cmtk-convertx - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

convertx - Mengkonversi antara format file gambar dan tipe data.

RINGKASAN

convertx [opsi] infile outfile

DESKRIPSI

Alat ini mengkonversi antara format file gambar dan tipe data piksel. Itu juga bisa berlaku
sederhana, operasi gambar tujuan umum dalam proses. Jumlah operasi yang berubah-ubah
dapat ditentukan pada baris perintah, yang akan diterapkan persis dalam urutan yang diberikan.

PILIHAN

Aksi Toolkit Opsi (ini adalah berbagi by semua CMTK peralatan)
--membantu
Tulis daftar opsi baris perintah dasar ke output standar.

--tolong-semua
Tulis daftar lengkap opsi baris perintah dasar dan lanjutan ke output standar.

--wiki
Tulis daftar opsi baris perintah ke keluaran standar di markup MediaWiki.

--pria
Tulis sumber halaman manual dalam markup 'nroff' ke keluaran standar.

--Versi: kapan
Tulis versi toolkit ke output standar.

--gema
Tulis baris perintah saat ini ke output standar.

--tingkat verbose
Tetapkan tingkat verbositas.

--bertele-tele, -v
Tingkatkan verbositas sebesar 1 (tidak digunakan lagi; didukung untuk kompatibilitas mundur).

--utas
Tetapkan jumlah maksimum utas paralel (untuk utas POSIX dan OpenMP).

Gambar/Transformasi Basis Data
--db
Jalur ke basis data gambar/transformasi yang harus diperbarui dengan yang baru dibuat
gambar. [Bawaan: TIDAK ADA]

Memasukkan Gambar Kontrol
--set-padding
Tetapkan nilai padding: semua piksel pada gambar input yang memiliki nilai ini akan diabaikan
dalam semua operasi selanjutnya.

--tidak disetel-padding
Nilai padding yang tidak disetel: untuk semua operasi selanjutnya, semua piksel akan diperlakukan
menurut nilai mereka.

--label
Tentukan bahwa nilai gambar akan diperlakukan sebagai label diskrit. Ini akan menghasilkan
dalam kode maksud yang sesuai untuk disetel dalam file keluaran dalam format NIfTI.

--Abu-abu
Tentukan bahwa nilai gambar akan diperlakukan sebagai tingkat keabuan berkelanjutan. Ini akan
mengatur ulang kode maksud dalam file yang dibaca dari format NIfTI.

Data Tipe Konversi
--arang
8 bit, bilangan bulat bertanda

--byte
8 bit, bilangan bulat tidak bertanda

--pendek
16 bit, bilangan bulat bertanda

--upendek
16 bit, bilangan bulat tidak bertanda

--int
32 bit bilangan bulat yang ditandatangani

--uint
32 bit unsigned integer

--mengambang
titik mengambang 32 bit

--dobel
titik mengambang 64 bit

Nilai Pemetaan
--nilai-peta
Terapkan fungsi pemetaan ke nilai piksel. Pemetaan didefinisikan sebagai
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' untuk memetakan nilai VAL0, VAL1, dll. ke nilai baru NEWVAL. Jika
NEWVAL tidak diberikan, nilai disetel ke padding.

--map-nilai-saja
Terapkan fungsi pemetaan ke nilai piksel dan ganti piksel yang tidak dipetakan dengan padding.
Beberapa aturan pemetaan tersebut dapat digabungkan sebagai RULE0+RULE1[+...]; semua
aturan gabungan akan diterapkan secara bersamaan. Pemetaan didefinisikan sebagai
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' untuk memetakan nilai VAL0, VAL1, dll. ke nilai baru NEWVAL. Jika
NEWVAL tidak diberikan, nilai disetel ke padding. Beberapa aturan pemetaan seperti itu dapat
digabungkan sebagai RULE0+RULE1[+...]; semua aturan gabungan akan diterapkan
secara bersamaan.

--ganti-padding
Ganti data piksel empuk dengan nilai yang diberikan.

--ganti-inf-nan
Ganti semua piksel tak terbatas dan bukan angka dengan nilai yang diberikan.

Gambar Membalik
--flip-x
Balik (cermin) sepanjang arah-x

--flip-y
Balik (cermin) sepanjang arah-y

--flip-z
Balik (cermin) sepanjang arah-z

Gambar Masking dan Ambang batas
--masker
Nama file topeng biner: hilangkan semua piksel gambar di mana topeng adalah 0. Piksel tertutup
TIDAK akan disetel ke nol, tetapi akan diganti dengan padding yang saat ini disetel
nilai. Gunakan '--set-padding 0' sebelum '--mask' untuk memaksa pengaturan ke nol.

--topeng-terbalik
Nama file topeng biner terbalik menghilangkan semua piksel gambar di mana topeng BUKAN 0. Lihat
juga catatan tentang padding di bawah '--mask' di atas.

--mengirik-bawah
Tetapkan semua nilai di bawah ambang batas ke nilai ambang batas.

--mengirik-di atas
Atur semua nilai di atas ambang batas ke nilai ambang batas.

--mengirik-bawah-ke-padding
Setel semua nilai di bawah ambang batas ke nilai padding.

--mengirik-di atas-ke-padding
Atur semua nilai di atas ambang batas ke nilai padding.

--binarisasi-mengirik
Setel semua nilai di bawah ambang batas ke 0, semua nilai sama atau di atas ke 1.

--otsu-mengirik
Binarisasi gambar ke 0/1 menggunakan ambang batas yang dihitung dengan metode Otsu. Argumen adalah angka
bin histogram untuk perhitungan ambang batas.

--otsu-mengirik-nbins
Binarisasi menggunakan metode Otsu dengan jumlah histogram bin yang ditentukan pengguna untuk
perhitungan ambang batas.

--pangkas-histogram
Gambar ambang batas dengan 'pemangkasan histogram intensitas', yaitu, untuk argumen yang diberikan n
[histogram bins] menentukan ambang sedemikian rupa sehingga fraksi ke-1/n dari tertinggi dan
voxel terendah di-threshold.

--prune-histogram-tinggi
Seperti '--prune-histograms', tetapi hanya menghilangkan intensitas tinggi.

--prune-histogram-rendah
Seperti '--prune-histograms', tetapi hanya menghapus intensitas rendah.

Intensitas Transformasi
--skala-ke-rentang
Skala intensitas gambar ke rentang 'dari: ke', misalnya, '0:255' sebelum konversi ke byte
Data.

--histogram-pemerataan
Terapkan pemerataan histogram.

--histogram-ekualisasi-nbins
Terapkan pemerataan histogram dengan jumlah tempat sampah.

--pertandingan-histogram
Ubah intensitas agar sesuai dengan distribusi pada gambar yang disediakan sebagai argumen
untuk perintah ini.

--cocok-berarti-sdev
Skala intensitas agar sesuai dengan rata-rata dan distribusi standar intensitas di
gambar yang disediakan sebagai argumen untuk perintah ini.

Secara morfologi Operasi
--kembali
Kembalikan topeng biner, yaitu, bertukar latar depan dan latar belakang.

--mengikis
Operator erosi morfologis (berdasarkan piksel)

--melebarkan
Operator dilatasi morfologis (berdasarkan piksel)

--mengikis-jarak
Operator erosi morfologis (berdasarkan jarak). Seringkali lebih disukai untuk data anisotropik.

--erode-jarak-multilabel
Operator erosi morfologi (berdasarkan jarak) untuk peta multi-label. Hasilnya akan
baik byte, unsigned short, atau unsigned int data, tergantung pada indeks dari
label terbesar yang digunakan dalam input.

--lebar-jarak
Operator dilatasi morfologis (berdasarkan jarak). Seringkali lebih disukai untuk anisotropik
Data.

--komponen-terhubung
Buat peta komponen yang terhubung dengan wilayah yang diberi nomor dengan mengurangi ukuran komponen

--batas-peta
Buat peta batas

--multi-batas-peta
Buat peta batas multi-nilai

--jarak-peta
Hitung peta jarak Euclidean yang tidak ditandatangani. Gambar input ditafsirkan sebagai topeng biner.

--tanda-jarak-peta
Hitung bertanda (di dalam=negatif, di luar=positif) Peta jarak Euclidean

Filter Operasi
--median-filter
Filter tengah. Operasi ini mengambil radius filter dalam piksel sebagai parameter. A
integer tunggal mendefinisikan radius kernel di ketiga dimensi. Tiga koma-
bilangan bulat terpisah mendefinisikan jari-jari terpisah untuk tiga dimensi.

--berarti-filter
Filter rata-rata regional. Operasi ini mengambil radius filter dalam piksel sebagai
parameter. Sebuah integer tunggal mendefinisikan radius kernel di ketiga dimensi. Tiga
bilangan bulat yang dipisahkan koma menentukan jari-jari terpisah untuk tiga dimensi.

--cepat-berarti-filter
Filter rata-rata regional (implementasi waktu linier yang cepat). Operasi ini mengambil
radius filter dalam piksel sebagai parameter. Sebuah integer tunggal mendefinisikan radius kernel
dalam semua tiga dimensi. Tiga bilangan bulat yang dipisahkan koma menentukan jari-jari terpisah untuk
tiga dimensi.

--varian-filter
Filter varians regional. Operasi ini mengambil radius filter dalam piksel sebagai
parameter. Sebuah integer tunggal mendefinisikan radius kernel di ketiga dimensi. Tiga
bilangan bulat yang dipisahkan koma menentukan jari-jari terpisah untuk tiga dimensi.

--filter-varians cepat
Filter varians regional yang cepat (linier-waktu). Operasi ini mengambil radius filter
dalam piksel sebagai parameter. Satu bilangan bulat mendefinisikan radius kernel di ketiganya
ukuran. Tiga bilangan bulat yang dipisahkan koma menentukan jari-jari terpisah untuk ketiganya
ukuran.

--filter momen ketiga
Filter momen ketiga regional. Operasi ini mengambil radius filter dalam piksel sebagai
parameter. Sebuah integer tunggal mendefinisikan radius kernel di ketiga dimensi. Tiga
bilangan bulat yang dipisahkan koma menentukan jari-jari terpisah untuk tiga dimensi.

--standar-deviasi-filter
Filter simpangan baku regional. Operasi ini mengambil radius filter dalam piksel
sebagai parameternya. Sebuah integer tunggal mendefinisikan radius kernel di ketiga dimensi.
Tiga bilangan bulat yang dipisahkan koma menentukan jari-jari terpisah untuk tiga dimensi.

--kehalusan-filter
Filter 'kelancaran' regional. Operasi ini mengambil radius filter dalam piksel sebagai
parameter. Sebuah integer tunggal mendefinisikan radius kernel di ketiga dimensi. Tiga
bilangan bulat yang dipisahkan koma menentukan jari-jari terpisah untuk tiga dimensi.

--gaussian-filter-sigma
Filter gambar dengan kernel Gaussian. Operasi ini membutuhkan satu nilai nyata
parameter, yang menentukan sigma koefisien kernel dalam satuan dunia [misalnya, mm] sebagai
parameternya.

--gaussian-filter-fwhm
Filter gambar dengan kernel Gaussian. Operasi ini membutuhkan satu nilai nyata
parameter, yang menentukan lebar penuh kernel pada setengah maksimum di unit dunia
[misalnya, mm].

--laplace-filter
Filter gambar dengan kernel Laplacian yang meningkatkan tepi.

kisi Operasi
--downsample-pilih
Downsample gambar dengan pemilihan piksel menggunakan faktor per-sumbu 'Fx, Fy, Fz' atau menggunakan tunggal
faktor 'Fxyz'

--downsample-rata-rata
Downsample gambar dengan rata-rata menggunakan faktor per sumbu 'Fx, Fy, Fz' atau menggunakan single
faktor 'Fxyz'

--contoh
Sampel ulang gambar ke piksel mendekati isotropik sambil mempertahankan bidang pandang gambar.
Mengambil satu argumen, resolusi target dalam satuan dunia [misalnya, mm]

--contoh-persis
Sampel ulang gambar ke piksel isotropik persis dari resolusi yang diberikan sambil mencocokkan
bidang pandang gambar sedekat mungkin. Mengambil satu argumen, resolusi target
dalam satuan dunia [misalnya, mm]

--pangkas demi indeks
Pangkas gambar ke wilayah yang ditentukan oleh satu set enam koordinat indeks kisi yang diberikan sebagai
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--pangkas demi ambang
Pangkas gambar ke wilayah yang ditentukan melalui ambang batas yang diberikan. Gambar yang dihasilkan akan
berisi semua piksel yang lebih besar dari parameter yang diberikan.

--pangkas-demi-ambang batas-wilayah tulis
Pangkas gambar ke wilayah yang ditentukan melalui ambang batas yang diberikan dan tulis wilayah pemangkasan ke
keluaran standar.

--pangkas-demi-ambang batas-tulis-xform
Pangkas gambar ke wilayah yang ditentukan melalui ambang yang diberikan dan tanam tulis
transformasi ke keluaran standar.

PENULIS

Torsten Rohlfing, dengan kontribusi dari Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff, dan Yaroslav Halchenko

Gunakan cmtk-convertx online menggunakan layanan onworks.net