disulfinder - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

disulfinder - keadaan ikatan sistein disulfida dan prediktor konektivitas

RINGKASAN

disulfinder [OPSI]

DESKRIPSI

'disulfinder' adalah untuk memprediksi keadaan ikatan disulfida dari sistein dan mereka
konektivitas disulfida mulai dari urutan saja. Jembatan disulfida memainkan peran utama
dalam stabilisasi proses pelipatan untuk beberapa protein. Prediksi disulfida
jembatan dari urutan saja karena itu berguna untuk studi struktural dan fungsional
sifat protein tertentu. Selain itu, pengetahuan tentang keadaan ikatan disulfida
sistein dapat membantu proses penentuan struktur eksperimental dan mungkin berguna
dalam tugas anotasi genomik lainnya. 'disulfinder' memprediksi pola disulfida dalam dua
tahap komputasi: (1) keadaan ikatan disulfida setiap sistein diprediksi oleh a
Pengklasifikasi biner BRNN-SVM; (2) sistein yang diketahui berpartisipasi dalam formasi
jembatan dipasangkan oleh Jaringan Syaraf Tiruan Rekursif untuk mendapatkan pola konektivitas.

REFERENSI

A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo dan P. Frasconi. DISULFIND: Keadaan Ikatan Disulfida
dan Server Prediksi Konektivitas Sistein, Penelitian Asam Nukleat, 34 (Server Web
masalah):W177-W181, 2006.

Untuk prediktor konektivitas disulfida, lihat:

A. Vullo dan P. Frasconi. Prediksi Konektivitas Disulfida Menggunakan Rekursif Neural
Jaringan dan Informasi Evolusi, Bioinformatika, 20, 653-659, 2004.

Untuk prediktor keadaan ikatan sistein lihat:

P. Frasconi, A. Passerini, dan A. Vullo. Arsitektur SVM Dua Tahap untuk Memprediksi
Keadaan Ikatan Disulfida dari Sistein, Proc. Lokakarya IEEE tentang Jaringan Saraf untuk Sinyal
Pengolahan, pp.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini dan A.Vullo. Memprediksi Keadaan Ikatan Disulfida
Sistein dengan Kombinasi Mesin Kernel, Jurnal Pemrosesan Sinyal VLSI, 35,
287-295, 2003.

PILIHAN

-a, --alternatif=NOMOR
pola konektivitas alternatif (default=3)

-o, --keluaran=DIR
keluaran dir tempat prediksi akan disimpan (default=$PWD)

-p, --psi2=FILE|DIR
masukan dalam format psi2 (Matriks PSI-BLAST dalam ASCII), baik file tunggal atau
direktori(?). Hasilkan ini dengan "blastpgp -j -Q FILE" di mana N >= 2.

-r, --rootdir=DIR
direktori kerja (default=~/disulfida)

-k, --pkgdatadir=DIR
direktori paket data yang berisi Model (default=/usr/share/disulfinder)

-F, --format={html|ascii}
jenis format keluaran (default=ascii)

-d --blastdb=DIR
opsi blastpgp -d (default=/data/sp+trembl)

-c, --pembersihanpred
bersihkan file prediksi perantara (default=false)

-P, --usepssm
gunakan pssm alih-alih menghitung profil (default=false)

-C, --keadaan ikatan diketahui
asumsikan status ikatan diketahui (satu file untuk setiap rantai dalam direktori
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (default=false)

-v, --versi
versi disulfinder

-?, --Tolong
layar bantuan

CONTOH

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

Gunakan disulfinder online menggunakan layanan onworks.net