टूफीट - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

twofeat - अनुक्रम में सुविधाओं के पड़ोसी जोड़े ढूँढता है

SYNOPSIS

दो करतब -अनुक्रम Seqall [-एक स्रोत स्ट्रिंग] -प्रकार स्ट्रिंग [-बोध सूची] [-एमिंसकोर नाव]
[-अमैक्सस्कोर नाव] [-टैग स्ट्रिंग] [-एक कीमत स्ट्रिंग] [-bsource स्ट्रिंग] -बीप्रकार स्ट्रिंग
[-बेसेन्स सूची] [-bminscore नाव] [-bmaxscore नाव] [-बटैग स्ट्रिंग]
[-बावल्यू स्ट्रिंग] [-ओवरलैप सूची] -मिनरेंज पूर्णांक -मैक्सरेंज पूर्णांक
[-रेंजटाइप सूची] [-समझ सूची] [-गण सूची] [-दोबाहर टॉगल] -टाइप करें स्ट्रिंग
-आउटफाइल रिपोर्ट

दो करतब -मदद

वर्णन

दो करतब EMBOSS से एक कमांड लाइन प्रोग्राम है ("यूरोपीय आणविक जीवविज्ञान ओपन
सॉफ्टवेयर सूट")। यह "फ़ीचर टेबल्स" कमांड समूह का हिस्सा है।

विकल्प

निवेश अनुभाग
-अनुक्रम Seqall

प्रथम सुविधा विकल्पों
-एक स्रोत स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट रूप से फ़ीचर तालिका में किसी भी फ़ीचर स्रोत की अनुमति है। आप इसे इस पर सेट कर सकते हैं
किसी भी सुविधा स्रोत से मिलान करें जिसे आप अनुमति देना चाहते हैं। स्रोत का नाम आमतौर पर या तो नाम होता है
उस प्रोग्राम का जिसने फीचर का पता लगाया या यह फीचर टेबल है (उदाहरण: ईएमबीएल)।
सुविधा कहां से आई? स्रोत को '*' का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है। यदि आप अनुमति देना चाहें
एक से अधिक स्रोत, उनके नाम को '|' अक्षर से अलग करें, उदाहरण: जीन* | embl
डिफ़ॉल्ट मान: *

-प्रकार स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट रूप से फ़ीचर तालिका में प्रत्येक सुविधा की अनुमति है। आप इसे किसी भी रूप में सेट कर सकते हैं
सुविधा प्रकार जिसे आप अनुमति देना चाहते हैं। देखना http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ की सूची के लिए
ईएमबीएल सुविधा प्रकार और स्विसप्रोट उपयोगकर्ता मैनुअल का परिशिष्ट ए देखें
http://www.expasy.org/sprot/userman.html स्विसप्रोट फ़ीचर प्रकारों की सूची के लिए।
प्रकार को '*' का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है। यदि आप एक से अधिक प्रकार की अनुमति देना चाहते हैं,
उनके नाम को '|' अक्षर से अलग करें, उदाहरण के लिए: *UTR | इंट्रॉन डिफ़ॉल्ट मान: *

-बोध सूची
डिफ़ॉल्ट रूप से किसी भी फीचर सेंस की अनुमति है। आप इसे आवश्यक अर्थ से मेल खाने के लिए सेट कर सकते हैं।

-एमिंसकोर नाव
यदि यह अधिकतम स्कोर से अधिक या उसके बराबर है, तो किसी भी स्कोर की अनुमति है।
डिफ़ॉल्ट मान: 0.0

-अमैक्सस्कोर नाव
यदि यह अधिकतम स्कोर से कम या उसके बराबर है, तो किसी भी स्कोर की अनुमति है।
डिफ़ॉल्ट मान: 0.0

-टैग स्ट्रिंग
टैग अतिरिक्त मानों के प्रकार हैं जो किसी सुविधा में हो सकते हैं। उदाहरण के लिए ईएमबीएल में
फ़ीचर तालिका, 'सीडीएस' प्रकार की फ़ीचर में टैग '/कोडन', '/कोडन_स्टार्ट' हो सकते हैं,
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/मानचित्र', '/नोट', '/संख्या', '/आंशिक', '/उत्पाद', '/प्रोटीन_आईडी', '/छद्म',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table', या '/usedin'।
इनमें से कुछ टैग में मान भी होते हैं, उदाहरण के लिए '/gene' का मान हो सकता है
जीन नाम. डिफ़ॉल्ट रूप से फ़ीचर तालिका में किसी भी फ़ीचर टैग की अनुमति है। आप सेट कर सकते हैं
यह किसी भी फीचर टैग से मेल खाने के लिए है जिसे आप अनुमति देना चाहते हैं। टैग का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है
'*'. यदि आप एक से अधिक टैग की अनुमति देना चाहते हैं, तो उनके नाम को वर्ण से अलग कर दें
'|', उदाहरण: जीन | लेबल डिफ़ॉल्ट मान: *

-एक कीमत स्ट्रिंग
टैग मान किसी फ़ीचर टैग से जुड़े मान हैं। टैग एक्स्ट्रा के प्रकार हैं
वे मान जो किसी सुविधा में हो सकते हैं. उदाहरण के लिए ईएमबीएल फीचर तालिका में, एक 'सीडीएस' प्रकार
फीचर में टैग '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' हो सकते हैं।
'/सबूत', '/अपवाद', '/फ़ंक्शन', '/जीन', '/लेबल', '/मैप', '/नोट', '/संख्या',
'/आंशिक', '/उत्पाद', '/प्रोटीन_आईडी', '/छद्म', '/मानक_नाम', '/अनुवाद',
'/transl_except', '/transl_table', या '/usedin'। इनमें से केवल कुछ ही टैग हो सकते हैं
मान, उदाहरण के लिए '/जीन' में जीन नाम का मान हो सकता है। डिफ़ॉल्ट रूप से कोई भी
फ़ीचर तालिका में फ़ीचर टैग मान की अनुमति है। आप इसे किसी से भी मेल करने के लिए सेट कर सकते हैं
फ़ीचर टैग मान जिसे आप अनुमति देना चाहते हैं। टैग मान को '*' का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है। अगर
आप एक से अधिक टैग मान की अनुमति देना चाहते हैं, उनके नाम को वर्ण से अलग करें
'|', उदाहरण: पैक्स* | 10 डिफ़ॉल्ट मान: *

दूसरा सुविधा विकल्पों
-bsource स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट रूप से फ़ीचर तालिका में किसी भी फ़ीचर स्रोत की अनुमति है। आप इसे इस पर सेट कर सकते हैं
किसी भी सुविधा स्रोत से मिलान करें जिसे आप अनुमति देना चाहते हैं। स्रोत का नाम आमतौर पर या तो नाम होता है
उस प्रोग्राम का जिसने फीचर का पता लगाया या यह फीचर टेबल है (उदाहरण: ईएमबीएल)।
सुविधा कहां से आई? स्रोत को '*' का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है। यदि आप अनुमति देना चाहें
एक से अधिक स्रोत, उनके नाम को '|' अक्षर से अलग करें, उदाहरण: जीन* | embl
डिफ़ॉल्ट मान: *

-बीप्रकार स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट रूप से फ़ीचर तालिका में प्रत्येक सुविधा की अनुमति है। आप इसे किसी भी रूप में सेट कर सकते हैं
सुविधा प्रकार जिसे आप अनुमति देना चाहते हैं। देखना http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ की सूची के लिए
ईएमबीएल सुविधा प्रकार और स्विसप्रोट उपयोगकर्ता मैनुअल का परिशिष्ट ए देखें
http://www.expasy.org/sprot/userman.html स्विसप्रोट फ़ीचर प्रकारों की सूची के लिए।
प्रकार को '*' का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है। यदि आप एक से अधिक प्रकार की अनुमति देना चाहते हैं,
उनके नाम को '|' अक्षर से अलग करें, उदाहरण के लिए: *UTR | इंट्रॉन डिफ़ॉल्ट मान: *

-बेसेन्स सूची
डिफ़ॉल्ट रूप से किसी भी फीचर सेंस की अनुमति है। आप इसे आवश्यक अर्थ से मेल खाने के लिए सेट कर सकते हैं।

-bminscore नाव
यदि यह अधिकतम स्कोर से अधिक या उसके बराबर है, तो किसी भी स्कोर की अनुमति है।
डिफ़ॉल्ट मान: 0.0

-bmaxscore नाव
यदि यह अधिकतम स्कोर से कम या उसके बराबर है, तो किसी भी स्कोर की अनुमति है।
डिफ़ॉल्ट मान: 0.0

-बटैग स्ट्रिंग
टैग अतिरिक्त मानों के प्रकार हैं जो किसी सुविधा में हो सकते हैं। उदाहरण के लिए ईएमबीएल में
फ़ीचर तालिका, 'सीडीएस' प्रकार की फ़ीचर में टैग '/कोडन', '/कोडन_स्टार्ट' हो सकते हैं,
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/मानचित्र', '/नोट', '/संख्या', '/आंशिक', '/उत्पाद', '/प्रोटीन_आईडी', '/छद्म',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table', या '/usedin'।
इनमें से कुछ टैग में मान भी होते हैं, उदाहरण के लिए '/gene' का मान हो सकता है
जीन नाम. डिफ़ॉल्ट रूप से फ़ीचर तालिका में किसी भी फ़ीचर टैग की अनुमति है। आप सेट कर सकते हैं
यह किसी भी फीचर टैग से मेल खाने के लिए है जिसे आप अनुमति देना चाहते हैं। टैग का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है
'*'. यदि आप एक से अधिक टैग की अनुमति देना चाहते हैं, तो उनके नाम को वर्ण से अलग कर दें
'|', उदाहरण: जीन | लेबल डिफ़ॉल्ट मान: *

-बावल्यू स्ट्रिंग
टैग मान किसी फ़ीचर टैग से जुड़े मान हैं। टैग एक्स्ट्रा के प्रकार हैं
वे मान जो किसी सुविधा में हो सकते हैं. उदाहरण के लिए ईएमबीएल फीचर तालिका में, एक 'सीडीएस' प्रकार
फीचर में टैग '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' हो सकते हैं।
'/सबूत', '/अपवाद', '/फ़ंक्शन', '/जीन', '/लेबल', '/मैप', '/नोट', '/संख्या',
'/आंशिक', '/उत्पाद', '/प्रोटीन_आईडी', '/छद्म', '/मानक_नाम', '/अनुवाद',
'/transl_except', '/transl_table', या '/usedin'। इनमें से केवल कुछ ही टैग हो सकते हैं
मान, उदाहरण के लिए '/जीन' में जीन नाम का मान हो सकता है। डिफ़ॉल्ट रूप से कोई भी
फ़ीचर तालिका में फ़ीचर टैग मान की अनुमति है। आप इसे किसी से भी मेल करने के लिए सेट कर सकते हैं
फ़ीचर टैग मान जिसे आप अनुमति देना चाहते हैं। टैग मान को '*' का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है। अगर
आप एक से अधिक टैग मान की अनुमति देना चाहते हैं, उनके नाम को वर्ण से अलग करें
'|', उदाहरण: पैक्स* | 10 डिफ़ॉल्ट मान: *

Feature संबंध विकल्पों
-ओवरलैप सूची
यह आपको सुविधाओं ए और बी के अनुमत ओवरलैप को निर्दिष्ट करने की अनुमति देता है
कोई ओवरलैप होता है या नहीं, निर्दिष्ट करें कि उन्हें ओवरलैप होना चाहिए या नहीं होना चाहिए, कि कोई ओवरलैप होना चाहिए या होना चाहिए
किसी अन्य विशेषता के अंतर्गत पूरी तरह से संलग्न नहीं होना चाहिए। डिफ़ॉल्ट मान: ए

-मिनरेंज पूर्णांक
यदि यह 'मैक्सरेंज' से अधिक या उसके बराबर है, तो कोई न्यूनतम या अधिकतम रेंज निर्दिष्ट नहीं है

-मैक्सरेंज पूर्णांक
यदि यह 'मिनरेंज' से कम या उसके बराबर है, तो कोई न्यूनतम या अधिकतम सीमा निर्दिष्ट नहीं है

-रेंजटाइप सूची
यह आपको उन पदों को निर्दिष्ट करने की अनुमति देता है जहां से न्यूनतम या अधिकतम की अनुमति है
सुविधाओं के बीच की दूरी मापी जाती है डिफ़ॉल्ट मान: N

-समझ सूची
यह आपको आवश्यक अर्थ निर्दिष्ट करने की अनुमति देता है कि दोनों सुविधाएँ चालू होनी चाहिए। यह
प्रोटीन अनुक्रम सुविधाओं को देखते समय इसे अनदेखा कर दिया जाता है (हमेशा 'कोई भी')। डिफ़ॉल्ट मान: ए

-गण सूची
यह आपको दो सुविधाओं के आवश्यक क्रम को निर्दिष्ट करने की अनुमति देता है। आदेश है
सुविधाओं की आरंभ स्थिति से मापा गया। यह मानदंड हमेशा लागू किया जाता है
निर्दिष्ट ओवरलैप प्रकार की आवश्यकता के बावजूद। डिफ़ॉल्ट मान: ए

उत्पादन अनुभाग
-दोबाहर टॉगल
यदि आप इसे सत्य मानते हैं, तो दोनों विशेषताएं स्वयं ही लिखी जाएंगी। अगर
इसे असत्य के रूप में छोड़ दिया जाता है, तो दोनों को कवर करते हुए एक ही विशेषता लिखी जाएगी
आपको जो सुविधाएँ मिलीं। डिफ़ॉल्ट मान: एन

-टाइप करें स्ट्रिंग
यदि आपने निर्दिष्ट किया है कि पाए जाने वाले सुविधाओं के जोड़े को इस प्रकार रिपोर्ट किया जाना चाहिए
आउटपुट में एक सुविधा, फिर आप नई सुविधा का 'प्रकार' नाम निर्दिष्ट कर सकते हैं
यहाँ। डिफ़ॉल्ट रूप से फ़ीचर तालिका में प्रत्येक सुविधा की अनुमति है। देखना
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ EMBL सुविधा प्रकारों की सूची के लिए और देखें
स्विसप्रोट उपयोगकर्ता पुस्तिका का परिशिष्ट A http://www.expasy.org/sprot/userman.html
स्विसप्रोट फ़ीचर प्रकारों की सूची के लिए। यदि आप कोई अमान्य सुविधा प्रकार निर्दिष्ट करते हैं
नाम, तो डिफ़ॉल्ट नाम 'misc_feature' का उपयोग किया जाता है। डिफ़ॉल्ट मान: Misc_feature

-आउटफाइल रिपोर्ट

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन twofeate का उपयोग करें