यह कमांड मैचरे है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
मैचर - वाटरमैन-एगर्ट दो अनुक्रमों का स्थानीय संरेखण
SYNOPSIS
मिलान -एक क्रम अनुक्रम -अनुक्रम अनुक्रम [-डेटा फ़ाइल मैट्रिक्स] [-विकल्प पूर्णांक]
[-गैपोपेन पूर्णांक] [-गैपेक्सटेंड पूर्णांक] -आउटफाइल संरेखित करें
मिलान -मदद
वर्णन
मिलान EMBOSS से एक कमांड लाइन प्रोग्राम है ("यूरोपीय आणविक जीवविज्ञान ओपन
सॉफ्टवेयर सूट")। यह "संरेखण: स्थानीय" कमांड समूह का हिस्सा है।
विकल्प
निवेश अनुभाग
-एक क्रम अनुक्रम
-अनुक्रम अनुक्रम
-डेटा फ़ाइल मैट्रिक्स
यह स्कोरिंग मैट्रिक्स फ़ाइल है जिसका उपयोग अनुक्रमों की तुलना करते समय किया जाता है। डिफ़ॉल्ट रूप से यह है
फ़ाइल 'EBLOSUM62' (प्रोटीन के लिए) या फ़ाइल 'EDNAFULL' (न्यूक्लिक अनुक्रमों के लिए)। इन
फ़ाइलें EMBOSS स्थापना की 'डेटा' निर्देशिका में पाई जाती हैं।
अतिरिक्त अनुभाग
-विकल्प पूर्णांक
यह वैकल्पिक मिलान आउटपुट की संख्या निर्धारित करता है। डिफ़ॉल्ट रूप से केवल उच्चतम
स्कोरिंग संरेखण दिखाया गया है। 2 का मान आपको अन्य उचित संरेखण देता है। में
कुछ मामलों में, उदाहरण के लिए सीडीएनए के मल्टीडोमेन प्रोटीन और जीनोमिक डीएनए तुलना,
अन्य दिलचस्प और महत्वपूर्ण संरेखण हो सकते हैं। डिफ़ॉल्ट मान: 1
-गैपोपेन पूर्णांक
गैप पेनल्टी एक गैप बनने पर लिया गया स्कोर होता है। सर्वोत्तम मूल्य निर्भर करता है
तुलना मैट्रिक्स की पसंद पर। 14 का डिफ़ॉल्ट मान मानता है कि आप का उपयोग कर रहे हैं
प्रोटीन अनुक्रमों के लिए EBLOSUM62 मैट्रिक्स, या 16 का मान और EDNAFULL मैट्रिक्स के लिए
न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम। डिफ़ॉल्ट मान: @($(acdprotein)? 14: 16)
-गैपेक्सटेंड पूर्णांक
अंतराल की लंबाई, या अंतराल विस्तार, दंड को मानक अंतराल दंड में जोड़ा जाता है
अंतराल में प्रत्येक आधार या अवशेष। इस प्रकार लंबे अंतराल को दंडित किया जाता है। आमतौर पर आप
कई छोटे अंतराल के बजाय कुछ लंबे अंतराल की अपेक्षा करें, इसलिए अंतराल विस्तार दंड
गैप पेनल्टी से कम होना चाहिए। अपवाद तब होता है जब एक या दोनों अनुक्रम होते हैं
एकल संभावित अनुक्रमण त्रुटियों के साथ पढ़ता है जिस स्थिति में आप कई की अपेक्षा करेंगे
एकल आधार अंतराल। आप यह परिणाम गैप पेनल्टी को शून्य (या बहुत .) पर सेट करके प्राप्त कर सकते हैं
कम) और गैप स्कोरिंग को नियंत्रित करने के लिए गैप एक्सटेंशन पेनल्टी का उपयोग करना। डिफ़ॉल्ट मान:
@($(एसीडीप्रोटीन)? 4: 4)
उत्पादन अनुभाग
-आउटफाइल संरेखित करें
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके माचिरे का ऑनलाइन उपयोग करें
