लोकस्पोकस - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

लोकसपोकस - दिए गए जीन एनोटेशन के लिए लोकस निर्देशांक की गणना करें

SYNOPSIS

ठिकाना [विकल्पों] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

वर्णन

बुनियादी विकल्प:

-d|--डिबग
टर्मिनल पर विस्तृत डिबगिंग संदेश प्रिंट करें (मानक त्रुटि)

-h|--मदद
इस सहायता संदेश को प्रिंट करें और बाहर निकलें

-v|--संस्करण
प्रिंट संस्करण संख्या और बाहर निकलें

iLocus पार्सिंग:

-l|--डेल्टा: आईएनटी
अंतराल लोकी को पार्स करते समय, जीन लोकी को विस्तारित करने और शामिल करने के लिए निम्नलिखित डेल्टा का उपयोग करें
संभावित नियामक क्षेत्र; डिफ़ॉल्ट 500 है

-s|--छूट
अंतराल लोकी की गणना करते समय, अघोषित (और संभवतः अपूर्ण) को बाहर करें
अनुक्रम के दोनों छोर पर iLoci

-e|--केवल अंत तक
अनुक्रमों के अघोषित सिरों पर केवल अपूर्ण iLocus अंशों की रिपोर्ट करें
(का पूरक -- स्काइपेंड)

-y|--स्किपिलोसी
इंटरजेनिक iLoci की रिपोर्ट न करें

शोधन विकल्प:

-r|--परिष्कृत करें
डिफ़ॉल्ट रूप से जीन को एक ही iLocus में समूहीकृत किया जाता है यदि उनमें कोई ओवरलैप हो; 'परिष्कृत'
मोड ओवरलैपिंग जीन के अधिक सूक्ष्म प्रबंधन की अनुमति देता है

-c|--सीडी
जीन ओवरलैप निर्धारित करने के लिए यूटीआर के बजाय सीडीएस का उपयोग करें; तात्पर्य 'परिष्कृत' मोड से है

-m|--मिनओवरलैप: INT
दो जीनों को समान रूप से समूहीकृत करने के लिए न्यूक्लियोटाइड की न्यूनतम संख्या को ओवरलैप करना होगा
iLocus; डिफ़ॉल्ट 1 है

आउटपुट विकल्प:

-n|--namefmt: एसटीआर
नए के लिए डिफ़ॉल्ट आईडी प्रारूप को ओवरराइड करने के लिए एक प्रिंटफ-शैली प्रारूप स्ट्रिंग प्रदान करें
निर्मित लोकी; लोकी और 'iLocus%lu' के लिए डिफ़ॉल्ट 'locus%lu' (locus1, locus2, आदि) है
(iLocus1, iLocus2, आदि) अंतराल लोकी के लिए; ध्यान दें कि प्रारूप स्ट्रिंग में a शामिल होना चाहिए
एकल %lu विनिर्देशक को लंबे अहस्ताक्षरित पूर्णांक मान से भरा जाना है

-i|--इलेंस: फ़ाइल
प्रत्येक इंटरजेनिक iLocus की लंबाई के साथ एक फ़ाइल बनाएं

-g|--जीनमैप: फ़ाइल
प्रत्येक जीन एनोटेशन से दिए गए संबंधित स्थान पर एक मैपिंग प्रिंट करें
पट्टिका

-o|--आउटफ़ाइल: फ़ाइल
फ़ाइल का नाम जिसमें परिणाम लिखे जायेंगे; डिफ़ॉल्ट टर्मिनल है (मानक
उत्पादन)

-T|--रखता है
इनपुट फ़ाइलों से मूल फ़ीचर आईडी बनाए रखें; यदि इनपुट हुआ तो टकराव उत्पन्न होगा
डुप्लिकेट आईडी मान शामिल हैं

-t|--ट्रांसमैप: फ़ाइल
प्रत्येक प्रतिलेख एनोटेशन से उसके संबंधित स्थान पर एक मैपिंग प्रिंट करें
दी गई फ़ाइल

-V|--क्रियात्मक
GFF3 आउटपुट में सभी लोकस उपविशेषताएं (जीन, आरएनए, आदि) शामिल करें; गलती करना
केवल लोकस सुविधाएँ शामिल हैं

इनपुट विकल्प:

-f|--फ़िल्टर: प्रकार
लोकी/आईलोसी के निर्माण में उपयोग के लिए फीचर प्रकारों की अल्पविराम से अलग की गई सूची; डिफ़ॉल्ट है
'जीन'

-p|--अभिभावक: सीटी:पीटी
यदि $CT प्रकार की कोई सुविधा बिना पेरेंट के मौजूद है, तो इस सुविधा के लिए पेरेंट बनाएं
$PT प्रकार के साथ; उदाहरण के लिए, एमआरएनए: जीन माता-पिता के रूप में एक जीन सुविधा बनाएगा
कोई भी शीर्ष-स्तरीय एमआरएनए सुविधा; यह विकल्प कई बार निर्दिष्ट किया जा सकता है

-u|--छद्म
ग़लती से लेबल किए गए स्यूडोजेन को सही करें

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