Ini adalah perintah bowtie2-build-l yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator atau MAC OS online emulator
PROGRAM:
NAMA
bowtie2-build-l - membangun indeks ruang warna untuk bowtie2
RINGKASAN
dasi kupu-kupu2-build-l [Pilihan]*
DESKRIPSI
Bowtie 2 versi 2.2.6 oleh Ben Langmead ([email dilindungi], www.cs.jhu.edu/~langmea)
referensi_in
daftar file yang dipisahkan koma dengan urutan ref
bt2_index_base
tulis data bt2l ke file dengan dir/nama dasar ini
*** Indeks Bowtie 2 hanya berfungsi dengan v2 (bukan v1). Demikian juga untuk indeks v1. ***
PILIHAN
-f file referensi adalah Fasta (default)
-c urutan referensi yang diberikan pada baris cmd (sebagai )
-a//-noauto
nonaktifkan otomatis -p//bmax/--dcv memory-fitting
-p/--penuh sesak
gunakan string yang dikemas secara internal; lebih lambat, lebih sedikit memori
--bmaks
max bucket sz untuk pembuat suffix-array blockwise
--bmaxdivn
max bucket sz sebagai pembagi ref len (default: 4)
--dcv
periode diff-cover untuk blockwise (default: 1024)
--nodc nonaktifkan diff-cover (algoritma menjadi kuadrat)
-r//-noref
jangan buat file indeks .3/.4
-3//-justref
cukup buat file indeks .3/.4
-o//-offrate
SA diambil sampelnya setiap 2^ Karakter BWT (default: 5)
-t//ftabchars
# karakter yang digunakan dalam pencarian awal (default: 10)
--benih
benih untuk generator nomor acak
-q/--diam
keluaran verbose (untuk debugging)
-h/--Tolong
cetak deskripsi rinci alat dan opsinya
--penggunaan
cetak pesan penggunaan ini
--Versi: kapan
informasi versi cetak dan keluar
Gunakan bowtie2-build-l online menggunakan layanan onworks.net
