ecoPCR - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

ecoPCR - mencari urutan dan taksonomi hibridisasi dengan primer yang diberikan

RINGKASAN

ecoPCR [pilihan] <nukleotidik pola>

DESKRIPSI

ecoPCR adalah perangkat lunak PCR elektronik yang dikembangkan oleh LECA dan Helix-Project. Ini membantu untuk
memperkirakan kualitas primer Barcode.

PILIHAN

-a : Konsentrasi garam dalam M untuk perhitungan Tm (default 0.05 M)

-c : Pertimbangkan bahwa urutan database adalah [c]ircular

-d : [D]atabase : agar sesuai dengan format yang diharapkan, database
harus diformat terlebih dahulu oleh ecoPCRFormat(1) program. ecoPCRFormat(1) menciptakan
tiga jenis file:

.sdx : berisi urutan

.tdx : berisi informasi tentang taksonomi

.rdx : berisi peringkat taksonomi

ecoPCR membutuhkan semua jenis file. Akibatnya, Anda harus menulis basis data radikal
tanpa ekstensi apapun. Sebagai contoh /ecoPCRDB/gbmam

-D : Menyimpan jumlah nukleotida yang ditentukan di setiap sisi in silico
urutan yang diperkuat (termasuk fragmen DNA yang diperkuat ditambah dua target
urutan primer).

-e : [E]rror : kesalahan maksimum yang diizinkan oleh oligonukleotida (0 secara default)

-h : [H]bantuan - cetak Tolong

-i : [Saya] mengabaikan id taksonomi yang diberikan.
Id taksonomi tersedia menggunakan program ecofind. lihat bantuannya mengetik ecofind
-h for more information.

-k : [K] mode kerajaan : mengatur mode kerajaan
mode kerajaan super secara default.

-l : minimum [L]ength : menentukan panjang amplikasi minimum.

-L : maksimum [L]ength : menentukan panjang amplikasi maksimum.

-m : Metode koreksi garam untuk perhitungan Tm (SANTALUCIA : 1
atau OWCZARZY:2, default=1)

-r : [R]membatasi pencarian ke id taksonomi yang diberikan.
Id taksonomi tersedia menggunakan program ecofind. lihat bantuannya mengetik ecofind
-h for more information.

argumen pertama : oligonukleotida untuk untai langsung

argumen kedua : oligonukleotida untuk untai terbalik

Deskripsi hasil tabel :

kolom 1 : nomor aksesi

kolom 2: panjang urutan

kolom 3: id taksonomi

kolom 4 : peringkat

kolom 5: id taksonomi spesies

kolom 6: nama ilmiah

kolom 7: id taksonomi genus

kolom 8 : nama genus

kolom 9 : id taksonomi keluarga

kolom 10 : nama keluarga

kolom 11: id taksonomi super kingdom

kolom 12 : nama kerajaan super

kolom 13 : untai (langsung atau mundur)

kolom 14 : oligonukleotida pertama

kolom 15 : jumlah kesalahan untuk untai pertama

kolom 16 : Tm untuk hibridisasi primer 1 di situs ini

kolom 17 : oligonukleotida kedua

kolom 18 : jumlah kesalahan untuk untai kedua

kolom 19 : Tm untuk hibridisasi primer 1 di situs ini

kolom 20 : panjang amplifikasi

kolom 21 : urutan

kolom 22 : definisi

Gunakan ecoPCR online menggunakan layanan onworks.net