मौवेएलाइनर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

मौवे एलाइनर - कुशलता से कई जीनोम संरेखण का निर्माण

SYNOPSIS

मौवेएलाइनर [विकल्प] ...
फ़ाइल नाम>

वर्णन

मौवे एलाइनर और प्रगतिशील मौवे संरेखण एल्गोरिदम को इस प्रकार लागू किया गया है
डाउनलोड करने योग्य माउव सॉफ़्टवेयर के साथ शामिल कमांड-लाइन प्रोग्राम। से चलने पर
कमांड-लाइन, ये प्रोग्राम ग्राफिकल इंटरफ़ेस में अभी तक उपलब्ध नहीं होने वाले विकल्प प्रदान करते हैं।

विकल्प

--आउटपुट=आउटपुट फ़ाइल नाम।
डिफ़ॉल्ट रूप से स्क्रीन पर प्रिंट करता है

--माँ केवल एमयूएम खोजें, स्थानीय रूप से कोलिनियर ब्लॉक (एलसीबी) निर्धारित करने का प्रयास न करें

--नहीं-पुनरावृत्ति पुनरावर्ती एंकर पहचान न करें (अर्थात
--नो-गैप्ड-संरेखण)

--नो-एलसीबी-एक्सटेंशन यदि एलसीबी निर्धारित कर रहे हैं, तो एलसीबी का विस्तार करने का प्रयास न करें

--बीज-आकार=प्रारंभिक बीज मिलान आकार, डिफ़ॉल्ट log_2(औसत seq. लंबाई) है

--मैक्स-एक्सटेंशन-पुनरावृत्तियों =एलसीबी एक्सटेंशन को इतने प्रयासों तक सीमित करें,
डिफ़ॉल्ट 4 . है

--उन्मूलन-समावेशी सबसेट मैचों में लिंक किए गए समावेशन को हटा दें।

--वजन =प्रति क्रम आधार जोड़े में न्यूनतम एलसीबी भार

--मैच-इनपुट=मैचों की खोज करने के बजाय निर्दिष्ट मिलान फ़ाइल का उपयोग करें

--एलसीबी-मैच-इनपुट इंगित करता है कि मिलान इनपुट फ़ाइल में ऐसे मिलान हैं जो रहे हैं
एलसीबी में क्लस्टर किया गया

--एलसीबी-इनपुट=एलसीबी बनाने के बजाय निर्दिष्ट एलसीबी फ़ाइल का उपयोग करें (एलसीबी को छोड़ दें
पीढ़ी)

--स्क्रैच-पथ=बड़े जीनोम के लिए, अस्थायी डेटा के भंडारण के लिए एक निर्देशिका का उपयोग करें।
अलग-अलग रास्तों से दो या दो से अधिक बार देना चाहिए।

--आईडी-मैट्रिक्स=एलसीबी आँकड़े उत्पन्न करें और उन्हें निर्दिष्ट फ़ाइल में लिखें

--द्वीप-आकार=दी गई संख्या से बड़े द्वीप खोजें

--द्वीप-उत्पादन =आउटपुट द्वीप दी गई फ़ाइल (आवश्यकता) --द्वीप-आकार)

--बैकबोन-आकार=बीपी की दी गई संख्या से अधिक लंबी रीढ़ की हड्डी का पता लगाएं

--मैक्स-बैकबोन-गैप=इस लंबाई तक के अंतराल से रीढ़ की हड्डी को बाधित होने दें
बीपी

--बैकबोन-आउटपुट=आउटपुट द्वीप दी गई फ़ाइल (आवश्यकता) --द्वीप-आकार)

--कवरेज-आउटपुट =निर्दिष्ट फ़ाइल में एक कवरेज सूची आउटपुट करें (- stdout के लिए)

--दोहराव एक दोहराव नक्शा बनाता है। केवल एक अनुक्रम निर्दिष्ट किया जा सकता है

--आउटपुट-गाइड-पेड़=निर्दिष्ट फ़ाइल के लिए एक गाइड ट्री लिखें

--कोलीनियर मान लें कि इनपुट अनुक्रम समरेखीय हैं--उनमें कोई पुनर्व्यवस्था नहीं है

गैप संरेखण नियंत्रण:
--नो-गैप्ड-संरेखण गैप्ड अलाइनमेंट न करें

--मैक्स-गैप्ड-एलाइनर-लम्बाई=के साथ संरेखित करने का प्रयास करने के लिए आधार जोड़े की अधिकतम संख्या
गैप्ड एलाइनर

--मिनट-पुनरावर्ती-अंतराल-लंबाई=अंतराल का न्यूनतम आकार जो मौवे पुनरावर्ती प्रदर्शन करेगा
MUM एंकरिंग चालू है (डिफ़ॉल्ट 200 है)

पर हस्ताक्षर किए परिवर्तन मैट्रिक्स विकल्प हैं:
- क्रमपरिवर्तन-मैट्रिक्स-आउटपुट =एलसीबी को एक हस्ताक्षरित क्रमचय मैट्रिक्स के रूप में लिखें
दी गई फ़ाइल

- क्रमपरिवर्तन-मैट्रिक्स-न्यूनतम-वजन =प्रत्येक के लिए एक क्रमपरिवर्तन मैट्रिक्स लिखा जाएगा
इस मान और के मान के बीच भार वाले LCB का सेट --वजन

संरेखण उत्पादन विकल्प हैं:
--संरेखण-आउटपुट-डीआईआर=संरेखण फाइलों का एक सेट (एक प्रति एलसीबी) आउटपुट करता है a
दी गई निर्देशिका

--संरेखण-आउटपुट-प्रारूप =के लिए आउटपुट स्वरूप का चयन करता है --संरेखण-आउटपुट-डीआईआर

--आउटपुट-संरेखण=निर्दिष्ट फ़ाइल में एक एक्सएमएफए प्रारूप संरेखण लिखें

समर्थित संरेखण आउटपुट स्वरूप हैं: फ़िलिप, क्लस्टल, एमएसएफ, नेक्सस, मेगा, कोडन

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