Ini adalah perintah bp_fetchp yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
bp_fetch.pl - mengambil urutan dari database terindeks bioperl
RINGKASAN
bp_fetch.pl swiss:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net::genbank:JX295726
bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG swiss:ROA1_HUMAN
DESKRIPSI
Mengambil urutan menggunakan sistem akses DB di Bioperl. Penggunaan yang paling umum dari ini adalah
untuk bp_fetch urutan dari indeks bioperl dibangun menggunakan bpindex.pl, atau untuk mengambil urutan
dari situs web NCBI
Format pengambilan sekuen sengaja dibuat seperti format GCG/EMBOSS seperti:
sebagai berikut:
db:nama
dengan potensi memasukkan tipe database 'meta', karena
meta::db:nama
Informasi meta dapat menjadi salah satu dari tiga jenis
lokal - database file datar terindeks lokal
net - jaringan http: basis data berbasis
ace - basis data ACeDB
Informasi ini default ke 'lokal' untuk nama database tanpa informasi meta db
PILIHAN
-fmt - Format output
Fasta (default), EMBL, Raw, swiss atau GCG
-acc - string adalah nomor aksesi, bukan an
id.
pilihan hanya untuk penggunaan ahli
-dir - direktori untuk menemukan file indeks
(mengganti variabel lingkungan BIOPERL_INDEX)
-Tipe - jenis file DBM yang akan dibuka
(mengganti variabel lingkungan BIOPERL_INDEX_TYPE)
LINGKUNGAN
bp_index dan bp_fetch berkoordinasi di mana basis data berada menggunakan variabel lingkungan
BIOPERL_INDEX. Ini dapat ditimpa menggunakan opsi -dir. Jenis indeks (SDBM atau
DB_File atau file indeks lainnya) dikendalikan oleh variabel BIOPERL_INDEX_TYPE. Ini
default ke SDBM_File
MENGGUNAKAN IT DIRIMU SENDIRI
bp_fetch adalah pembungkus di sekitar modul bioperl yang mendukung Bio::DB::BioSeqI
antarmuka abstrak. Ini termasuk:
Kode Penulis
James Gilbert - Pengindeks Fasta, Pengindeks abstrak
Aaron Mackay - Akses GenBank dan GenPept DB
Ewan Birney - pengindeks EMBL .dat
Banyak orang - kode SeqIO
Modul-modul ini dapat digunakan secara langsung, yang jauh lebih baik daripada menggunakan skrip ini sebagai suatu sistem
panggilan atau pipa untuk membaca dari. Baca kode sumber bp_fetch untuk melihat cara penggunaannya.
MEMPERPANJANG IT
bp_fetch menggunakan sejumlah modul berbeda untuk menyediakan akses ke database. Modul apa saja
yang berlangganan antarmuka Bio::DB::BioSeqI dapat digunakan di sini. Untuk file datar
pengindeks, ini paling baik dilakukan dengan memperluas Bio::Index::Abstract, seperti yang dilakukan di
Bio::Indeks::EMBL dan Bio::Indeks::Fasta. Untuk akses ke database lain, Anda perlu
gulung antarmuka Anda sendiri.
Untuk format output baru, Anda perlu menambahkan modul SeqIO baru. Hal yang paling mudah adalah melihat
di Bio::SeqIO::Fasta dan cari tahu cara meretasnya untuk format Anda sendiri (sebut saja sesuatu
berbeda jelas).
KOMENTAR
Mailing daftar
Umpan balik pengguna merupakan bagian integral dari evolusi modul ini dan modul Bioperl lainnya. Mengirim
komentar dan saran Anda sebaiknya ke milis Bioperl. Partisipasi Anda
sangat dihargai.
[email dilindungi] - Diskusi Umum
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Tentang milis
Pelaporan Bug
Laporkan bug ke sistem pelacakan bug Bioperl untuk membantu kami melacak bug dan mereka
resolusi. Laporan bug dapat dikirimkan melalui web:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
Gunakan bp_fetchp online menggunakan layanan onworks.net
