mauveToXMFA - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

addUnalignedIntervals - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
संरेखणप्रोजेक्टर - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
backbone_global_to_local - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
bbAnalyze - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
createBackboneMFA - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
getAlignmentWindows - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
getOrthologList - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
MakeBadgerMatrix - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
मौवेटोक्सएमएफए - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
mfa2xmfa - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
projectAndStrip - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
randomGeneSample - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
ScoreAlignment - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
स्ट्रिपगैप कॉलम - मौवे एलाइनर पैकेज का हिस्सा
स्ट्रिपसबसेटएलसीबी - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
toGrimmFormat - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
toMultiFastA - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
toRawSequence - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
UniqueMerCount - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
uniquifyTreees - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
xmfa2maf - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा

वर्णन

ये उपकरण मौवेएलाइनर पैकेज से संबंधित हैं। वे स्पष्ट रूप से प्रलेखित नहीं हैं लेकिन
एक सिनॉप्सिस लाइन प्रिंट कर रहे हैं जिसे यहां दोहराया गया है।

AddUnalignedIntervals अंतराल फ़ाइल> <आउटपुट अंतराल फ़ाइल>

संरेखणप्रोजेक्टर एक्सएमएफए> <आउटपुट एक्सएमएफए> <एमएफए seq इनपुट> <एमएफए seq आउटपुट> <सूची of
सेक्स सेवा मेरे शामिल, शुरू at 0>

बैकबोन_ग्लोबल_टू_लोकल <xmfa फ़ाइल> <रीढ़ की हड्डी फ़ाइल> <आउटपुट फ़ाइल>

बी बी विश्लेषण <xmfa फ़ाइल> <मार्गदर्शन पेड़> <रीढ़ की हड्डी सेकपोस फ़ाइल> <रीढ़ की हड्डी ज़ीन फ़ाइल> <एनोटेट किया गया
seq सूचकांक> <आउटपुट फ़ाइल>

एनोटेट seq इंडेक्स 0 से शुरू होता है।

बैकबोन एमएफए बनाएं अंतराल फ़ाइल> <आउटपुट एमएफए नाम>

GetAlignmentWindows <एक्सएमएफए संरेखण> <विंडो लंबाई> <विंडो पाली राशि> <आधार उत्पादन
फ़ाइल नाम>

प्राप्त ऑर्थोलॉग सूची प्राप्त ऑर्थोलॉग सूची एक्सएमएफए> <रीढ़ की हड्डी seq फ़ाइल> <संदर्भ जीनोम> <सीडीएस
ऑर्थोलोग फ़ाइल नाम> <सीडीएस संरेखण आधार नाम>

MakeBadgerMatrix MakeBadgerMatrix एक्सएमएफए> <आउटपुट बिज्जू फ़ाइल> <एलसीबी समन्वय फ़ाइल>

मौवेटोक्सएमएफए मौवेटोक्सएमएफए <मौवे संरेखण इनपुट> <एक्सएमएफए आउटपुट>

एमएफए2एक्सएमएफए <एमएफए संरेखण इनपुट> <एक्सएमएफए संरेखण आउटपुट> [असंरेखित फास्टए आउटपुट]

प्रोजेक्ट एंड स्ट्रिप एक्सएमएफए> <आउटपुट एक्सएमएफए> ...

संख्यात्मक अनुक्रम पहचानकर्ता 0 से शुरू होते हैं।

यादृच्छिक जीन नमूना एक्सएमएफए> <रीढ़ की हड्डी seq फ़ाइल> <नमूना जीनोम> <संख्या of जीन>
<आउटपुट आधार नाम> [यादृच्छिक रूप से बीज]

स्कोर संरेखण <सही संरेखण> <गणना की गई संरेखण> [विकसित अनुक्रम फ़ाइल] [स्लागन]

स्ट्रिपगैप कॉलम एक्सएमएफए> <आउटपुट एक्सएमएफए>

स्ट्रिपसबसेटएलसीबी एक्सएमएफए> bbcols> <आउटपुट एक्सएमएफए> [मिनट LCB आकार] [मिनट जीनोम]
[बेतरतीब उपनमूना सेवा मेरे X केबी]

to GrimmFormat <मौवे संरेखण> <जीनोम 1 chr लंबाई>... N chr लंबाई>

मल्टीफ़ास्टए अंतराल फ़ाइल> <आउटपुट आधार नाम>

toRawSequence अनुक्रम> <आउटपुट फ़ाइल>

अद्वितीयमेरकाउंट <क्रमबद्ध सटाना सूची>

अद्वितीय पेड़ <नेक्सस निवेश फ़ाइल> <नेक्सस उत्पादन फ़ाइल>

इनपुट फ़ाइल के सभी ट्री में समान संख्या में टैक्स और समान टैक्सोन होने चाहिए
लेबलों

xmfa2maf <xmfa इनपुट> <माफ आउटपुट>

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