME के लिए कोई आउटपुट पोर्ट नहीं है)। जीएफएफ में से एक.
-n, --ntuple INT
ntuple डिफ़ॉल्ट: 2.
-o, --ऑफ़सेट-अंतराल INT
खोज के लिए लघु संरेखण-अंतराल पर ऑफसेट। डिफ़ॉल्ट: 5.
-t, --दहलीज-अंतराल INT
संरेखण में अनुमत अंतराल के लिए सीमा (इंट्रॉन नहीं)। डिफ़ॉल्ट: 5.
-c, --सीमा-गणना INT
न्यूनतम के लिए दहलीज. आउटपुट के लिए टुपल की गिनती। डिफ़ॉल्ट: 1.
-r, --दहलीज-आरपीकेएम डबल
न्यूनतम के लिए दहलीज. आउटपुट के लिए टुपल का आरपीकेएम। डिफ़ॉल्ट: 0.0.
-m, --मैक्स-टुपल
केवल maxTuple बनाएं (जो संपूर्ण पठन द्वारा फैलाए गए हैं)।
-e, --exact-ntuple
सटीक लंबाई n का केवल Tuple बनाएं। डिफ़ॉल्ट रूप से सभी टपल दी गई लंबाई तक होते हैं
गणना की जाती है (यदि -m सेट है, -e नजरअंदाज कर दिया जाएगा)
-u, --अज्ञात-अभिविन्यास
पढ़ने का अभिमुखीकरण अज्ञात है.
उदाहरण
insegt
example/संरेखण.sam example/annotations.gff
डिफ़ॉल्ट पैरामीटर वाली उदाहरण फ़ाइलों पर INSEGT चलाएँ।
insegt -m example/संरेखण.sam example/annotations.gff
उदाहरण फ़ाइलों पर INSEGT चलाएँ और केवल maxTuple की गणना करें।
insegt -c 2 example/alignments.sam example/annotations.gff
उदाहरण फ़ाइलों पर INSEGT चलाएँ और केवल एक मिनट में आउटपुट टुपल करें। 2 की गिनती.
VERSION
insegt संस्करण: 1.0 अंतिम अद्यतन 2012-09-11
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन insegt का उपयोग करें
