Ini adalah perintah abyss-pe yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
abyss-pe - merakit bacaan menjadi contigs
RINGKASAN
jurang-pe [PILIHAN]...[PARAMETER=NILAI]...[BUAT_TARGET] ...
DESKRIPSI
Kumpulkan pembacaan file input ke dalam contigs. Pembacaan mungkin dalam FASTA, FASTQ,
qseq, ekspor, SRA, SAM atau format BAM dan dapat dikompresi dengan gz, bz2 atau xz dan mungkin
berlapis aspal.
abyss-pe adalah skrip Makefile. Opsi pembuatan apa pun juga dapat digunakan dengan abyss-pe.
parameter of jurang-pe
nama, NAMA PEKERJAAN
Nama majelis ini. Perancah yang dihasilkan akan disimpan di
${nama}-scaffolds.fa.
in file masukan. Gunakan variabel ini saat mengumpulkan data dari satu perpustakaan.
lib daftar kutipan nama perpustakaan berpasangan-akhir yang dipisahkan spasi. Gunakan variabel ini
saat merakit data dari beberapa pustaka ujung berpasangan. Untuk setiap nama perpustakaan di
lib, pengguna harus mendefinisikan variabel pada baris perintah dengan nama yang sama, yang
menunjukkan file baca untuk perpustakaan itu. Lihat CONTOH di bawah ini untuk beton
contoh penggunaan.
pe daftar pustaka berpasangan yang hanya akan digunakan untuk menggabungkan unit ke dalam
contigs dan tidak akan berkontribusi terhadap urutan konsensus.
mp daftar pustaka pasangan-pasangan yang akan digunakan untuk perancah. Pustaka pasangan-pasangan
tidak berkontribusi terhadap urutan konsensus.
panjang daftar pustaka urutan panjang yang akan digunakan untuk rescaffolding. urutan panjang
perpustakaan tidak berkontribusi terhadap urutan konsensus.
se file yang berisi bacaan ujung tunggal
a jumlah maksimum cabang gelembung [2]
b panjang maksimum gelembung (bp) [10000]
c cakupan k-mer rata-rata minimum dari suatu unitig [persegi(median)]
d kesalahan yang diijinkan dari perkiraan jarak (bp) [6]
e cakupan k-mer erosi minimum [persegi(median)]
E cakupan k-mer erosi minimum per untai [1]
j jumlah utas [2]
k ukuran k-mer (bila K tidak diatur) atau rentang pasangan k-mer (bila K diatur)
K ukuran k-mer tunggal dalam pasangan k-mer (bp)
l panjang keselarasan minimum dari pembacaan (bp) [k]
m tumpang tindih minimum dua unit (bp) [30]
n jumlah minimum pasangan yang diperlukan untuk membangun contigs [10]
N jumlah minimum pasangan yang diperlukan untuk membangun perancah [n]
p identitas urutan minimum gelembung [0.9]
q kualitas dasar minimum saat pemangkasan [3]
Pangkas pangkal dari ujung bacaan yang kualitasnya kurang q.
Q kualitas dasar minimum [0]
Tutupi semua basis bacaan yang kualitasnya kurang dari Q sebagai `N'.
s ukuran unit minimum yang diperlukan untuk contigs bangunan (bp) [200]
Panjang benih harus setidaknya dua kali nilai k. Jika lebih banyak barisan adalah
dirakit dari ukuran genom yang diharapkan, coba tingkatkan s.
S ukuran contig minimum yang diperlukan untuk membangun perancah (bp) [s]
SS SS=--SS untuk berkumpul dalam mode khusus untai
Mengharuskan semua perpustakaan adalah perpustakaan RNA-Seq khusus-untai. Asumsikan bahwa
pembacaan pertama dalam pasangan baca terbalik WRT transkrip yang diurutkan.
t ukuran ujung minimum (bp) [2k]
v v=-v untuk mengaktifkan pencatatan verbose
np, NSLOT
jumlah proses perakitan MPI
pirun jalan menuju pirun
pelurus
Program yang digunakan untuk menyelaraskan pembacaan ke contigs [peta].
Nilai yang diizinkan adalah: map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. Lihat
DIDA bagian di bawah ini untuk info lebih lanjut tentang opsi dida.
cs mengubah susunan ruang warna menjadi susunan nukleotida setelah perakitan
Opsi of membuat
-n, --lari-kering
Cetak perintah yang akan dijalankan, tetapi jangan dijalankan.
Membuat target untuk jurang-pe
kegagalan
Setara dengan `scaffolds scaffolds-dot stats'.
kesatuan
Merakit unit.
titik-satuan
Keluarkan grafik tumpang tindih unitig.
sama-sama Memetakan pembacaan akhir berpasangan ke unitig dan mengeluarkan file SAM. File SAM hanya akan
berisi pemetaan bacaan ke contig yang berbeda, dan ID baca, urutan, dan kualitas
string akan diganti dengan karakter '*'.
pe-bam Petakan pembacaan akhir berpasangan ke unit dan keluaran file BAM. File BAM hanya akan
berisi pemetaan bacaan ke contig yang berbeda, dan ID baca, urutan, dan kualitas
string akan diganti dengan karakter '*'.
indeks-pe
Hasilkan indeks unit yang digunakan oleh abyss-map.
contigs
Merakit contig.
contigs-dot
Keluarkan grafik contig overlap.
mp-sam Memetakan mate-pair membaca ke contigs dan mengeluarkan file SAM. File SAM hanya akan
berisi pemetaan bacaan ke contig yang berbeda, dan ID baca, urutan, dan kualitas
string akan diganti dengan karakter '*'.
mp-bam Map mate-pair membaca ke contigs dan mengeluarkan file BAM. File BAM hanya akan
berisi pemetaan bacaan ke contig yang berbeda, dan ID baca, urutan, dan kualitas
string akan diganti dengan karakter '*'.
mp-indeks
Hasilkan indeks contigs yang digunakan oleh abyss-map.
perancah
Merakit perancah.
perancah-titik
Keluarkan grafik tumpang tindih perancah.
perancah
Hancurkan perancah dan hasilkan file AGP.
scafs panjang
Rescaffold menggunakan contig rakitan RNA-Seq.
titik-perca-panjang
Keluarkan grafik tumpang tindih perancah RNA.
statistik Menampilkan statistik kedekatan rakitan.
membersihkan Hapus file perantara.
versi
Tampilkan versi abyss-pe.
Versi
Tampilkan versi semua program yang digunakan oleh abyss-pe.
membantu Tampilkan pesan yang bermanfaat.
DIDA
ABySS mendukung penggunaan DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment), sebuah MPI berbasis
kerangka keselarasan untuk menghitung keberpihakan urutan di beberapa mesin. Menggunakan
DIDA dengan ABySS, unduh dan instal DIDA terlebih dahulu dari
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, lalu tentukan `dida` sebagai nilai
itu pelurus parameter untuk jurang-pe.
terkait DIDA jurang-pe parameter
DIDA_MPIRUN
Perintah `mpirun` digunakan untuk menjalankan tugas DIDA.
DIDA_RUN_OPTIONS
Opsi runtime seperti jumlah utas per peringkat MPI dan nilai untuk lingkungan
variabel (misalnya PATH, LD_LIBRARY_PATH). Jalankan `abyss-dida --help` untuk daftar
pilihan yang tersedia.
DIDA_OPTIONS
Opsi yang diteruskan langsung ke biner DIDA. Misalnya, ini dapat digunakan
untuk mengontrol ambang batas panjang keselarasan minimum. Jalankan `dida-wrapper --help` untuk a
daftar pilihan yang tersedia.
lampu KOMPATIBILITAS
Karena penggunaan multi-threading, DIDA telah mengetahui masalah kebuntuan dengan OpenMPI. Menggunakan
perpustakaan MPICH MPI sangat direkomendasikan saat menjalankan rakitan dengan DIDA. Pengujian
dilakukan dengan MPICH 3.1.3, dikompilasi dengan --enable-threads=corong.
CONTOH
Konfigurasi runtime yang direkomendasikan untuk DIDA adalah 1 peringkat MPI per mesin dan 1 utas per
inti CPU. Misalnya, untuk menjalankan perakitan di 3 node cluster dengan masing-masing 12 core, lakukan:
abyss-pe k=64 nama=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to board'
Contoh ini menggunakan opsi baris perintah MPICH untuk `mpirun`. Di sini, `-np 3` menunjukkan
jumlah peringkat MPI, `-ppn 1` menunjukkan jumlah peringkat MPI per "simpul", dan
`-bind-to board` mendefinisikan "simpul" sebagai motherboard (yaitu mesin penuh).
LINGKUNGAN VARIABEL
Parameter apa pun yang dapat ditentukan pada baris perintah juga dapat ditentukan dalam
variabel lingkungan.
PATH harus berisi direktori tempat executable ABySS diinstal. Gunakan `jurang-
pe version` untuk memeriksa apakah PATH dikonfigurasi dengan benar.
TMPDIR menentukan direktori yang akan digunakan untuk file-file sementara
Penjadwal integrasi
ABySS terintegrasi dengan baik dengan penjadwal tugas cluster, seperti:
* SGE (Mesin Sun Grid)
* Sistem Batch Portabel (PBS)
* Fasilitas Berbagi Beban (LSF)
* Perata Beban IBM
Variabel lingkungan SGE JOB_NAME, SGE_TASK_ID dan NSLOTS dapat digunakan untuk menentukan
nama parameter, k dan np, masing-masing, dan sama untuk penjadwal lainnya.
CONTOH
Satu berpasangan-akhir perpustakaan
abyss-pe k=64 nama=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'
kelipatan berpasangan-akhir perpustakaan
abyss-pe k=64 nama=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'
Berpasangan-akhir dan pasangan-pasangan perpustakaan
abyss-pe k=64 nama=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'
Termasuk RNA-Seq majelis
abyss-pe k=64 nama=ecoli lib=pe1 mp=mp1 panjang=panjang1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
panjang1=panjang1.fa
lampu
abyss-pe np=8 k=64 nama=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'
SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'
Gunakan abyss-pe online menggunakan layanan onworks.net
