Ini adalah perintah alien_hunter yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
alien_hunter - Motif Urutan Variabel Interpolasi untuk identifikasi horizontal
DNA yang didapat
RINGKASAN
alien_hunter [Opsi]
DESKRIPSI
Alien_hunter adalah aplikasi untuk prediksi Transfer Gen Horizontal diduga
(HGT) dengan implementasi Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs). NS
Pendekatan IVOM mengeksploitasi bias komposisi menggunakan distribusi motif urutan variabel dan
menangkap lebih andal komposisi lokal dari suatu urutan dibandingkan dengan urutan tetap
metode. Secara opsional, prediksi dapat diuraikan menjadi Markov Tersembunyi orde ke-2 2-negara bagian
Model (HMM), dalam kerangka deteksi titik perubahan, untuk mengoptimalkan lokalisasi
batas wilayah yang diprediksi. Prediksi (format embl) bisa otomatis
dimuat ke dalam penampil genom Artemis tersedia secara gratis di:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
INPUT: urutan genom mentah PREDIKSI: Wilayah HGT berdasarkan Urutan Variabel Interpolasi
Argumen motif (IVOMs):
urutan genom mentah
nama file untuk data keluaran
Argumen opsional:
-a untuk memuat file prediksi ke Artemis
-c mengoptimalkan batas yang diprediksi dengan deteksi titik perubahan 2 status 2nd order HMM
File keluaran:
prediksi (file tab) dalam format embl
.memilih
prediksi yang dioptimalkan (HMM) (file tab) dalam format embl
.merencanakan
prediksi dalam format Plot Pengguna Artemis untuk dimuat secara manual menggunakan Grafik -> Tambah
Rencana Pengguna...
.opt.plot
prediksi yang dioptimalkan (HMM) dalam format Artemis User Plot untuk dimuat secara manual menggunakan
Grafik -> Tambahkan Plot Pengguna...
.sco
skor di semua jendela geser - untuk pemeriksaan distribusi skor
Catatan: Prediksi yang tumpang tindih dengan operon rRNA disebutkan dalam kualifikasi catatan
Gunakan alien_hunter online menggunakan layanan onworks.net
