chemtool - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

chemtool - editor struktur kimia

RINGKASAN

alat kimia [nama file]

DESKRIPSI

alat kimia adalah program untuk menggambar molekul organik dan mengekspornya sebagai bitmap X, PNG,
File PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL atau EPS. Ini berjalan di bawah Sistem X Window menggunakan GTK
kumpulan widget.

Program ini pada dasarnya menawarkan undo/redo yang tidak terbatas, dua font teks plus simbol, tujuh
warna, menggambar pada beberapa skala zoom, dan kisi latar belakang persegi dan heksagonal agar lebih mudah
penjajaran.

CONTOH

Dalam semua mode menggambar dan mengedit, tombol mouse satu (biasanya tombol kiri) digunakan untuk
menandai atau menggambar objek, sedangkan tombol tiga (tombol kanan) dapat digunakan untuk menghapus objek
dari jenis saat ini. Tombol tengah terutama digunakan dalam mode gambar ikatan di mana itu
memungkinkan perubahan tipe ikatan yang cepat. Dimulai dengan versi 1.5, penyimpanan default
direktori untuk file data, dan ekstensi nama file yang akan digunakan, dapat disimpan melalui a
dialog konfigurasi.

gambar of obligasi:
Ikatan dapat ditarik dalam 4 pengaturan sudut yang berbeda (segi enam dengan interval 30 °, dua
segi lima dengan interval 72° (orientasi berbeda), dan segi delapan 45° i). (Intermediat
sudut dimungkinkan di semua mode ini juga - abaikan saja titik penanda dalam ini
kasus).

Pemilih gaya ikatan di tengah bilah tombol menentukan jenis ikatan yang
ditarik - awalnya, ini adalah ikatan tunggal. Jika Anda ingin mengubah jenis obligasi nanti,
baik klik dengan tombol tengah mouse Anda untuk maju ke jenis berikutnya, atau
pilih jenis yang sesuai di pemilih dan kemudian beralih ke mode bondtype dan pilih semua
obligasi yang ingin Anda ubah ke tipe baru. (Warna yang digunakan untuk ikatan adalah
diperbarui secara bersamaan jika perlu.) Menekan tombol tengah mouse pada ikatan saat masuk
Mode 'Jenis ikatan' membalikkan arah ikatan itu.

Menggunakan tombol mouse ketiga (biasanya kanan) menghapus ikatan di sebelah kursor
posisi.

Jenis obligasi yang tersedia adalah:

· ikatan tunggal

· ikatan rangkap

· ikatan rangkap (garis pendek di sisi lain)

· ikatan rangkap pusat

· ikatan rangkap tiga (garis mengapit lebih pendek dari pusat)

· ikatan rangkap tiga (dengan panjang garis yang sama)

· ikatan rangkap empat

· ikatan berbentuk baji

· ikatan berbentuk baji putus-putus

· garis bergelombang

· setengah panah

· panah biasa

· ikatan lebar

· lingkaran

· garis putus-putus

· ikatan tunggal yang tumpang tindih (yang memotong segmen dari ikatan apa pun yang dilintasinya)

· lobus orbital pi ringan

· lobus orbital pi gelap

Setengah otomatis gambar of cincin:
Cincin yang terdiri dari 3 hingga 12 anggota dapat digambar dengan mudah dengan menahan tombol Ctrl sambil menggambar a
garis. Garis ini kemudian akan menjadi segmen pertama dari sebuah cincin yang secara otomatis digambar
searah jarum jam. Ukuran cincin default yang sesuai untuk yang dipilih
mode menggambar (yaitu 5, 6 atau 8 sisi), tetapi dapat diatur pada basis per-cincin dengan menekan
Ctrl- sebelum menggambar cincin, di mana angka 3-9 sesuai dengan 3 hingga 9 anggota
berdering, sedangkan 0 hingga 2 memilih dering beranggota 10, 11, dan 12, masing-masing.

Cincin yang baru ditarik dapat dihapus dengan menekan Ctrl dan tombol mouse 3 bersamaan.

gambar of lengkung baris:
Garis lengkung untuk objek seperti panah atau lobus orbital dapat digambar dalam mode kurva spline dengan
menentukan empat titik kontrol yang membentuk poligon pembatas (titik awal, dua titik di
kedua sisi puncak, titik akhir). Dari tipe ikatan biasa yang tersedia di menu Gaya,
'garis tunggal', 'semiarrow', panah dan 'garis putus-putus' mempertahankan fungsi biasanya, sementara
jenis 'garis lebar' digunakan untuk menunjukkan poligon terisi. Titik kontrol hanya
terlihat di Pindah mode, di mana mereka dapat diseret untuk mengubah bentuk kurva setelah
itu ditarik.

Pengaturan ikatan gaya
Dalam mode gaya ikatan, mengklik ikatan apa pun dalam diagram mengubah representasinya menjadi
ketik yang dipilih di menu tarik-turun di sebelah Tipe .

Jenis ikatan tambahan yang tersedia di menu tarik-turun,

panah melengkung

hanya tersedia untuk menggambar. Ini sebenarnya adalah jalan pintas untuk salah satu gambar kurva
fungsi yang dijelaskan di atas, dengan titik kontrol kedua dan ketiga secara otomatis
dihasilkan. Dengan demikian, tidak dapat dikonversi ke atau dari jenis obligasi konvensional mana pun.

(Namun, seseorang dapat mengonversinya ke salah satu jenis kurva lainnya, misalnya untuk mengubah jenis
mata panah). Bentuk panah biasanya perlu disesuaikan dengan menggeser
titik kontrol yang muncul di sampingnya dalam mode 'Pindah'.

Memasukkan teks
Teks yang ditulis ke dalam kotak teks dapat diposisikan dengan kursor dan mungkin tampak kiri,
tengah atau rata kanan dalam gambar. Ukuran dan warna teks dapat dipilih dari tetap
daftar pilihan. Ada dua karakter khusus yang akan digunakan untuk sub- dan superscripting
karakter berikut:

'^' untuk menggeser ke atas (mis. N^+)

'_' untuk menggeser ke bawah (misalnya CH_3)

Karakter kontrol '|' digunakan untuk membuat huruf miring karakter berikut, seperti pada |t-Bu.

Jenis huruf tebal, biasanya digunakan untuk senyawa penomoran, dapat dipilih dengan mendahului
karakter dengan '#'.

Karakter khusus '@' beralih ke mode simbol, yang menggunakan simbol X11 standar
font. Semua tombol alfabet menghasilkan karakter Yunani yang sesuai dalam mode ini, dan
beberapa simbol lain tersedia jika padanan standar Latin1 mereka sudah
dipetakan ke keyboard:

yen -> tak terhingga

tanda hubung -> panah atas

makron -> panah bawah

Simbol 'plusminus' dan 'terdaftar' (merek dagang) sudah dalam font standar,
meskipun biasanya tidak tersedia di keyboard. Gunakan perintah berikut (atau
tambahkan deklarasi ke Anda .xmodmaprc ) untuk membuatnya tersedia melalui +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R terdaftar' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P plusminus' \
-e 'keysym u = u U tanda hubung' \
-e 'keysym d = d D makron'

(ini mengarah ke AltGr-P = plusminus, AltGr-R = terdaftar dalam mode normal dan AltGr-O =
tak terhingga, AltGr-U = panah atas, AltGr-D = panah bawah dalam font simbol).

Untuk diagram 'titik-dan-salib', pemetaan berikut ke font simbol mungkin:
berguna: akut -> silang (misalnya keysym x = x X akut) titik tengah -> titik terisi (misalnya keysym
d = d D pusat periode) (menggunakan tanda derajat untuk titik terbuka).

Versi tanda plus dan minus yang dilingkari untuk menunjukkan muatan ion tersedia sebagai @+
dan @- .

Saat Anda ingin menggunakan simbol sebagai sub- atau superskrip, tempatkan sub- atau superskrip
karakter sebelum karakter '@', misalnya K_@a .

Dalam mode teks, tombol kanan mouse menghapus label pada posisi kursor. Mengubah
ukuran, font, atau warna label dapat dilakukan dengan mengklik kiri setelah memilih
kombinasi pengaturan yang diinginkan. Ketika kotak entri teks di atas area gambar kosong,
hanya pengaturan yang diperbarui tanpa mengubah konten label, jika tidak,
teks label juga diganti. Jika Anda ingin menyalin teks dari label yang ada ke
kotak entri teks, klik dengan tombol tengah mouse.

Pelabelan pintas
Di semua mode gambar ikatan, beberapa pintasan keyboard tersedia untuk menambahkan simbol atom
tanpa harus keluar dari mode menggambar. Label ditempatkan pada posisi menggambar saat ini
(titik akhir dari garis terakhir yang ditarik, atau tempat yang terakhir diklik).

Tombol 'c','h','n','o','s','p' dan 'r' menyisipkan huruf kapital yang sesuai, 'l'
(huruf kecil L) menyisipkan 'Cl', sedangkan '1', '2', '3' masing-masing menyisipkan CH,CH_2 dan CH_3. NS
tombol asterisk (*) menyisipkan lingkaran penuh.

Menekan bilah spasi sekali memungkinkan Anda memasukkan label sewenang-wenang, yang akan ditempatkan di
posisi saat ini ketika Anda menekan tombol Kembali.

gambar elektron pasang
Tombol keypad numerik dapat digunakan untuk menggambar garis pendek 'pasangan elektron' di sebelah
simbol elemen - jika seseorang membayangkan simbol elemen duduk di tombol '5' pusat,
setiap kunci menarik pasangan elektron yang sesuai untuk posisinya. Ketika digunakan bersama dengan
Tombol Shift, dua titik digambar, bukan garis - cukup hapus salah satu titik lagi jika
Anda membutuhkan jumlah elektron ganjil.

Penomoran atom
Untuk penomoran atom dalam molekul dengan cepat, alihkan ke salah satu mode teks, tahan
tombol Kontrol dan pilih setiap atom secara berurutan dengan tombol kiri mouse. Penomoran
dimulai pada 1, dan urutannya dapat diatur ulang kapan saja dengan mengklik tombol kanan mouse.
Jika Anda perlu menggunakan skema penomoran Anda sendiri, klik tombol tengah (saat masih
menahan tombol Kontrol) membuatnya mengambil nomor apa pun yang ada di bidang entri teks.

Centering
Jika tidak ada cukup ruang untuk molekul Anda, Anda dapat meletakkannya di tengah lembaran
dengan tombol tengah.

Mengekspor untuk asing format:
Anda dapat mengekspor molekul Anda sebagai bitmap X, gambar PNG atau EMF, enkapsulasi
file postscript, file input untuk Brian Smith' xfig(1) program, sebuah MDL ver. 2000 molfile
untuk pertukaran data dengan paket komersial, file SVG untuk halaman web XHTML, atau di
Format PicTeX untuk penyertaan langsung dalam dokumen LaTeX. PicTeX, PNG, EMF dan
Fungsi output postscript bergantung pada fig2dev81) program dari transformasi(1) paket
dan hanya tersedia jika program ini terdeteksi saat startup. jika gambar2sxd(1)
program diinstal, opsi ekspor tambahan tersedia untuk format OpenOffice SXD.
Demikian juga, jika program babel (buka) diinstal, menu Ekspor tambahan menyediakan
akses ke semua jenis file yang didukung oleh alat ini tersedia.

Anda dapat membuat output dalam berbagai ukuran sesuai dengan skala zoom saat ini.
File Postscript dan PicTeX juga dapat dibuat pada skala arbitrer yang dapat dipilih di
menu ekspor file.

Opsi dalam menu konfigurasi dapat diatur untuk memanggil fig2dev dalam bahasa internasional
mode, yang secara otomatis akan membuat teks apa pun yang ditulis dalam font alternatif (Kali) menggunakan
font postscript yang sesuai untuk lokal saat ini (saat ini bahasa Kroasia, Sirilik,
Ceko, Hongaria, Jepang, Korea, Polandia). Lihat fig2dev dokumentasi untuk rincian.

Untuk menyertakan file PicTeX dalam dokumen LaTeX Anda, Anda memerlukan paket makro pictex.
Bergantung pada versi yang Anda gunakan, Anda mungkin juga harus memuat paket 'warna' di
pembukaan file LaTeX Anda. Jika Anda mengalami pesan kesalahan 'Kapasitas TeX terlampaui',
tingkatkan parameter extra_mem_bot di . Anda teksmf.cnf file (biasanya dalam
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). Pictex terkenal dengan keunikannya
(menurut standar tex) persyaratan memori, dan pengaturan standar tidak memperhitungkan ini
(walaupun Anda mungkin menemukan komentar a la 'ubah ini jika Anda menggunakan pictex' di teksmf.cnf
mengajukan). Sesuatu seperti extra_mem_bot=400000 seharusnya tidak merugikan pada yang cukup modern
sistem.

Pencetakan gambar
Sejak versi 1.5, pencetakan langsung diagram ke perangkat pencetakan berkemampuan Postscript (atau
lebih biasanya antrian cetak yang menjalankan ghostscript) dimungkinkan. Ukuran kertas,
perbesaran, nama printer, dan perintah cetak yang akan digunakan (saat ini lp(1) lpr(1)
or kprinter(1)) dapat disimpan dalam Dialog Konfigurasi.

Memilih semua or bagian of a gambar untuk transformasi:
Menggunakan tombol 'Tandai', Anda dapat dengan mudah memilih bagian dari gambar saat ini dengan melampirkan
mereka dengan persegi panjang 'karet'.

Jika Anda perlu menambahkan atom di luar area persegi panjang ke pilihan Anda, cukup gambar
karet gelang lain di sekitar mereka sambil menahan tombol Ctrl.

Bagian yang dipilih akan muncul disorot dengan warna biru dan segera tersedia untuk

bergerak cukup seret fragmen ke posisi yang diinginkan dengan mouse sambil menahan
bawah tombol kiri mouse. (Jika Anda hanya perlu memindahkan atom individu atau
obligasi, Anda cukup memilih dan menyeretnya dalam mode 'Pindah' ​​tanpa harus menandai
mereka terlebih dahulu).

berputar gerakan horizontal mouse diterjemahkan menjadi rotasi halus di sekitar
titik pivot dipilih saat menekan tombol mouse

membalik (mirroring) fragmen tentang bidang cermin horizontal atau vertikal melalui
pusatnya: ini dilakukan dengan mengklik tombol menu yang sesuai

penyalinan mengklik tombol menu 'Salin' membuat salinan yang tepat dari yang dipilih
fragmen sedikit diimbangi dengan aslinya. Tandanya secara otomatis
dipindahkan ke salinan baru.

penskalaan ulang gerakan mouse horizontal diterjemahkan ke dalam peningkatan atau penurunan halus
ukuran fragmen yang ditandai

menghapus untuk menghapus fragmen yang ditandai, cukup klik yang ketiga (biasanya kanan)
tombol mouse setelah disorot.

pembingkaian memilih salah satu ikon dari daftar drop-down gaya bingkai dan braket
menggambar objek yang sesuai, misalnya sepasang tanda kurung bulat, di sekitar
fragmen yang disorot.

mengoptimalkan mengklik simbol 'ember dan sapu' memanggil fungsi yang menghapus
tumpang tindih (duplikat) ikatan dan label dari gambar dan luruskan
garis yang hampir horizontal atau vertikal.

Menambahkan sebelumnya disimpan angka:
Untuk menambahkan molekul lain dari gambar chemtool yang disimpan sebelumnya, pilih dalam file
jendela pilihan yang muncul saat Anda menekan tombol 'Tambah'. Satu klik pada sembarang
nama file dalam daftar menampilkan pratinjau kecil molekul untuk membantu dalam pemilihan. NS
molekul yang baru ditambahkan secara otomatis dibuat aktif sehingga dapat diposisikan ulang sebagai
diinginkan.

Jika Anda ingin menambahkannya ke posisi yang telah ditentukan pada molekul lain, Anda dapat menandainya
situs lampiran dengan mengklik kiri di atasnya alih-alih menyeret persegi panjang penanda. Kecil
titik hijau akan muncul di tempat yang sekarang menjadi referensi posisi untuk bagian baru. Jika Anda menyimpan
molekul dengan set penanda seperti itu, pada gilirannya akan menentukan situs perlekatan mereka ketika mereka
ditambahkan ke gambar lain.

Menambahkan satu of itu sudah ditentukan sebelumnya template:
Memilih 'Templat' dari menu 'Alat' membuka jendela kedua dengan koleksi kecil
dari struktur yang telah ditentukan. Cukup klik pada gambar molekul yang diinginkan untuk ditambahkan ke
gambar Anda. Jendela Template dapat tetap terbuka sepanjang sesi chemtool - jika itu
disembunyikan oleh jendela lain, Anda dapat memindahkannya ke depan dengan memilih menu 'Templat'
di chemtool lagi.

Data dalam sistem template berbeda dari gambar chemtool normal hanya dengan fakta bahwa
mereka disimpan di dalam program, dan dalam format yang agak canggung (koordinat x dan y
tercantum secara terpisah dalam file sumber templates.h). Ini dimaksudkan untuk memberikan
basis set yang nyaman tersedia untuk semua pengguna, tetapi tidak dapat diperpanjang secara individual (Anda dapat menggunakan
fungsi 'Tambah' untuk struktur Anda sendiri). Harap beri tahu kami jika Anda ingin spesifik
molekul ditambahkan ke templat - namanya atau idealnya file gambar chemtool biasa
adalah semua yang kita butuhkan. (kirim email ke [email dilindungi])

Pengimporan asing fillet format:
Chemtool menyediakan fungsi untuk mengimpor file dalam format PDB yang digunakan oleh Protein
Basis data (dan oleh sebagian besar paket pemodelan molekul) dan format molfile MDL berpemilik
digunakan oleh ISISdraw dan dipahami oleh paket dan database gambar struktur lainnya
frontend.

Karena keduanya adalah format file 3D, sedangkan chemtool hanya menangani proyeksi 2D, diimpor
molekul dibaca ke dalam penyimpanan sementara pada awalnya dan ditampilkan dengan warna biru di kanvas.
Representasi 3D ini kemudian dapat diputar menggunakan mouse. Hanya setelah menekan Return
tombol pada keyboard itu diubah menjadi proyeksi 2D akhir yang dapat diedit. Ketika
impor 3d seperti itu sedang berlangsung, semua fungsi menggambar dan mengedit normal dinonaktifkan.

Dengan impor molfile MDL, label atom karbon secara otomatis dibuang. Untuk PDB
impor, jumlah pelabelan dapat dipilih dalam dialog pemilihan file, yang menawarkan
retensi baik semua label, hanya atom non-hidrogen, atau hanya non-numerik
bagian dari label.

Jika program babel diinstal - baik versi asli yang ditulis oleh Pat Walters atau
upaya OpenBabel yang lebih baru - chemtool akan secara otomatis menawarkan opsi menu untuk
mengimpor dari salah satu format file yang didukung ini.

Menentukan jumlah rumus dan molekuler Berat:
Distribusi berisi program pembantu, cht'i(1), oleh Radek Liboska (Praha) untuk menghitung
jumlah rumus dan (tepat) berat molekul dari file gambar chemtool. Itu juga
tersedia dari dalam chemtool untuk menghitung data ini untuk struktur saat ini atau a
fragmen yang ditandai. cht'i dapat disesatkan oleh ikatan rangkap ( chemtool tidak menghapus
ikatan yang tumpang tindih, seperti yang mungkin dihasilkan dari sistem cincin sekering, secara otomatis) dan
dengan simbol 'cincin aromatik', jadi Anda harus menghindari ini dan memeriksa kemungkinannya
rumus jumlah yang dihasilkan jika memungkinkan.

gambar fungsi tidak tersedia dalam Alat kimia:
Untuk fitur yang saat ini tidak didukung oleh chemtool, seperti fungsi menggambar garis umum,
mendapatkan paket menggambar XFig Brian Smith xfig sangat dianjurkan. Tentang satu-satunya
hal yang tidak ditawarkannya adalah dukungan untuk tipe garis 'kimia' dan sudut gambar - yaitu
mengapa chemtool ditulis sebagai semacam program pendamping. (Mungkin akan ada lebih banyak
opsi menggambar yang paling dibutuhkan ditambahkan ke chemtool dari waktu ke waktu, tetapi menduplikasi
lebih banyak fitur tujuan umum dari xfig tampaknya agak sia-sia.)

Gunakan chemtool online menggunakan layanan onworks.net