mkdssp - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

mkdssp - PDB फ़ाइल में प्रोटीन के लिए द्वितीयक संरचना की गणना करें

SYNOPSIS

एमकेडीएसएसपी [विकल्प] pdbfile [dsspfile]

वर्णन

RSI एमकेडीएसएसपी कार्यक्रम मूल रूप से वोल्फगैंग कब्सच और क्रिस सैंडर द्वारा डिजाइन किया गया था
माध्यमिक संरचना असाइनमेंट का मानकीकरण। DSSP द्वितीयक संरचना का एक डेटाबेस है
प्रोटीन डाटा बैंक (पीडीबी) में सभी प्रोटीन प्रविष्टियों के लिए असाइनमेंट (और भी बहुत कुछ) और
एमकेडीएसएसपी वह एप्लिकेशन है जो पीडीबी प्रविष्टियों से डीएसएसपी प्रविष्टियों की गणना करता है। कृपया ध्यान दें
कि एमकेडीएसएसपी कर देता है नहीं भविष्यवाणी करना माध्यमिक संरचना।

विकल्प

यदि आप आह्वान करते हैं एमकेडीएसएसपी केवल एक पैरामीटर के साथ, इसे पीडीबी फ़ाइल के रूप में व्याख्यायित किया जाएगा
प्रक्रिया और आउटपुट को stdout पर भेजा जाएगा। यदि कोई दूसरा पैरामीटर निर्दिष्ट किया गया है तो यह है
बनाने के लिए DSSP फ़ाइल के नाम के रूप में व्याख्या की गई। इनपुट और आउटपुट फ़ाइल दोनों
नामों में या तो .gz या .bz2 विस्तार के रूप में हो सकते हैं जिसके परिणामस्वरूप उचित संपीड़न हो सकता है।

-i, --इनपुट फ़ाइल का नाम
फ़ाइल का नाम a पी डी बी प्रोटीन संरचना डेटा युक्त स्वरूपित फ़ाइल। इस
फ़ाइल gzip या bzip2 द्वारा संपीड़ित फ़ाइल हो सकती है।

-o, --आउटपुट फ़ाइल का नाम
फ़ाइल का नाम a DSSP बनाने के लिए फ़ाइल। अगर फ़ाइल नाम .gz या .bz2 a . में समाप्त होता है
संपीड़ित फ़ाइल बनाई गई है।

-v, --शब्दशः
निदान संबंधी जानकारी लिखें।

--संस्करण
संस्करण संख्या प्रिंट करें और बाहर निकलें।

-h, --मदद
सहायता संदेश प्रिंट करें और बाहर निकलें। के लिए पार्सर स्क्रिप्ट वाली निर्देशिका
श्रीमती।

सिद्धांत

DSSP प्रोग्राम दिए गए सबसे संभावित माध्यमिक संरचना असाइनमेंट की गणना करके काम करता है
प्रोटीन की 3डी संरचना। यह a . में परमाणुओं की स्थिति को पढ़कर ऐसा करता है
प्रोटीन (एक पीडीबी फ़ाइल में एटीओएम रिकॉर्ड) एच-बॉन्ड ऊर्जा की गणना के बाद
सभी परमाणुओं के बीच। प्रत्येक परमाणु के लिए सर्वोत्तम दो एच-बांड तब सबसे अधिक निर्धारित करने के लिए उपयोग किए जाते हैं
प्रोटीन में प्रत्येक अवशेष के लिए द्वितीयक संरचना का संभावित वर्ग।

इसका मतलब है कि प्रोटीन के लिए सक्षम होने के लिए आपके पास एक पूर्ण और वैध 3D संरचना होनी चाहिए
माध्यमिक संरचना की गणना करें। DSSP में कोई जादू नहीं है, इसलिए उदाहरण के लिए यह अनुमान नहीं लगा सकता है
उत्परिवर्तित प्रोटीन के लिए द्वितीयक संरचना जिसके लिए आपके पास 3D संरचना नहीं है।

DSSP फ़ाइल FORMAT

प्रत्येक डीएसएसपी फ़ाइल का शीर्षलेख भाग स्वयं व्याख्या कर रहा है, इसमें कुछ जानकारी शामिल है
पीडीबी फाइल से कॉपी किया गया है और गणना करते समय कुछ आंकड़े एकत्र किए गए हैं
माध्यमिक संरचना।

फ़ाइल के दूसरे भाग में प्रति परिकलित द्वितीयक संरचना जानकारी होती है
अवशेष। प्रत्येक कॉलम के लिए एक संक्षिप्त विवरण इस प्रकार है।

स्तंभ नाम Description
मैं मैं
# अवशेष संख्या mkdssp . द्वारा गिना जाता है
अवशेष पीडीबी फ़ाइल द्वारा निर्दिष्ट अवशेष संख्या
एक श्रृंखला पहचानकर्ता के बाद।

एए अमीनो एसिड के लिए एक अक्षर का कोड। अगर यह
अक्षर लोअर केस है इसका मतलब यह है a
सिस्टीन जो किसके साथ सल्फर ब्रिज बनाती है
इस कॉलम में अन्य अमीनो एसिड उसी के साथ
छोटा अक्षर।
संरचना यह एक जटिल स्तंभ है जिसमें एकाधिक उप-
स्तंभ। पहले कॉलम में एक अक्षर है
को सौंपी गई माध्यमिक संरचना को दर्शाता है
यह अवशेष। मान्य मान हैं:
कोड Description
एच अल्फा हेलिक्स
बी बीटा ब्रिज
ई स्ट्रैंड
जी हेलिक्स-3
मैं हेलिक्स-5
टी टर्न
एस बेंड
निम्नलिखित तीन कॉलम निम्न के लिए इंगित कर रहे हैं
तीन हेलिक्स प्रकारों में से प्रत्येक (3, 4 और 5)
क्या यह अवशेष बनाने में एक उम्मीदवार है
यह हेलिक्स। ए > चरित्र इंगित करता है कि यह शुरू होता है a
हेलिक्स, एक संख्या इंगित करती है कि यह इस तरह के अंदर है
हेलिक्स और ए < चरित्र का अर्थ है कि यह हेलिक्स को समाप्त करता है।
अगले कॉलम में एक एस वर्ण होता है यदि यह
अवशेष एक संभावित मोड़ है।
फिर एक स्तंभ है जो चिरायता को दर्शाता है
और यह या तो सकारात्मक या नकारात्मक हो सकता है
(यानी अल्फा मरोड़ या तो सकारात्मक है या
नकारात्मक)।
अंतिम दो स्तंभों में बीटा ब्रिज लेबल होते हैं।
यहाँ लोअर केस का अर्थ है समानांतर पुल और इस प्रकार
अपर केस का अर्थ है एंटी पैरेलल।
BP1 और BP2 पहली और दूसरी ब्रिज जोड़ी उम्मीदवार, यह
उसके बाद शीट को इंगित करने वाला एक पत्र है।
एसीसी इस अवशेष की पहुंच, यह है
सतह का क्षेत्रफल वर्ग ngstrom में व्यक्त किया गया है कि
पानी के अणु द्वारा पहुँचा जा सकता है।
NH-->O..O-->HN चार कॉलम, वे प्रत्येक अवशेष के लिए देते हैं
एक अन्य अवशेष के साथ एच-बांड ऊर्जा जहां
वर्तमान अवशेष या तो स्वीकर्ता या दाता है।
प्रत्येक कॉलम में दो नंबर होते हैं, पहला है
वर्तमान अवशेष से एक ऑफसेट
इस एच-बांड में भागीदार अवशेष (डीएसएसपी में)
नंबरिंग), दूसरी संख्या की गणना की जाती है
इस एच-बांड के लिए ऊर्जा।
TCO के C=O के बीच के कोण की कोज्या
वर्तमान अवशेष और पिछले अवशेषों का C=O। के लिये
अल्फा-हेलिकॉप्टर, बीटा-शीट के लिए टीसीओ +1 के करीब है
टीसीओ -1 के करीब है। संरचना के लिए उपयोग नहीं किया गया
परिभाषा।
कप्पा आभासी बंधन कोण (मोड़ कोण) द्वारा परिभाषित किया गया है
वर्तमान अवशेषों के तीन सी-अल्फा परमाणु
- 2, करंट और करंट + 2. परिभाषित करने के लिए प्रयुक्त होता है
मोड़ (संरचना कोड 'एस')।
PHI और PSI IUPAC पेप्टाइड रीढ़ की हड्डी के मरोड़ कोण।
एक्स-सीए, वाई-सीए और जेड-सीए सी-अल्फा निर्देशांक

इतिहास

मूल DSSP आवेदन पास्कल में वोल्फगैंग कबश और क्रिस सैंडर द्वारा लिखा गया था।
यह संस्करण मूल स्रोत कोड के आधार पर C++ में एक पूर्ण पुनर्लेखन है। कुछ बग
तब से तय किया गया है और एल्गोरिदम को इधर-उधर घुमाया गया है।

सभी

कोड को एक अद्यतन की सख्त जरूरत है। पहली चीज जिसे लागू करने की आवश्यकता है वह है
पीआई-हेलीकॉप्टरों की बेहतर पहचान। कोण पर निर्भर का उपयोग करने के लिए दूसरा सुधार होगा
एच-बांड ऊर्जा गणना।

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