codonw - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

codonw - Analisis Korespondensi Penggunaan Kodon

DESKRIPSI

codonW [inputfile] [outputfile] [bulkoutfile] [options] Opsi umum dan default:

-h(bantuan)
Pesan bantuan ini

-nomenu
Cegah antarmuka menu ditampilkan

-peringatan
Cegah peringatan tentang urutan yang ditampilkan

-diam
Timpa file secara diam-diam

-total
Gabungkan semua gen dalam file input

-mesin
Output yang dapat dibaca mesin

-manusia Output yang dapat dibaca manusia

-kode N
Kode genetik seperti yang didefinisikan di bawah menu 3 opsi 5

-f_type N
Kodon Fop/CBI seperti yang didefinisikan oleh menu 3 opsi 6

-c_type N
Nilai kebugaran Cai seperti yang didefinisikan oleh menu 3 opsi 7

-t (arang)
Pemisah kolom yang akan digunakan dalam file keluaran (koma, tab, spasi)

Indeks penggunaan kodon dan indeks asam amino

-cai menghitung Indeks Adaptasi Kodon (CAI)

-pesolek menghitung Frekuensi OPtimal codons index (FOP)

-cbi menghitung Codon Bias Index (CBI)

-enc Jumlah Kodon Efektif (ENc)

-gc Kandungan gen G+C (semua 3 posisi kodon)

-gcs3 GC dari kodon sinonim posisi ke-3

-sil_base
Komposisi basa pada posisi kodon ketiga yang sinonim

-L_sim Jumlah kodon sinonim

-L_aa Jumlah total kodon sinonim dan non-sinonim

-semua_indeks
Semua indeks di atas

-aro Hitung aromatisitas protein

-hid Hitung hidropatisitas protein

-cai_file
{file} File masukan pengguna dari nilai CAI

-cbi_file
{file} File input pengguna dari nilai CBI

-fop_file
{file} File input pengguna dari nilai Fop

Opsi analisis korespondensi (COA)

-coa_cu
COA frekuensi penggunaan kodon

-coa_rscu
COA Penggunaan Kodon Sinonim Relatif

-coa_aa
COA frekuensi penggunaan asam amino

-coa_ahli
Hasilkan statistik terperinci (ahli) tentang COA

-coa_axes N
Pilih jumlah sumbu yang akan direkam

-coa_num N
Pilih jumlah gen yang akan digunakan untuk mengidentifikasi nilai kodon yang optimal dapat berupa keseluruhan
angka atau persentase (5 atau 10%)

Opsi keluaran massal | hanya satu yang dapat dipilih per analisis

-aau Penggunaan Asam Amino (AAU)

-raau Penggunaan Asam Amino Relatif (RAAU)

-dengan Penggunaan Kodon (CU) (default)

-kutab Tabulasi penggunaan kodon

-cutot Tabulasi penggunaan kodon dataset

-rscu Penggunaan Kodon Sinonim Relatif (RSCU)

-cepat format cepat

-rapi format cepat

-pembaca
Format pembaca (kodon dipisahkan oleh spasi)

-terjemahkan
Terjemahan konseptual DNA menjadi asam amino

-mendasarkan Laporan rinci komposisi kodon G+C

-dinuc Penggunaan dinukleotida dari tiga pos kodon.

-bangsawan Tidak ada output massal untuk ditulis ke file

Di mana {file} mewakili nama file input, dan N nilai integer Keluar terkendali <>

Gunakan codonw online menggunakan layanan onworks.net