Ini adalah clustalo perintah yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
clustalo - Program penyelarasan beberapa urutan tujuan umum untuk protein
RINGKASAN
kluster [-H]
DESKRIPSI
Clustal-Omega adalah program multiple sequence alignment (MSA) tujuan umum untuk protein.
Ini menghasilkan MSA berkualitas tinggi dan mampu menangani kumpulan data ratusan
ribuan urutan dalam waktu yang wajar.
Dalam mode default, pengguna memberikan file urutan untuk disejajarkan dan ini dikelompokkan ke
menghasilkan pohon panduan dan ini digunakan untuk memandu "penyelarasan progresif" dari urutan.
Ada juga fasilitas untuk menyelaraskan alinyemen yang ada satu sama lain, menjajarkan a
urutan ke penyelarasan dan untuk menggunakan model Markov tersembunyi (HMM) untuk membantu memandu dan
penyelarasan sekuens baru yang homolog dengan sekuens yang digunakan untuk membuat HMM.
Prosedur terakhir ini disebut sebagai "penyelarasan profil eksternal" atau EPA.
Clustal-Omega menggunakan HMM untuk mesin penyelarasan, berdasarkan paket HHalign dari
Johannes Soeding[1]. Pohon panduan dibuat menggunakan versi mBed yang disempurnakan [2] yang dapat
mengelompokkan sejumlah besar urutan dalam waktu O(N*log(N)). Beberapa penyelarasan kemudian
dilanjutkan dengan menyelaraskan keberpihakan yang lebih besar dan lebih besar menggunakan HHalign, mengikuti pengelompokan
diberikan oleh pohon pemandu.
Dalam bentuknya saat ini, Clustal-Omega hanya dapat menyelaraskan urutan protein tetapi tidak DNA/RNA
urutan. Diperkirakan bahwa DNA/RNA akan tersedia dalam versi yang akan datang.
PENGGUNAAN
Penggunaan alat tersedia di /usr/share/doc/clustero/README.
PENGEMBANGAN
Header dan library tersedia dalam paket libcclustalo-dev.
MENGUTI
Sievers F, Wilm A, Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H,
Remmert M, Soding J, Thompson JD, Higgins DG (2011). Generasi tinggi yang cepat dan terukur
keberpihakan beberapa urutan protein berkualitas
menggunakan Cluster Omega. Mol Syst Biol 7.
Gunakan clustalo online menggunakan layanan onworks.net
