circos - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

____ _
/ _(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \____\___/|___/

bulat itu bagus

circos - menghasilkan grafik informasi gabungan sirkuler

RINGKASAN

# tebak lokasi file konfigurasi
sirkus

# gunakan file konfigurasi tertentu
circos -conf circos.conf [-diam]

# mendiagnosis modul yang diperlukan
sirkus -modul

# halaman manual
sirkus -man

# debugging terperinci untuk komponen kode
# Lihat http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
sirkos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]

# debugging penuh
sirkos -debug_group _all

# dump konfigurasi dari sebuah blok (atau blok pohon) dari
# parameter apa pun yang cocok dengan REGEXP (opsional)
sirkos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}

# mengesampingkan parameter konfigurasi
circos -param gambar/radius=2000p -param ideogram/show=no

# untuk bersenang-senang - mengacak semua warna dalam gambar kecuali untuk
# WARNA1 dan WARNA2
sirko -warna acak WARNA1,[WARNA2,...]

DESKRIPSI

Circos adalah untuk memvisualisasikan data dalam tata letak melingkar, ideal untuk menjelajahi hubungan
antar objek atau posisi. Ada alasan lain mengapa tata letak melingkar adalah
menguntungkan, tidak sedikit menjadi fakta bahwa itu menarik.

Circo bukanlah solusi. Ini adalah alat untuk memecahkan masalah visualisasi. Untuk yang diberikan
masalah, Anda tidak dijamin bahwa itu sesuai.

Anda memiliki kontrol yang baik atas bagaimana setiap elemen data ditampilkan, membantu Anda untuk mencocokkan
arti-penting untuk relevansi.

KONFIGURASI

Pengaturan dimaksudkan untuk diteruskan menggunakan file konfigurasi teks biasa. File ini dapat
dibuat secara manual atau dengan skrip lain, yang memungkinkan Circos sepenuhnya otomatis.

Untuk dokumentasi lengkap, lihat

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

Sintaksis
Konfigurasi adalah teks biasa dan terdiri dari blok hierarkis. Beberapa blok, seperti
" adalah wajib, sedangkan yang lain suka" adalah opsional.

Untuk memulai, lihat tutorial panduan cepat.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

File konfigurasi tipikal mungkin terlihat seperti ini

# ukuran dan format gambar

...


# posisi dan ukuran ideogram

...


# posisi, jenis, dan format trek data


...

...


# warna, font, dan pola isian
< >

# parameter sistem
< >

Modularitas
"< > direktif mengimpor satu file konfigurasi ke file lainnya. Ini
fasilitas membantu untuk menjaga file konfigurasi modular.

Definisi parameter yang tidak sering berubah, seperti definisi warna dan font,
secara konvensional diimpor dari file yang ditemukan di dll/ dalam distribusi.

Dalam tutorial, Anda akan menemukan bahwa " dan " blok diimpor ke
file konfigurasi utama. Karena balok-balok ini bisa menjadi cukup besar, yang utama
file konfigurasi lebih terbaca jika diturunkan ke file terpisah.

Utama dengan *
Untuk mengganti parameter yang telah disertakan dari file, gunakan akhiran "*". akhiran
diperlukan karena beberapa definisi parameter tidak diperbolehkan, kecuali dalam kasus
di mana parameter mungkin memiliki lebih dari satu nilai.


# file yang disertakan mendefinisikan 'radius'
< >
# ini akan menimpa nilai radius
radius* = 2500p


Akhiran "*" dapat diulang untuk menentukan nilai mana yang didahulukan dalam sebuah blok.

jari-jari = 1500p
radius* = 2500p
radius** = 3000p # contoh radius ini akan digunakan

Utama dengan perintah baris
Parameter konfigurasi apa pun dalam nama blok unik dapat ditentukan pada baris perintah
menggunakan

-param PATH/PARAM=nilai

Sebagai contoh,


tampilkan = tidak
...


-param ideogram/tampilkan=no

dan



standar = 0.01r

...


-param ideogram/spasi/default=0.01r

Ketika konf() digunakan dalam file konfigurasi untuk mengambil nilai parmameter (apapun
parameter, bukan hanya yang ditetapkan oleh -param), Anda mendapatkan sistem yang fleksibel untuk mengubah
konfigurasi pada baris perintah.

spesies = manusia
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(spesies).txt

-param spesies=tikus

Beberapa parameter dapat didefinisikan ulang, masing-masing dengan tanda "-param" sendiri

-param show_ticks=tidak -param image/radius=2000p

Penggabungan Blok
Beberapa instance dari blok berikut digabungkan secara otomatis: " ,
" , " , " , " , " , " dan " .

Tujuannya adalah untuk memungkinkan Anda menambahkan definisi kanonik.

# file ini mendefinisikan default , dan
< >

# tambahkan ke blok warna

warnaku = 150,25,25

PILIHAN

konfigurasi
-file konfigurasi FILE
Nama file konfigurasi. Ini diperlukan.

Circos akan mencoba menebak lokasi file ini, mencari "circos.conf" di
".", "..", dan "../ ..".

Keluaran dibentuk
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Mengalihkan keluaran file PNG dan SVG.

Gambar Elemen
-show_ticks, -noshow_ticks
-tampilkan_tick_labels, -noshow_tick_labels
Ganti tampilan kutu dan labelnya. Keduanya biasanya didefinisikan dalam
memblokir.

Keluaran Jalan
-keluaranDIR, -dirDIR
-file keluaran FILE, -file FILE
Ubah direktori keluaran dan nama file. FILE dapat berisi jalur.

Debugging
-debug
Aktifkan keluaran debug dasar. Melaporkan informasi dari

gambar, io, lapisan, ringkasan, pengatur waktu

grup debug (lihat di bawah).

-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
Aktifkan keluaran debug untuk grup tertentu. Untuk daftar grup, lihat

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

Untuk menambahkan grup ke awalan keluaran dengan +. Untuk menghapusnya, dengan -.

# gunakan grup debugging default tetapi kecualikan layer dan io
-debug -debug_group -lapisan,-io

# gunakan grup debugging default dan tambahkan spasi
-debug -debug_group + spasi

# tentukan grup secara eksplisit
-debug_group png,io,pengatur waktu

Untuk membuat daftar grup yang didukung, gunakan tanda tanpa argumen

-debug_grup

-waktu
Laporkan informasi waktu. Sama seperti -debug_group +timer

-diam
Tidak menghasilkan pelaporan.

-paranoid, -noparanoid
Jalankan dalam mode paranoid (default), atau tidak. Default untuk pengaturan ini ditentukan oleh
'paranoid' di etc/housekeeping.conf.

-peringatan, -tidak ada peringatan
Menampilkan peringatan, atau tidak (default). Default untuk pengaturan ini ditentukan oleh
'peringatan' di etc/housekeeping.conf.

-fakeerror =barang -fakeerror CAT =barang -fakeerror ,ID =barang -fakeerror CAT,ID
Palsu kesalahan dengan menampilkan pesan kesalahan untuk kategori CAT dan ID nama kesalahan. Jika
satu atau tidak ada yang ditentukan, daftar kesalahan mana yang tersedia.

Kecuali Anda benar-benar senang melihat pesan kesalahan, seharusnya tidak ada alasan bagi Anda untuk
ingin menggunakan ini.

penggunaan
-versi
Tampilkan versi.

-bantu
Tampilkan sinopsis penggunaan singkat.

-pria
Tampilkan halaman manual.

bercanda Sekitar
-randomcolor [warna1, warna2,...]
Acak warna setiap elemen dalam gambar, kecuali untuk daftar opsional
warna.

Misalnya, untuk menjaga agar latar belakang tetap putih dan apa pun yang hitam,

-warna acak putih, hitam

Gunakan sirkus online menggunakan layanan onworks.net