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ऑनवर्क्स फ़ेविकॉन

mauveToXMFA - क्लाउड में ऑनलाइन

उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर पर ऑनवर्क्स मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में मौवेटॉक्सएमएफए चलाएं।

यह माउवेटोक्सएमएफए कमांड है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।

कार्यक्रम:

नाम


addUnalignedIntervals - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
संरेखणप्रोजेक्टर - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
backbone_global_to_local - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
bbAnalyze - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
createBackboneMFA - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
getAlignmentWindows - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
getOrthologList - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
MakeBadgerMatrix - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
मौवेटोक्सएमएफए - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
mfa2xmfa - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
projectAndStrip - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
randomGeneSample - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
ScoreAlignment - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
स्ट्रिपगैप कॉलम - मौवे एलाइनर पैकेज का हिस्सा
स्ट्रिपसबसेटएलसीबी - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
toGrimmFormat - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
toMultiFastA - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
toRawSequence - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
UniqueMerCount - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
uniquifyTreees - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा
xmfa2maf - मौवेएलाइनर पैकेज का हिस्सा

वर्णन


ये उपकरण मौवेएलाइनर पैकेज से संबंधित हैं। वे स्पष्ट रूप से प्रलेखित नहीं हैं लेकिन
एक सिनॉप्सिस लाइन प्रिंट कर रहे हैं जिसे यहां दोहराया गया है।

AddUnalignedIntervals अंतराल फ़ाइल> <output अंतराल फ़ाइल>

संरेखणप्रोजेक्टर एक्सएमएफए> <output एक्सएमएफए> <mfa seq इनपुट> <mfa seq आउटपुट> <list of
सेक्स सेवा मेरे शामिल, शुरू at 0>

backbone_global_to_local <xmfa फ़ाइल> <backbone फ़ाइल> <output फ़ाइल>

बी बी विश्लेषण <xmfa फ़ाइल> <guide पेड़> <backbone सेकपोस फ़ाइल> <backbone ज़ीन फ़ाइल> <annotated
seq सूचकांक> <output फ़ाइल>

एनोटेट seq इंडेक्स 0 से शुरू होता है।

बैकबोन एमएफए बनाएं अंतराल फ़ाइल> <output एमएफए नाम>

getAlignmentWindows <XMFA संरेखण> <window लंबाई> <window पाली राशि> <base उत्पादन
फ़ाइल नाम>

प्राप्त ऑर्थोलॉग सूची प्राप्त ऑर्थोलॉग सूची एक्सएमएफए> <backbone seq फ़ाइल> <reference जीनोम> <CDS
ऑर्थोलोग फ़ाइल नाम> <CDS संरेखण आधार नाम>

MakeBadgerMatrix MakeBadgerMatrix एक्सएमएफए> <output बिज्जू फ़ाइल> <LCB समन्वय फ़ाइल>

मौवेटोक्सएमएफए मौवेटोक्सएमएफए <Mauve संरेखण इनपुट> <XMFA आउटपुट>

एमएफए2एक्सएमएफए <MFA संरेखण इनपुट> <XMFA संरेखण आउटपुट> [असंरेखित फास्टए आउटपुट]

प्रोजेक्ट एंड स्ट्रिप एक्सएमएफए> <output एक्सएमएफए> ...

संख्यात्मक अनुक्रम पहचानकर्ता 0 से शुरू होते हैं।

यादृच्छिक जीन नमूना एक्सएमएफए> <backbone seq फ़ाइल> <sample जीनोम> <number of जीन>
<output आधार नाम> [यादृच्छिक रूप से बीज]

स्कोर संरेखण <correct संरेखण> <calculated संरेखण> [विकसित अनुक्रम फ़ाइल] [स्लागन]

स्ट्रिपगैप कॉलम एक्सएमएफए> <output एक्सएमएफए>

स्ट्रिपसबसेटएलसीबी एक्सएमएफए> bbcols> <output एक्सएमएफए> [मिनट LCB आकार] [मिनट जीनोम]
[बेतरतीब उपनमूना सेवा मेरे X केबी]

to GrimmFormat <Mauve संरेखण> <genome 1 chr लंबाई>... N chr लंबाई>

मल्टीफ़ास्टए अंतराल फ़ाइल> <output आधार नाम>

toRawSequence अनुक्रम> <output फ़ाइल>

अद्वितीयमेरकाउंट <Sorted सटाना सूची>

अद्वितीय पेड़ <nexus निवेश फ़ाइल> <nexus उत्पादन फ़ाइल>

इनपुट फ़ाइल के सभी ट्री में समान संख्या में टैक्स और समान टैक्सोन होने चाहिए
लेबलों

xmfa2maf <xmfa इनपुट> <maf आउटपुट>

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन mauveToXMFA का उपयोग करें


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