combineMUMs - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

mummer - paket untuk penyelarasan urutan beberapa genom

RINGKASAN

anotasi-mummer
gabungkan MUM
dnadiff [pilihan]atau [opsi]-d<deltaberkas>
tepat-tandem
kesenjangan
tampilan peta [pilihan]<koordberkas>[UTRkoordinat][CDSkoordinat]
mgaps [-D][-F][-l][-S]
pemain sandiwara bisu [Pilihan]
petak umpet [pilihan]<cocokberkas>
angka [pilihan]
numer2xfig
promer [pilihan]
pertandingan ulang [pilihan]
lari-mummer1 <cepatreferensi><cepatpermintaan>[-R]
lari-mummer3 <cepatreferensi><multi-cepatpermintaan>
tampilkan selaras [pilihan]<refID><qryID>

Input adalah output .delta dari program "nucmer" atau "promer" yang diteruskan ke
garis komando.

Outputnya adalah stdout, dan terdiri dari semua penyelarasan antara kueri dan referensi
urutan diidentifikasi pada baris perintah.

CATATAN: Tidak ada penyortiran yang dilakukan secara default, oleh karena itu penjajaran akan diurutkan seperti yang ditemukan di
NS memasukkan.
acara-koordinat [pilihan]
pertunjukan-snps [pilihan]
ubin pertunjukan [pilihan]

DESKRIPSI

PILIHAN

Semua alat (kecuali untuk celah) mematuhi opsi -h, --help, -V dan --version seperti yang akan dilakukan
mengharapkan. Bantuan ini sangat bagus dan membuat halaman manual ini pada dasarnya menjadi usang.
gabungkan MUM Menggabungkan MUM di dengan memperpanjang pertandingan dari ujung dan antara MUM.
adalah file fasta dari urutan referensi. adalah multi-
file fasta dari urutan yang cocok dengan referensi

-D Hanya keluaran untuk melihat perbedaan posisi
dan karakter
-n Izinkan kecocokan hanya antara nukleotida, yaitu, ACGTs
-N jumlah Break pertandingan di atau lebih non-ACGT berturut-turut
-q tag Digunakan untuk melabeli kecocokan kueri
-r tag Digunakan untuk menandai kecocokan referensi
-S Keluarkan semua perbedaan dalam string
-t Label kueri cocok dengan header fasta kueri
-v num Atur level verbose untuk output ekstra
-W file Setel ulang nama file keluaran default witherrors.gaps
-x Jangan keluarkan file .cover
-e Setel cutoff tingkat kesalahan ke e (misalnya 0.02 adalah dua persen)
dnadiff Jalankan analisis komparatif dari dua set urutan menggunakan nucmer dan yang terkait
utilitas dengan parameter yang direkomendasikan. Lihat dokumentasi MUMmer untuk lebih detail
deskripsi keluaran. Menghasilkan file output berikut:

.report - Ringkasan keberpihakan, perbedaan, dan SNP
.delta - Output penyelarasan nucmer standar
.1delta - penyelarasan 1-ke-1 dari delta-filter -1
.mdelta - keselarasan M-ke-M dari delta-filter -m
.1coords - koordinat 1-ke-1 dari show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - Koordinat M-ke-M dari show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNP dari show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - Breakpoint ref rahasia dari show-diff -rH .mdelta
.qdiff - Breakpoint qry rahasia dari show-diff -qH .mdelta
.unref - ID dan panjang referensi yang tidak selaras (jika ada)
.unqry - ID dan panjang kueri tidak selaras (jika ada)

WAJIB:
referensi Atur referensi input nama file multi-FASTA
query Setel nama file multi-FASTA kueri input
or
delta file Unfiltered .delta alignment file dari nucmer

PILIHAN:
-d|delta Menyediakan file delta yang telah dihitung sebelumnya untuk analisis
-h
--help Menampilkan informasi bantuan dan keluar
-p|prefix Mengatur awalan dari file output (default "out")
-V
--version Menampilkan informasi versi dan keluar

tampilan peta
-h
--help Menampilkan informasi bantuan dan keluar
-m|mag Atur perbesaran di mana gambar tersebut ditampilkan,
ini adalah opsi untuk fig2dev yang digunakan untuk menghasilkan
file PDF dan PS (default 1.0)
-n|num Setel jumlah file keluaran yang digunakan untuk mempartisi
output, ini untuk menghindari menghasilkan file yang terlalu
besar untuk ditampilkan (default 10)
-p|prefix Mengatur awalan file output
(default "PROMER_graph atau NUCMER_graph")
-v
--verbose Verbose logging dari file yang diproses
-V
--version Menampilkan informasi versi dan keluar
-x1 coord Atur batas koordinat bawah layar
-x2 coord Atur batas koordinat atas tampilan
-g|ref Jika file input disediakan oleh 'mgaps', atur
ID urutan referensi (seperti yang muncul di kolom pertama
dari file koordinat UTR/CDS)
-Saya Menampilkan nama urutan kueri
-Ir Menampilkan nama gen referensi
pemain sandiwara bisu Temukan dan hasilkan (untuk stdout) posisi dan panjang semua cukup panjang
kecocokan maksimal dari substring di dan

-mum menghitung kecocokan maksimal yang unik di kedua urutan
-mumcand sama dengan -mumreference
-mumreference menghitung kecocokan maksimal yang unik di
urutan referensi tetapi tidak harus dalam urutan kueri
(Default)
-maxmatch menghitung semua kecocokan maksimal terlepas dari keunikannya
-n hanya cocok dengan karakter a, c, g, atau t
mereka bisa dalam huruf besar atau kecil
-l mengatur panjang minimum pertandingan
jika tidak disetel, nilai defaultnya adalah 20
-b menghitung kecocokan komplemen maju dan mundur
-r hanya menghitung kecocokan komplemen terbalik
-s menunjukkan substring yang cocok
-c melaporkan posisi kueri dari kecocokan pelengkap terbalik
relatif terhadap urutan kueri asli
-F memaksa format output 4 kolom terlepas dari jumlah
input urutan referensi
-L menunjukkan panjang urutan kueri pada baris header
nuncmer
nucmer menghasilkan penyelarasan nukleotida antara dua input mutli-FASTA
file. Dua file output dihasilkan. Daftar file keluaran .cluster
kelompok kecocokan antara setiap urutan. File .delta mencantumkan:
jarak antara penyisipan dan penghapusan yang menghasilkan skor maksimal
keselarasan antara setiap urutan.

WAJIB:
Referensi Atur referensi input nama file multi-FASTA
Kueri Setel nama file multi-FASTA kueri input

--mum Gunakan kecocokan jangkar yang unik di kedua referensi
dan pertanyaan
--mumcand Sama seperti --mumreference
--mumreference Gunakan kecocokan jangkar yang unik di dalam referensi
tetapi belum tentu unik dalam kueri (perilaku default)
--maxmatch Gunakan semua kecocokan jangkar terlepas dari keunikannya

-b|breaklen Atur jarak yang akan dicoba oleh ekstensi penyelarasan
perpanjang wilayah dengan skor buruk sebelum menyerah (default 200)
-c|mincluster Menyetel panjang minimum sekelompok kecocokan (default 65)
--[no]delta Beralih pembuatan file delta (default --delta)
--depend Cetak informasi ketergantungan dan keluar
-d|diagfactor Atur faktor pemisahan perbedaan diagonal pengelompokan
(bawaan 0.12)
--[no]extend Beralih langkah ekstensi cluster (default --extend)
-f
--forward Gunakan hanya untaian maju dari urutan Kueri
-g|maxgap Atur jarak maksimum antara dua kecocokan yang berdekatan di a
klaster (default 90)
-h
--help Menampilkan informasi bantuan dan keluar
-l|minmatch Mengatur panjang minimum satu pertandingan (default 20)
-o
--coords Secara otomatis menghasilkan coords NUCmer1.1 asli
file output menggunakan program 'show-coords'
--[no]optimize Beralih pengoptimalan skor penyelarasan, yaitu jika penyelarasan
ekstensi mencapai akhir urutan, itu akan mundur
untuk mengoptimalkan skor penyelarasan alih-alih menghentikan
keselarasan di akhir urutan (default --optimize)
-p|prefix Mengatur awalan dari file output (default "out")
-r
--reverse Gunakan hanya komplemen terbalik dari urutan Query
--[no]simplify Sederhanakan perataan dengan menghapus kluster berbayang. Berbelok
opsi ini mati jika menyelaraskan urutan ke dirinya sendiri agar terlihat
untuk pengulangan (default --simplify)

promer
promer menghasilkan keberpihakan asam amino antara dua input DNA mutli-FASTA
file. Dua file output dihasilkan. Daftar file keluaran .cluster
kelompok kecocokan antara setiap urutan. File .delta mencantumkan:
jarak antara penyisipan dan penghapusan yang menghasilkan skor maksimal
keselarasan antara setiap urutan. Masukan DNA diterjemahkan ke dalam semua 6
membaca bingkai untuk menghasilkan output, tetapi koordinat output
referensi input DNA asli.

WAJIB:
Referensi Mengatur referensi input file DNA multi-FASTA
Kueri Atur kueri input file DNA multi-FASTA

--mum Gunakan kecocokan jangkar yang unik di kedua referensi
dan pertanyaan
--mumcand Sama seperti --mumreference
--mumreference Gunakan kecocokan jangkar yang unik di dalam referensi
tetapi belum tentu unik dalam kueri (perilaku default)
--maxmatch Gunakan semua kecocokan jangkar terlepas dari keunikannya

-b|breaklen Atur jarak yang akan dicoba oleh ekstensi penyelarasan
memperluas wilayah penilaian buruk sebelum menyerah, diukur dalam
asam amino (default 60)
-c|mincluster Menyetel panjang minimum sekelompok kecocokan, diukur dalam
asam amino (default 20)
--[no]delta Beralih pembuatan file delta (default --delta)
--depend Cetak informasi ketergantungan dan keluar
-d|diagfactor Atur faktor pemisahan perbedaan diagonal pengelompokan
(bawaan 11)
--[no]extend Beralih langkah ekstensi cluster (default --extend)
-g|maxgap Atur jarak maksimum antara dua kecocokan yang berdekatan di a
cluster, diukur dalam asam amino (default 30)
-l|minmatch Atur panjang minimum satu pertandingan, diukur dalam amino
asam (default 6)
-m|masklen Mengatur panjang masking bookend maksimum, diukur dalam amino
asam (default 8)
-o
--coords Secara otomatis menghasilkan PROmer1.1 ".coords" asli
file output menggunakan program "show-coords"
--[no]optimize Beralih pengoptimalan skor penyelarasan, yaitu jika penyelarasan
ekstensi mencapai akhir urutan, itu akan mundur
untuk mengoptimalkan skor penyelarasan alih-alih menghentikan
keselarasan di akhir urutan (default --optimize)

-p|prefix Mengatur awalan dari file output (default "out")
-x|matriks Atur nomor matriks pelurusan menjadi 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] atau 3 [BLOSUM 80] (default 2)
pertandingan ulang Temukan semua kecocokan tepat maksimal di
-E Gunakan pencarian lengkap (lambat) untuk menemukan kecocokan
-f Forward strand saja, jangan gunakan komplemen terbalik
-n # Tetapkan panjang pencocokan persis minimum ke #
-t Hanya pengulangan tandem keluaran
-V # Atur tingkat pencetakan verbose (debugging) ke #
tampilkan selaras
-h Menampilkan informasi bantuan
-q Urutkan perataan berdasarkan koordinat awal kueri
-r Urutkan keberpihakan berdasarkan koordinat awal referensi
-w int Atur lebar layar - default adalah 60
-x int Atur tipe matriks - defaultnya adalah 2 (BLOSUM 62),
pilihan lainnya termasuk 1 (BLOSUM 45) dan 3 (BLOSUM 80)
catatan: hanya berpengaruh pada keberpihakan asam amino
acara-koordinat
-b Menggabungkan keberpihakan yang tumpang tindih terlepas dari dir kecocokan
atau bingkai dan tidak menampilkan informasi identitas apa pun.
-B Beralih output ke format btab
-c Sertakan informasi cakupan persen dalam output
-d Menampilkan arah pelurusan di tambahan
Kolom FRM (default untuk promer)
-g Opsi yang tidak digunakan lagi. Silakan gunakan 'delta-filter' sebagai gantinya
-h Menampilkan informasi bantuan
-H Jangan cetak header keluaran
-I float Setel identitas persen minimum untuk ditampilkan
-k Knockout (jangan tampilkan) perataan yang tumpang tindih
keselarasan lain dalam bingkai yang berbeda lebih dari 50%
dari panjangnya, DAN memiliki persentase kesamaan yang lebih kecil
atau kurang dari 75% dari ukuran keselarasan lainnya
(hanya promer)
-l Sertakan informasi panjang urutan dalam output
-L panjang Setel panjang penyelarasan minimum untuk ditampilkan
-o Anotasi keberpihakan maksimal antara dua urutan, yaitu
tumpang tindih antara referensi dan urutan kueri
-q Urutkan garis keluaran berdasarkan ID kueri dan koordinat
-r Urutkan jalur keluaran berdasarkan ID referensi dan koordinat
-T Beralih output ke format tab-delimited

Input adalah output .delta dari program "nucmer" atau "promer" yang diteruskan ke
garis komando.

Outputnya adalah stdout, dan terdiri dari daftar koordinat, persen identitas, dan lainnya
informasi yang berguna mengenai data penyelarasan yang terdapat dalam file .delta yang digunakan sebagai
memasukkan.

CATATAN: Tidak ada penyortiran yang dilakukan secara default, oleh karena itu perataan akan diurutkan seperti yang ditemukan
dalam memasukkan.
pertunjukan-snps
-C Jangan laporkan SNP dari keberpihakan dengan ambigu
pemetaan, yaitu hanya melaporkan SNP di mana [R] dan [Q]
kolom sama dengan 0 dan jangan menampilkan kolom ini
-h Menampilkan informasi bantuan
-H Jangan cetak header keluaran
-Saya Tidak melaporkan indel
-l Sertakan informasi panjang urutan dalam output
-q Urutkan jalur keluaran berdasarkan ID kueri dan posisi SNP
-r Urutkan jalur keluaran berdasarkan ID referensi dan posisi SNP
-S Tentukan keberpihakan mana yang akan dilaporkan dengan melewati
baris 'tampilkan-koord' ke stdin
-T Beralih ke format yang dibatasi tab
-x int Sertakan x karakter dari konteks SNP di sekitarnya dalam
keluaran, default 0

Input adalah output .delta dari program nucmer atau promer yang diteruskan pada perintah
line.

Outputnya adalah stdout, dan terdiri dari daftar SNP (atau substitusi asam amino untuk
promer) dengan posisi dan info berguna lainnya. Output akan diurutkan dengan -r secara default
dan kolom [BUFF] akan selalu mengacu pada urutan yang posisinya telah diurutkan.
Nilai ini menentukan jarak dari SNP ini ke ketidakcocokan terdekat (akhir penjajaran,
indel, SNP, dll) dalam kesejajaran yang sama, sedangkan kolom [DIST] menentukan jarak
dari SNP ini ke akhir urutan terdekat. SNP dengan kolom [R] dan [Q] adalah
lebih besar dari 0 harus dievaluasi dengan hati-hati, karena kolom ini menentukan jumlah
keberpihakan lain yang tumpang tindih dengan posisi ini. Gunakan -C untuk memastikan SNP hanya dilaporkan dari
daerah penyelarasan yang unik.

ubin pertunjukan
-a Jelaskan jalur ubin dengan mencetak tab-delimited
menyelaraskan koordinat wilayah ke stdout
-c Asumsikan urutan referensi melingkar, dan memungkinkan
contigs ubin untuk menjangkau asal
-g int Setel celah maksimum antara perataan berkerumun [-1, INT_MAX]
Nilai -1 akan mewakili tak terhingga
(default nucmer = 1000)
(standar promer = -1)
-i float Setel identitas persen minimum ke ubin [0.0, 100.0]
(default nucmer = 90.0)
(standar promer = 55.0)
-l int Setel contig panjang minimum untuk melaporkan [-1, INT_MAX]
Nilai -1 akan mewakili tak terhingga
(standar umum = 1)
-p file Keluarkan molekul semu dari kueri yang ditambahkan ke 'file'
-R Menangani contig berulang dengan menempatkannya secara acak
di salah satu lokasi salinannya (menyiratkan -V 0)
-t file Keluarkan daftar contig gaya TIGR dari setiap urutan kueri
yang cukup sesuai dengan referensi (tidak melingkar)
-u file Keluarkan koordinat wilayah penyelarasan yang dibatasi tab
dari contig yang tidak dapat digunakan ke 'file'
-v float Setel cakupan contig minimum ke ubin [0.0, 100.0]
(nukmer default = 95.0) jumlah keberpihakan individu
(default promer = 50.0) sejauh mana wilayah syntenic
-V float Atur perbedaan cakupan contig minimum [0.0, 100.0]
yaitu perbedaan yang diperlukan untuk menentukan satu keselarasan
adalah 'lebih baik' daripada keselarasan lainnya
(nukmer default = 10.0) jumlah keberpihakan individu
(default promer = 30.0) sejauh mana wilayah syntenic
-x Jelaskan jalur ubin dengan mencetak contig XML
menghubungkan informasi ke stdout

Input adalah output .delta dari program nucmer, dijalankan pada data urutan yang sangat mirip, atau
output .delta dari program promer, dijalankan pada data urutan yang berbeda.

Outputnya adalah ke stdout, dan terdiri dari lokasi yang diprediksi dari setiap kueri penyelarasan
contig seperti yang dipetakan ke urutan referensi. Koordinat-koordinat ini merujuk pada tingkat
seluruh contig kueri, bahkan ketika hanya persentase tertentu dari contig yang sebenarnya
selaras (kecuali opsi -a digunakan). Kolomnya adalah, mulai di ref, akhiri di ref, jarak ke
contig berikutnya, panjang contig ini, cakupan keselarasan, identitas, orientasi, dan ID
masing.

Gunakan combineMUM online menggunakan layanan onworks.net