asn2gb - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

asn2gb - mengonversi data biologis ASN.1 ke format datar bergaya GenBank

RINGKASAN

asn2gb [-] [-A pencapaian] [-F] [-a tipe asn] [-b] [-c] [-d] [-f format] [-g N] [-h N]
[-i nama file] [-j N] [-k N] [-l nama file] [-m mode] [-n nama file] [-o nama file] [-p]
[-q nama file] [-r] [-s gaya] [-t N] [-u N] [-y N]

DESKRIPSI

asn2gb mengubah deskripsi urutan biologis dari format ASN.1 NCBI menjadi salah satu dari
beberapa format file datar, dan merupakan penerus dari asn2ff(1).

PILIHAN

Ringkasan opsi disertakan di bawah ini.

- Cetak pesan penggunaan

-A pencapaian
Aksesi untuk diambil; dapat mengambil bentuk pencapaian,kompleksitas,bendera dimana kompleksitas
biasanya harus 0 dan bendera nilai -1 memungkinkan pengambilan fitur eksternal
(seperti warisan -F opsional)

-F Ambil anotasi jarak jauh (setara dengan menentukan -A pencapaian,0,-1)

-a tipe asn
Jenis ASN.1:
[Rekor tunggal]
a Apa saja (terdeteksi otomatis; default)
e seq-Entri
b Bioseq
s bioseq-Set
m seq-kirim
q Terikat
[Rilis berkas; komponen yang diproses dan dibebaskan secara individual]
t batch bioseq-set
u batch seq-kirim

-b File input adalah biner

-c File batch dikompresi

-d Seq-loc minus untai

-f format
Format:
b GenBank (bawaan)
bp atau pb
GenBank dan GenPept
e EMBL
p GenPept
q nukleotida GBSet (XML)
r protein GBSet (XML)
t Tabel fitur saja
x nukleotida INSDSet (XML)
y seq kecil (XML)
Y CEPAT
z protein INSDet (XML)

-g N Bendera bit (semua default mati):
1 HTML
2 XML
4 Prestasi Contig
8 ContigSrc
16 Terjemahan Jauh

-h N Bendera Kunci/Pencarian (semua default mati):
8 KunciProd
16 Komp.Pencarian
64 PencarianProd

-i nama file
Masukkan nama file (default = stdin)

-j N Lokasi awal (default adalah 0, awal urutan)

-k N Lokasi akhir (default adalah 0, akhir urutan)

-l nama file
File log

-m mode
Mode:
r Rilis
dan Entrez
s Payet (default)
d Tempat pembuangan

-n nama file
Asn2Flat Dapat Dieksekusi (default = asn2flat)

-o nama file
Nama file keluaran (default = stdout)

-p Sebarkan deskriptor teratas

-q nama file
Ffdiff Dapat Dieksekusi (default = /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r Aktifkan pengambilan jarak jauh

-s gaya
Style:
nNormal (bawaan)
s Segmen
m Guru
c Lanjutan

-t N Batch:
Laporan 1
2 Payet / Rilis
3 asn2gb SSEC/nocleanup
4 asn2flat BSEC/nocleanup
5 asn2gb/asn2flat
6 asn2gb dbxref BARU/dbxref LAMA
7 oldasn2gb/newasn2gb
-u N Bendera khusus (semua default mati):
4 Sembunyikan fitur
1792 Sembunyikan referensi
8192 Sembunyikan sumber
262144 Sembunyikan terjemahan

-y N ID item fitur

Gunakan asn2gb online menggunakan layanan onworks.net