यह MethyMer नाम का Linux ऐप है जिसकी नवीनतम रिलीज़ को MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz के नाम से डाउनलोड किया जा सकता है। इसे वर्कस्टेशन के लिए मुफ्त होस्टिंग प्रदाता ऑनवर्क्स में ऑनलाइन चलाया जा सकता है।
MethyMer नाम के इस ऐप को OnWorks के साथ मुफ्त में ऑनलाइन डाउनलोड करें और चलाएं।
इस ऐप को चलाने के लिए इन निर्देशों का पालन करें:
- 1. इस एप्लिकेशन को अपने पीसी में डाउनलोड करें।
- 2. हमारे फ़ाइल प्रबंधक में https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस उपयोगकर्ता नाम के साथ दर्ज करें जो आप चाहते हैं।
- 3. इस एप्लिकेशन को ऐसे फाइल मैनेजर में अपलोड करें।
- 4. इस वेबसाइट से ऑनवर्क्स लिनक्स ऑनलाइन या विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैकोज़ ऑनलाइन एमुलेटर शुरू करें।
- 5. ऑनवर्क्स लिनक्स ओएस से आपने अभी शुरुआत की है, हमारे फाइल मैनेजर को https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस यूजरनेम के साथ जाएं जो आप चाहते हैं।
- 6. एप्लिकेशन डाउनलोड करें, इसे इंस्टॉल करें और इसे चलाएं।
स्क्रीनशॉट
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मेथीमेर
वर्णन
मेथीमर एक पायथन-आधारित उपकरण है जिसका उद्देश्य संपूर्ण सीपीजी द्वीपों के प्रवर्धन के लिए विशिष्ट प्राइमरों का चयन करना है। ये क्षेत्र अपनी कम-जटिलता, पॉलीएन-, सीजी-समृद्धि आदि के कारण उपयुक्त प्राइमरों के चयन के मामले में कठिन हैं।
मेथीमेर में एक लचीली स्कोरिंग प्रणाली है जो समस्याग्रस्त क्षेत्रों (उदाहरण के लिए एसपीजी द्वीप) में प्राइमरों का चयन करने में सक्षम है और इसमें विशिष्टता परीक्षण (बाइसल्फाइट-उपचारित जीनोम के खिलाफ बोटी संरेखण के आधार पर) शामिल है।
इसमें टीसीजीए सीपीजी मिथाइलेशन (माइक्रोएरे) और जीन अभिव्यक्ति (आरएनए-सेक) डेटा, साथ ही 20 मानव कैंसर प्रकारों के लिए मिथाइलेशन-अभिव्यक्ति सहसंबंध विश्लेषण परिणाम भी शामिल हैं।
ENCODE जीनोम क्षेत्र एनोटेशन डेटा भी MethyMer में एकीकृत है
विशेषताएं
- संपूर्ण सीपीजी द्वीप या अन्य लक्ष्य जीनोमिक क्षेत्रों को बढ़ाने में सक्षम प्राइमर जोड़े के संयोजन को चुनना;
- लचीली और परिवर्तनीय स्कोरिंग प्रणाली
- विशिष्टता परीक्षण
- टीसीजीए से प्राप्त 450 ट्यूमर प्रकारों के लिए एकीकृत सीपीजी मिथाइलेशन डेटा (इलुमिना इनफिनियम ह्यूमन मिथाइलेशन 20K माइक्रोएरे)
- एकीकृत टीसीजीए आरएनए-सेक - सीपीजी मिथाइलेशन एसोसिएशन डेटा का अध्ययन करते हैं
- विज़ुअलाइज़ेशन: सीजी सामग्री प्लॉट, स्कोर प्लॉट, प्राइमर विशिष्टता प्लॉट, एनकोड जीनोम एनोटेशन, टीसीजीए डेटा
यूजर इंटरफेस
कंसोल/टर्मिनल
प्रोग्रामिंग भाषा
अजगर
श्रेणियाँ
यह एक एप्लिकेशन है जिसे https://sourceforge.net/projects/methymer/ से भी प्राप्त किया जा सकता है। हमारे निःशुल्क ऑपरेटिव सिस्टमों में से एक से सबसे आसान तरीके से ऑनलाइन चलाने के लिए इसे ऑनवर्क्स में होस्ट किया गया है।
