babel - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

babel, obabel — konverter untuk file data pemodelan kimia dan molekul

RINGKASAN

babel [-H opsi bantuan]
babel [PILIHAN] [-i tipe masukan] masuk [-o tipe keluaran] file keluar

obabel [-H opsi bantuan]
obabel [PILIHAN] [-i tipe masukan | -"string SENYUM"] masuk [-o tipe keluaran] -O file keluar

DESKRIPSI

babel adalah program lintas platform yang dirancang untuk mengonversi antara banyak format file yang digunakan dalam
pemodelan molekul dan kimia komputasi dan bidang terkait.

obabel dan babel sedikit berbeda. Yang pertama lebih dekat dengan konvensi Unix normal
untuk program baris perintah dan lebih fleksibel ketika pengguna perlu menentukan nilai parameter
pada pilihan. Dengan babel ini hanya berfungsi ketika opsi adalah yang terakhir di telepon; dengan obabel
tidak ada batasan seperti itu yang berlaku. Selanjutnya memiliki jalan pintas untuk memasukkan string SMILES, yang
dapat digunakan sebagai pengganti file input.

Open Babel juga merupakan toolkit pemrogram lengkap untuk mengembangkan perangkat lunak kimia. Untuk
informasi lebih lanjut, lihat halaman web Open Babelhttp://openbabel.org/>.

PILIHAN

Jika hanya file input dan output yang diberikan, Open Babel akan menebak jenis file dari
ekstensi nama file.

-"string SENYUM"
Masukkan string SMILES dan gunakan sebagai pengganti file input. String SMILES seharusnya
dilampirkan dalam tanda kutip. Lebih dari satu dapat digunakan, dan judul molekul dapat
disertakan jika dilampirkan dalam tanda kutip.

-a Pilihan
Opsi input khusus format. Lihat -H format-ID untuk opsi yang diizinkan oleh tertentu
format

--tambahkan ke judul
Tambahkan teks ke judul molekul saat ini

--tambahkan rumus
Tambahkan rumus molekul setelah judul molekul saat ini

-b Konversi ikatan datif: misalnya [N+]([O-])=O ke N(=O)=O

-c Pusatkan koordinat atom di (0,0,0)

-C Gabungkan molekul dalam file pertama dengan molekul lain yang memiliki nama yang sama

-e Lanjutkan setelah kesalahan

-d Hapus Hidrogen

---tingkat kesalahan 2
Filter tingkat kesalahan dan peringatan yang ditampilkan:
1 = hanya kesalahan kritis
2 = sertakan peringatan juga (default)
3 = sertakan pesan informasi juga
4 = sertakan pesan "audit log" tentang perubahan data
5 = sertakan pesan debug juga

-f # Untuk input banyak entri, mulai impor dengan molekul # sebagai entri pertama

-F Keluarkan jenis sidik jari yang tersedia

-h Tambahkan hidrogen

-H Informasi penggunaan keluaran

-H format-ID
Informasi pemformatan keluaran dan opsi untuk format yang ditentukan

-Aula
Informasi dan opsi pemformatan keluaran untuk semua format

-Saya
Menentukan format input, lihat di bawah untuk format yang tersedia

-j

--Ikuti
Gabungkan semua molekul input ke dalam entri molekul output tunggal

-k Terjemahkan kata kunci pemodelan kimia komputasi (misalnya, GAMESS dan Gaussian)

-m Hasilkan beberapa file keluaran, untuk memungkinkan:
- Memisahkan satu file input - masukkan setiap molekul ke dalam nomor berurutan
file keluaran
- Konversi batch - ubah masing-masing beberapa file input menjadi yang ditentukan
format output

-l # Untuk input beberapa entri, hentikan impor dengan molekul # sebagai entri terakhir

-o format-ID
Menentukan format output, lihat di bawah untuk format yang tersedia

-O file keluar
Tentukan file keluaran. Opsi ini berlaku untuk obabel saja.

-p Tambahkan Hidrogen yang sesuai untuk pH (gunakan transformasi di phmodel.txt)

--Properti
Menambah atau mengganti properti (misalnya, dalam file SD MDL)

-s SMART
Ubah hanya molekul yang cocok dengan pola SMARTS yang ditentukan

--memisahkan
Pisahkan fragmen yang terputus menjadi catatan molekul individu

-t Semua file input menggambarkan satu molekul

--judul judul
Tambahkan atau ganti judul molekul

-x Pilihan
Opsi keluaran khusus format. Lihat -H format-ID untuk opsi yang diizinkan oleh tertentu
format

-v SMART
Ubah hanya molekul JANGAN pencocokan pola SMARTS ditentukan

-V Keluarkan nomor versi dan keluar

-z Kompres output dengan gzip

FILE FORMAT

Format berikut saat ini didukung oleh Open Babel:
acr -- Carine ASCI Kristal
alc -- format alkimia
arc -- Format CAR Accelrys/MSI Biosym/Insight II [Hanya baca]
bgf -- format MSI BGF
kotak -- Dock 3.5 Format kotak
bs -- Format Bola dan Tongkat
c3d1 -- Format Chem3D Cartesian 1
c3d2 -- Format Chem3D Cartesian 2
caccrt -- Format Cacao Cartesian
cache -- Format Cache MolStruct [Tulis saja]
cacint -- Format internal Cacao [Tulis saja]
bisa -- format Canonical SMILES
mobil -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II format CAR [Hanya baca]
ccc -- format CCC [Hanya baca]
cdx -- Format biner ChemDraw [Hanya baca]
cdxml -- Format CDXML ChemDraw
cht -- Format Chemtool [Tulis saja]
cif -- File Informasi Kristalografi
cml -- Bahasa Markup Kimia
cmlr -- Format Reaksi CML
com -- Masukan Cartesian Gaussian 98/03 [Tulis saja]
copy -- Menyalin teks mentah [Write-only]
crk2d -- Format diagram Kit Sumber Daya Kimia 2D
crk3d -- Format 3D Kit Sumber Daya Kimia
csr -- Accelrys/MSI Quanta CSR format [Tulis saja]
cssr -- CSD CSSR format [Tulis saja]
ct -- Format Tabel Koneksi ChemDraw
dmol -- Format koordinat DMol3
ent -- Format Bank Data Protein
fa -- format FASTA [Tulis saja]
fasta -- format FASTA [Tulis saja]
fch -- Format file pos pemeriksaan berformat Gaussian [Hanya baca]
fchk -- Format file pos pemeriksaan berformat Gaussian [Hanya baca]
fck -- Format file pos pemeriksaan berformat Gaussian [Hanya baca]
feat -- Format fitur
fh -- Format Fenske-Hall Z-Matrix [Tulis saja]
fix -- format SMILES FIX [Write-only]
fpt -- Format sidik jari [Tulis saja]
frac -- Format Pecahan Bentuk Bebas
fs -- Buka database Babel FastSearching
fsa -- format FASTA [Tulis saja]
g03 -- Output Gaussian 98/03 [Hanya baca]
g98 -- Output Gaussian 98/03 [Hanya baca]
gam -- Keluaran GAMESS [Hanya-baca]
gamin -- Masukan GAMESS [Tulis saja]
gamout -- Keluaran GAMESS [Hanya-baca]
gau -- Gaussian 98/03 Masukan Cartesian [Tulis saja]
gjc -- Masukan Cartesian Gaussian 98/03 [Tulis saja]
gjf -- Masukan Cartesian Gaussian 98/03 [Tulis saja]
gpr -- Format Ghemical
gr96 -- Format GROMOS96 [Tulis saja]
hin -- format HyperChem HIN
inchi -- IUPAC InChI [Tulis saja]
inp -- Masukan GAMESS [Tulis saja]
ins -- format ShelX [Hanya baca]
jin -- Format input Jaguar [Tulis saja]
jout -- Format keluaran Jaguar [Hanya baca]
mdl -- format MDL MOL
mmd -- format MacroModel
mmod -- format MacroModel
mol -- format MDL MOL
mol2 -- format Sybyl Mol2
molreport -- Buka laporan molekul Babel [Tulis saja]
moo -- Format keluaran MOPAC [Hanya baca]
pel -- MOPAC Cartesian format
mopcrt -- Format Kartesius MOPAC
mengepel -- MOPAC Internal
mopout -- Format keluaran MOPAC [Hanya baca]
mpc -- format kartesius MOPAC
mpd -- Format deskriptor Sybyl [Tulis saja]
mpqc -- format keluaran MPQC [Hanya baca]
mpqcin -- format masukan sederhana MPQC [Write-only]
nw -- Format input NWChem [Tulis saja]
nwo -- Format keluaran NWChem [Hanya baca]
pc -- Format PubChem [Hanya baca]
pcm -- format PCModel
pdb -- Format Bank Data Protein
pov -- Format input POV-Ray [Tulis saja]
pqs -- Format Solusi Kuantum Paralel
persiapan -- Format persiapan kuning [Hanya baca]
qcin -- Format input Q-Chem [Tulis saja]
qcout -- format keluaran Q-Chem [Hanya baca]
laporan -- Buka format laporan Babel [Tulis saja]
res -- format ShelX [Hanya baca]
rxn -- format MDL RXN
sd -- format MDL MOL
sdf -- format MDL MOL
smi -- format SMILES
sy2 -- format Sybyl Mol2
tdd -- Format termo
tes -- Format tes [Tulis saja]
term -- format termo
tmol -- Format Koordinat TurboMole
txyz -- Format Tinker MM2 [Tulis saja]
unixyz -- format UniChem XYZ
vmol -- format ViewMol
xed -- format XED [Tulis saja]
xml -- Format XML umum [Hanya baca]
xyz -- format koordinat kartesius XYZ
yob -- format YASARA.org YOB
zin -- format input ZINDO [Tulis saja]

FORMAT PILIHAN

Format file individual mungkin memiliki opsi pemformatan tambahan.

Opsi format input didahului dengan 'a', misalnya -as

Opsi format output didahului dengan 'x', misalnya -xn

Untuk informasi dan opsi spesifik lebih lanjut, gunakan -H
misalnya, -Hcml

CONTOH

Konversi standar:
babel -ixyz etanol.xyz -opdb etanol.pdb
Konversi dari file SMI di STDIN ke file Mol2 yang ditulis ke STDOUT:
babel -ismi -omol2
Pisahkan file multi-molekul menjadi new1.smi, new2.smi, dll.:
babel infile.mol baru.smi -m

Gunakan babel online menggunakan layanan onworks.net