Ini adalah perintah create_matrix yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
create_matrix - hitung matriks kesamaan kelimpahan genom
RINGKASAN
buat_matriks [Pilihan] NAMA
DESKRIPSI
Hitung matriks kesamaan.
Pertama, satu set pembacaan disimulasikan untuk setiap genom referensi menggunakan simulator baca dari
core/tools.py ditentukan melalui -s. Kedua, pembacaan simulasi setiap spesies dipetakan
terhadap semua genom referensi menggunakan mapper yang ditentukan dengan -m. Ketiga, hasil
File SAM dianalisis untuk menghitung matriks kesamaan. Matriks kesamaan disimpan
sebagai file numpy (-o).
PILIHAN
NAMA Nama file dari nama file; file nama teks biasa harus berisi satu nama per
garis. Nama tersebut digunakan sebagai pengidentifikasi dalam keseluruhan algoritma.
-h, --membantu
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar
-s SIMULATOR, --simulator=SIMULATOR
Pengidentifikasi simulator baca yang ditentukan dalam core/tools.py [default: none]
-r REF, --referensi=REF
Pola file urutan referensi untuk simulator baca. Placeholder untuk namanya adalah
"%S". [default: ./ref/%s.fasta]
-m PEMBUAT, --pemeta=PETA
Pengenal mapper yang ditentukan dalam core/tools.py [default: none]
-i INDEKS, --indeks=INDEKS
Referensi file indeks untuk read mapper. Placeholder untuk namanya adalah "%s".
[bawaan: ./ref/%s.fasta]
-t SUHU, --temp=TEMP
Direktori untuk menyimpan set data simulasi sementara dan file SAM. [default: ./temp]
-o KELUAR, --keluaran=OUT
Keluaran file matriks kesamaan. [default: ./similarity_matrix.npy]
Gunakan create_matrix online menggunakan layanan onworks.net
