masai_mapper - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

मसाई_मैपर - मसाई मैपर

SYNOPSIS

मसाई_मैपर [विकल्प]

वर्णन

मसाई अनुमानित बीजों और गुणकों के आधार पर एक तेज़ और सटीक रीड मैपर है
पीछे हटना।

देख http://www.seqan.de/projects/masai देखें।

(सी) एनरिको सिरागुसा द्वारा कॉपीराइट 2011-2012।

-h, --मदद

यह सहायता संदेश प्रदर्शित करता है।

--संस्करण

संस्करण जानकारी प्रदर्शित करें

मानचित्रण विकल्प:

-म, --मैपिंग-मोड एसटीआर

मैपिंग मोड चुनें। सभी में से एक, सर्व-श्रेष्ठ, और कोई-सर्वश्रेष्ठ। डिफ़ॉल्ट: कोई भी-सर्वश्रेष्ठ।

-एमबी, --मानचित्रण-ब्लॉक NUM

एक बार में मैप किए जाने वाले रीड्स की अधिकतम संख्या। रेंज में [10000..inf]। चूक जाना:
2147483647.

-e, --त्रुटियाँ NUM

प्रति पढ़ने में त्रुटियों की अधिकतम संख्या। रेंज में [0..32]। डिफ़ॉल्ट: 5.

-एसएल, --बीज-लंबाई NUM

न्यूनतम बीज लंबाई। रेंज में [10..100]। डिफ़ॉल्ट: 33.

-एनजीओ, --नो-गैप्स

रीड्स को गैप के साथ संरेखित न करें।

जीनोम इंडेक्स विकल्प:

-x, --अनुक्रमणिका एसटीआर

जीनोम इंडेक्स प्रकार का चयन करें। एसा, सा, क्यूग्राम और एफएम में से एक। डिफ़ॉल्ट: सा.

-एक्सपी, --सूचकांक-उपसर्ग एसटीआर

जीनोम इंडेक्स उपसर्ग नाम निर्दिष्ट करें। डिफ़ॉल्ट: जीनोम फ़ाइल नाम उपसर्ग का उपयोग करें।

आउटपुट विकल्प:

-o, --निर्गम संचिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइल निर्दिष्ट करें। डिफ़ॉल्ट: फ़ाइल नाम उपसर्ग पढ़ता है का उपयोग करें। मान्य फ़ाइल प्रकार
हैं: रॉ और सैम।

-एन सी, --कोई सिगार नहीं

सिगार स्ट्रिंग आउटपुट न करें। यह केवल SAM आउटपुट को प्रभावित करता है।

डीबग विकल्प:

-एनवी, --नहीं-सत्यापित

बीज हिट सत्यापित न करें।

-रा, --नो-डंप

परिणाम मत फेंको।

-एनएम, --नो-मल्टीपल

एकाधिक बैकट्रैकिंग अक्षम करें।

VERSION

masai_mapper संस्करण: 0.7.1 [14053] अंतिम अद्यतन 2013-05-16

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