किमीर-मास्क - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

किमीर-मास्क - किमीर सामग्री द्वारा न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों का मुखौटा और फ़िल्टर सेट

SYNOPSIS

किमीर-मास्क {-उपन्यास|-की पुष्टि} [-एमडीबी मेर-डेटाबेस] [-एमएस मेर-आकार] [-ईडीबी अस्तित्व-डेटाबेस] [-m
मिनट आकार] [-e विस्तार-आकार] [-कम दहलीज l] [-उच्च सीमा h] [-t धागे] [-v] [-h
हिस्टोग्राम] [-को बढ़ावा देना|-निम्नलिखित|-रद्द करें] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o आउटपुट-उपसर्ग

वर्णन

किमीर सामग्री द्वारा अनुक्रमों का मास्क और फ़िल्टर सेट (पढ़ा हुआ माना जाता है)। मास्किंग हो सकती है
डेटाबेस में उपन्यास अनुक्रम को बनाए रखने के लिए, या पुष्टि किए गए अनुक्रम को मौजूद बनाए रखने के लिए किया गया
डेटाबेस में. फ़िल्टर करने से अनुक्रम पूरी तरह, आंशिक रूप से या बिना छिपाए अलग हो जाएंगे।

विकल्प

-एमडीबी मेर-डेटाबेस
किलोमीटर से मास्किंग लोड करें मेरील(1) मेर-डेटाबेस

-एमएस मेर-आकार

-ईडीबी अस्तित्व-डेटाबेस
मास्किंग किमीर्स को ए में सहेजें अस्तित्वडीबी(1) फ़ाइल अस्तित्व-डेटाबेस तेजी से पुनः आरंभ करने के लिए

-1 in.1.fastq

-2 in.2.fastq
इनपुट fastq, fastq.gz, fastq.bz2 या fastq.xz प्रारूप में फ़ाइलें पढ़ता है। दूसरा है
वैकल्पिक, लेकिन मौजूद न होने पर आउटपुट वर्गीकरण गड़बड़ा जाता है।

-o आउट
आउटपुट रीड्स के लिए उपसर्ग

आउट.पूरी तरह से नकाबपोश।[12].fastq
निम्न 'लो थ्रेसहोल्ड' आधारों को बरकरार रखते हुए पढ़ा जाता है

आउट.आंशिक रूप से नकाबपोश।[12].fastq
बीच-बीच में पढ़ता है

आउट.बरकरार रखा गया।[12].fastq
'हाईट्रेशोल्ड' से अधिक आधारों को बरकरार रखते हुए पढ़ता है

आउट.त्याग दिया गया।[12].fastq
विरोधाभासी स्थिति के साथ पढ़ता है

-m मिनट आकार
लगातार कई किलोमीटर के नीचे डेटाबेस हिट को अनदेखा करें (0)

-e विस्तार-आकार
इतने सारे लुप्त किलोमीटरों में डेटाबेस हिट्स का विस्तार करें (0)

-उपन्यास डेटाबेस में मौजूद उपन्यास अनुक्रम को बनाए रखें

-की पुष्टि
डेटाबेस में मौजूद पुष्टिकृत अनुक्रम को बनाए रखें

-को बढ़ावा देना
कम रिटेन्ड रीड को अधिक रिटेन्ड रीड की स्थिति में प्रमोट करें
read1=पूरी तरह से नकाबपोश और read2=आंशिक रूप से नकाबपोश -> दोनों आंशिक रूप से नकाबपोश हैं

-निम्नलिखित
अधिक रीटेन्ड रीड को कम रीटेन्ड रीड की स्थिति में अवनत करें
read1=पूरी तरह से नकाबपोश और read2=आंशिक रूप से नकाबपोश -> दोनों पूरी तरह से नकाबपोश हैं

-रद्द करें
परस्पर विरोधी स्थिति वाले युग्मों को त्यागें (डिफ़ॉल्ट) read1=पूरी तरह से नकाबपोश और
read2=आंशिक रूप से नकाबपोश -> दोनों को खारिज कर दिया गया है

आँकड़े on stderr, संख्या of दृश्यों साथ में राशि बनाए रखा:
-कम दहलीज t
(0.3333)

-उच्च सीमा t
(0.6667)

-h हिस्टोग्राम
बनाए गए अनुक्रम की मात्रा का एक हिस्टोग्राम लिखें

-t t उपयोग t धागों की गणना करें

-v प्रगति दिखाओ

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