प्राइमर3_कोर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

प्राइमर3_कोर - पीसीआर के लिए प्राइमर डिज़ाइन करता है

SYNOPSIS

प्राइमर3_कोर [-format_output] [-strict_tags] [ इनपुट फ़ाइल]

वर्णन

प्राइमर3_कोर ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड को मानदंड मानकर पीसीआर प्रतिक्रियाओं के लिए प्राइमर चुनता है
पिघलने का तापमान, आकार, जीसी सामग्री और प्राइमर-डिमर संभावनाएं, पीसीआर उत्पाद का आकार,
स्रोत अनुक्रम के भीतर स्थितीय बाधाएँ, और विविध अन्य बाधाएँ।

डिफ़ॉल्ट रूप से, primer3_core इनपुट स्वीकार करता है और बोल्डर-आईओ प्रारूप, प्री-एक्सएमएल में आउटपुट उत्पन्न करता है
प्रोग्राम-टू-प्रोग्राम डेटा इंटरचेंज प्रारूप के लिए टेक्स्ट-आधारित इनपुट/आउटपुट प्रारूप।
बोल्डर-आईओ प्रारूप और प्राइमर3_कोर द्वारा समझे जाने वाले कमांड का वर्णन इसमें किया गया है
README फ़ाइल, जो डेबियन सिस्टम पर पाई जा सकती है /usr/शेयर/doc/प्राइमर3/.

विकल्प

-प्रारूप_आउटपुट
प्रत्येक अनुक्रम के लिए अधिक उपयोगकर्ता-उन्मुख रिपोर्ट प्रिंट करता है।

-strict_tags
primer3_core ऐसे किसी भी टैग को प्रतिध्वनित और अनदेखा कर देता है जिसे वह नहीं पहचानता, जब तक कि
-strict_tags फ़्लैग को कमांड लाइन पर सेट किया गया है, ऐसी स्थिति में primer3_core एक प्रिंट करता है
PRIMER_ERROR आउटपुट टैग में त्रुटि, और stdout पर अतिरिक्त जानकारी प्रिंट करता है;
यह विकल्प प्राइमर को शामिल करने वाले डिबगिंग सिस्टम के लिए उपयोगी हो सकता है।

नोट
पुराना ध्वज -2x_compat अब समर्थित नहीं है।

बाहर निकलें स्थिति कोड

· सामान्य ऑपरेशन पर 0.

· -1 निम्नलिखित शर्तों के तहत: अवैध कमांड-लाइन तर्क, फ़्लश करने में असमर्थ
stdout, एक .for, .rev या .int फ़ाइल (शायद लिखने और बनाने के लिए) खोलने में असमर्थ
सुरक्षा समस्या के कारण)।

· -2 स्मृति से बाहर होने पर।

· -3 खाली इनपुट.

· "ग्लोबल" इनपुट टैग में -4 त्रुटि (PRIMER_ERROR में संदेश)।

संदर्भ

कृपया सामान्य उपयोगकर्ताओं के लिए WWW पर रोज़ेन, एस., स्केलेत्स्की, एच. "प्राइमर3" का उद्धरण दें।
जीवविज्ञानी प्रोग्रामर।'' एस. क्रैवेट्ज़ और एस. मिसनर में, सं.
आण्विक जीवविज्ञान में पद्धतियों की श्रृंखला में प्रोटोकॉल। हुमाना प्रेस, टोटोवा, एनजे, 2000,
पेज 365-386।

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