सैम-आँकड़े - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

सैम-आँकड़े - ईए-यूटिल्स: पचाए गए आँकड़े उत्पन्न करते हैं

SYNOPSIS

सैम-आँकड़े [विकल्पों] [file1] [file2...फाइलन]

वर्णन

संस्करण: 1.38.681

सूचीबद्ध फ़ाइलों के लिए बहुत सारे आसानी से पचने योग्य आँकड़े तैयार करता है

विकल्प (माता-पिता में डिफ़ॉल्ट):

-D अनेक संरेखणों पर नज़र रखें -O उपसर्ग आउटपुट उपसर्ग सक्षम करना
विस्तारित आउटपुट (नीचे देखें) -R एफआईएल कवरेज/आरएनए आउटपुट (कवरेज, 3' पूर्वाग्रह, आदि,
का तात्पर्य -A) -A सभी सीएचआर संकेतों की रिपोर्ट करें, भले ही 1000 से अधिक हों -b INT
प्रति-आधार आँकड़ों के लिए नमूने में पढ़ने की संख्या (1M) -S एएससीआईआई-हस्ताक्षर का आईएनटी आकार
(30) -x एकाधिक फ़ाइलों को संभालने के लिए FIL फ़ाइल एक्सटेंशन (आँकड़े) -M केवल
यदि नया है तो अधिलेखित करें (आवश्यकता है)। -x, या एकाधिक फ़ाइलें) -B इनपुट बेम है, नहीं
जादू देखने की जहमत उठायें -z सैम में शून्य प्रविष्टियाँ होने पर असफल न हों

उत्पादन:

यदि एक फ़ाइल निर्दिष्ट है, तो आउटपुट मानक आउट पर है। यदि एकाधिक फ़ाइलें हैं
निर्दिष्ट, या यदि -x विकल्प प्रदान किया गया है, आउटपुट फ़ाइल है . . गलती करना
विस्तार 'आँकड़े' है.

संपूर्ण आँकड़े:


: माध्य, अधिकतम, stdev, माध्यिका, Q1 (25 प्रतिशत), Q3

पढ़ता है: सैम फ़ाइल में # प्रविष्टियाँ, # पढ़ी नहीं जा सकतीं

फ़्रेड: फ़्रेड स्केल का उपयोग किया जाता है

bsize: # गुणवत्ता आँकड़ों के लिए उपयोग किया जाता है

मैप किया गया पढ़ता है
: संरेखित रीड्स की संख्या (अद्वितीय जांच आईडी अनुक्रम)

मैप किए गए आधार
: संरेखित पाठों की कुल लंबाई

आगे
: अग्रेषित-संरेखित रीड्स की संख्या

उल्टा
: विपरीत-संरेखित रीड्स की संख्या

एसएनपी दर
: बेमेल आधार/कुल आधार (एसएनवी दर)

इन्स दर
: आधार/कुल आधार सम्मिलित करें

डेल दर
: हटाए गए आधार/कुल आधार

पीसीटी बेमेल
: पढ़ने का प्रतिशत जो बेमेल है

पीसीटी संरेखण
: पढ़ने का प्रतिशत संरेखित

लेन
: लंबाई के आँकड़े पढ़ें, यदि लंबाई निश्चित है तो इसे अनदेखा कर दिया जाता है

मैपक्यू
: मैपिंग गुणों के लिए आँकड़े

डालना
: सम्मिलित आकारों के आँकड़े

% : प्रति Chr मैप किए गए आधारों का प्रतिशत, उसके बाद हस्ताक्षर

सबसैंपल किया गया आँकड़े (1एम पढ़ता अधिकतम):
आधार योग्यता : आधार गुणों के आँकड़े %A,%T,%C,%G : आधार प्रतिशत

अर्थ of la प्रति-गुणसूत्र हस्ताक्षर:
क्रोमोसोम की स्थिति के अनुसार मैप किए गए रीडिंग का एस्की-हिस्टोग्राम। यह केवल आउटपुट है यदि
मूल SAM/BAM में एक हेडर है। मान मैप किए गए रीड्स के # के लॉग 2 हैं
प्रत्येक स्थिति + एएससीआईआई '0'।

विस्तृत उत्पादन मोड पैदा करता है a सेट of फ़ाइलें:
.आँकड़े : प्राथमिक आउटपुट

.fastx : fastx-टूलकिट संगत आउटपुट

.rcov : प्रति-संदर्भ गणना और कवरेज

.xdist : बेमेल वितरण

.ldist : लंबाई वितरण (यदि लागू हो)

.mqdist
: गुणवत्ता वितरण का मानचित्रण

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