cleanasn - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

cleanasn - bersihkan ketidakteraturan pada objek NCBI ASN.1

RINGKASAN

bersih-bersih [-] [-A nama file] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L nama file] [-M nama file]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i nama file] [-j nama file] [-k nama file] [-m str] [-n path]
[-o nama file] [-p path] [-q path] [-r path] [-v path] [-x ext]

DESKRIPSI

bersih-bersih adalah program utilitas untuk membersihkan ketidakteraturan pada objek NCBI ASN.1.

PILIHAN

Ringkasan opsi disertakan di bawah ini.

- Cetak pesan penggunaan

-A nama file
File daftar aksesi

-C str Operasi urutan, per flag di str:
c Kompres
d Dekompresi
v Kesenjangan virtual di dalam urutan tersegmentasi
s Ubah set tersegmentasi ke urutan delta

-D str Bersihkan deskriptor, per bendera di str:
t Hapus Judul
c Hapus Komentar
n Hapus judul Set Nuc-Prot
e Hapus judul Pop/Phy/Mut/Eco Set
m Hapus judul mRNA
p Hapus judul Protein

-F str Bersihkan fitur, per bendera di str:
u Hapus objek Pengguna
d Hapus db_xrefs
e Hapus /bukti dan /kesimpulan
r Hapus xrefs gen yang berlebihan
sekering fitur duplikat
k Fitur wilayah pengkodean paket atau suku cadang
z Hapus atau perbarui nomor EC

-K str Lakukan pembersihan umum, per bendera di str:
b Pembersihan BasicSeqEntry
p C++ BasicCleanup (melalui utilitas eksternal)
s SeriusSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n Menormalkan urutan deskriptor
u Hapus Objek Pengguna NcbiCleanup
c Sinkronisasi Kode genetik
d Sinkronisasi ulang sebagian CDS
m Sinkronisasi ulang sebagian mRNA
t Sinkronisasi ulang sebagian Peptida
a Sesuaikan sambungan konsensus
i Promosikan ke Seq-ID "terburuk"

-L nama file
File log

-M nama file
berkas makro

-N str Bersihkan tautan, per bendera di str:
o Tautkan CDS mRNA dengan Tumpang tindih
p Tautkan CDS mRNA berdasarkan Produk
r Tetapkan kembali ID fitur
f Perbaiki ID fitur timbal balik yang hilang
c Hapus ID fitur

-P Opsi publikasi:
a Hapus Semua publikasi
s Hapus nomor seri
f Hapus Gambar, penomoran, dan nama
r Hapus Komentar
u Perbarui publikasi khusus PMID
# Ganti yang tidak dipublikasikan dengan PMID

-Q str Melaporkan:
c Jumlah catatan
r laporan ASN.1 BSEC
s ASN.1 SSEC laporan
n laporan NORM vs. SSEC
e Laporan PopPhyMutEco AutoDef
o Laporan yang tumpang tindih
l Perbedaan negara lintang-bujur
d Catat perbedaan SSEC
g Perbedaan SSEC GenBank
f asn2gb/asn2 perbedaan datar
h Perbedaan GenBank Seg-ke-delta
v Validator SSEC berbeda
m Modernisasi Gen/RNA/PCR
u Pencarian Pub yang tidak dipublikasikan
p Pencarian Pub yang Diterbitkan
j Laporan Jurnal Tidak Terindeks
x Pemindaian khusus

-R Pengambilan jarak jauh dari ID (basis data urutan NCBI)

-S str Filter perbedaan selektif (lewati huruf kapital)
SSEC
b BSEK
Seorang Penulis
p Publikasi
l Lokasi
rRNA
q Urutan pengurutan kualifikasi
g Genbank blok
k Paket CdRegion atau fitur bagian
m Pindahkan publikasi
o Tinggalkan duplikat publikasi Bioseq
d Garis definisi otomatis
e Pop/Phy/Mut/Eco Set garis definisi

-T Pencarian Taksonomi

-U str Modernisasi, per bendera di str:
g gen
rRNA
p PCR Primer

-V str Hapus fitur berdasarkan tingkat keparahan validator:
r Tolak
e Kesalahan
w Peringatan
saya Info

-X str Opsi lain-lain, per str:
d Garis definisi otomatis
e Pop/Phy/Mut/Eco Set garis definisi
n Buat judul NC
m Buat instance judul NM
x Judul XM Khusus
p Instansiasi judul Protein
c Buat mRNA untuk urutan pengkodean
f Perbaiki protein_id/transkrip_id timbal balik

-Z str Hapus objek Pengguna yang ditunjukkan

-a str jenis ASN.1
a Apa saja (bawaan)
e Seq-entri
b Bioseq
s Bioseq-set
m Seq-kirim
t Pemrosesan Batch [String]

-b Masukan ASN.1 adalah Biner

-c Masukan ASN.1 Terkompresi

-d str Basis data sumber
a Apa saja (bawaan)
g Bank Gen
e EMBL
d DDBJ
b EMBL atau DDBJ
r RefSeq
dan NCBI
v Hanya urutan tersegmentasi
w Kecualikan urutan tersegmentasi
x Kecualikan EMBL/DDBJ
y Kecualikan gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f str Filter substring

-i nama file
File input tunggal (default ke stdin)

-j nama file
Nama file pertama

-k nama file
Nama file terakhir

-m str Modus file datar:
r Rilis
dan Entrez
s payet
d Tempat pembuangan

-n path
asn2flat dapat dieksekusi (defaultnya adalah /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o nama file
File keluaran tunggal (default ke stdout)

-p path
Proses semua file yang cocok di path

-q path
ffdiff dapat dieksekusi (defaultnya adalah /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r path
Jalan menuju hasil

-v path
asnval dapat dieksekusi (defaultnya adalah /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext Akhiran pemilihan file untuk digunakan dengan -p (default ke .ent)

Gunakan cleanasn online menggunakan layanan onworks.net