Ini adalah perintah andi yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
andi - memperkirakan jarak evolusi
RINGKASAN
andi [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m MODEL] [-t INT] FILE...
DESKRIPSI
andi memperkirakan jarak evolusi antara genom yang terkait erat. Untuk ini andi
membaca urutan input dari CEPAT file dan menghitung jarak jangkar berpasangan. NS
ide di balik ini dijelaskan dalam makalah oleh Haubold et al. (Lihat di bawah).
KELUARAN
Outputnya adalah matriks jarak simetris di FILIP format, dengan setiap entri mewakili
divergensi dengan bilangan real positif. Jarak nol berarti dua barisan adalah
identik, sedangkan nilai-nilai lain adalah perkiraan untuk tingkat substitusi nukleotida (Jukes-
Cantor dikoreksi). Untuk alasan teknis, perbandingan mungkin gagal dan tidak ada perkiraan yang bisa
dihitung. Dalam beberapa kasus nan dicetak. Ini berarti bahwa urutan input adalah
terlalu pendek (<200bp) atau terlalu beragam (K>0.5) untuk metode kami bekerja dengan baik.
PILIHAN
-B, --bootstrap
Hitung beberapa matriks jarak, dengan n-1 bootstrap dari dulu. Lihat
makalah Klötzl & Haubold (2016, dalam ulasan) untuk penjelasan rinci.
-j, --Ikuti
Gunakan mode ini jika masing-masing dari Anda CEPAT file mewakili satu perakitan dengan banyak
contig andi kemudian akan memperlakukan semua urutan yang terkandung per file sebagai satu
genom. Dalam mode ini setidaknya satu nama file harus diberikan melalui baris perintah
argumen. Untuk output, nama file digunakan untuk mengidentifikasi setiap urutan.
-l, --memori rendah
Dalam mode multithread, andi membutuhkan memori linier dengan jumlah utas. NS
mode memori rendah mengubahnya menjadi permintaan konstan yang tidak bergantung pada nomor yang digunakan
benang. Sayangnya, ini datang dengan biaya runtime yang signifikan.
-m, --model
Model evolusi nukleotida yang berbeda didukung. Secara default Jukes-Cantor
koreksi digunakan.
-p
Signifikansi pasangan jangkar; standar: 0.05.
-t
Jumlah utas yang akan digunakan; secara default, semua prosesor yang tersedia digunakan.
Multithreading hanya tersedia jika andi dikompilasi dengan dukungan OpenMP.
-v, --bertele-tele
Mencetak informasi tambahan. Terapkan beberapa kali untuk verboseness ekstra.
-h, --membantu
Mencetak sinopsis dan penjelasan opsi yang tersedia.
--Versi: kapan
Keluaran informasi versi dan ucapan terima kasih.
HAK CIPTA
Hak Cipta © 2014, 2015 Fabian Klötzl Lisensi GPLv3+: GNU GPL versi 3 atau yang lebih baru.
Ini adalah perangkat lunak gratis: Anda bebas mengubah dan mendistribusikannya kembali. TIDAK ADA GARANSI,
sejauh diizinkan oleh hukum. Teks lisensi lengkap tersedia di
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
UCAPAN TERIMA KASIH
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. dan Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Cepat dan akurat
estimasi jarak evolusioner antara genom yang terkait erat
2) Algoritma: Ohlebusch, E. (2013). Algoritma Bioinformatika. Analisis Urutan, Genom
Penataan Ulang, dan Rekonstruksi Filogenetik. hal 118f.
3) Konstruksi SA: Mori, Y. (2005). Deskripsi singkat tentang sufiks dua tahap yang ditingkatkan
algoritma pengurutan. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
Gunakan andi online menggunakan layanan onworks.net
