Ini adalah perintah bowtie-build yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
bowtie-build - membangun indeks ruang warna untuk bowtie
RINGKASAN
pembuatan dasi kupu-kupu [Pilihan]*
DESKRIPSI
referensi_in
daftar file yang dipisahkan koma dengan urutan ref
ebwt_outfile_base
tulis data Ebwt ke file dengan dir/nama dasar ini
PILIHAN
-f file referensi adalah Fasta (default)
-c urutan referensi yang diberikan pada baris cmd (sebagai )
--indeks-besar
paksa indeks yang dihasilkan menjadi 'besar', bahkan jika ref memiliki kurang dari 4 miliar
nukleotida
-C/--warna
membangun indeks ruang warna
-a//-noauto
nonaktifkan otomatis -p//bmax/--dcv memory-fitting
-p/--penuh sesak
gunakan string yang dikemas secara internal; lebih lambat, menggunakan lebih sedikit mem
--bmaks
max bucket sz untuk pembuat suffix-array blockwise
--bmaxdivn
max bucket sz sebagai pembagi ref len (default: 4)
--dcv
periode diff-cover untuk blockwise (default: 1024)
--nodc nonaktifkan diff-cover (algoritma menjadi kuadrat)
-r//-noref
jangan buat porsi .3/.4.ebwt (referensi yang dikemas)
-3//-justref
cukup buat porsi .3/.4.ebwt (referensi yang dikemas)
-o//-offrate
SA diambil sampelnya setiap 2^offRate BWT karakter (default: 5)
-t//ftabchars
# karakter yang digunakan dalam pencarian awal (default: 10)
--toa mengkonversi Ns mengacu pada As
--benih
benih untuk generator nomor acak
-q/--diam
keluaran verbose (untuk debugging)
-h/--Tolong
cetak deskripsi rinci alat dan opsinya
--penggunaan
cetak pesan penggunaan ini
--Versi: kapan
informasi versi cetak dan keluar
64-bit Dibangun pada lgw01-11 Kam 26 Nov 11:11:03 UTC 2015 Kompilator: gcc versi 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opsi: -O3 -Wl,--hash-style=keduanya -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-pelindung-kuat -format -Kesalahan=format-keamanan -g -O2 -fstack-pelindung-kuat
-format -Kesalahan=format-keamanan -Wl,-Bsimbol-fungsi -Wl,-z,relro Ukuran {int, panjang,
panjang panjang, batal*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Gunakan bowtie-build online menggunakan layanan onworks.net