fiturPenghitungan - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

featureCounts - program peringkasan membaca yang sangat efisien dan akurat

PENGGUNAAN

fiturJumlah [pilihan] -a -o input_file1 [input_file2]
...

Argumen yang diperlukan:

-a
Nama file anotasi. Format GTF secara default. Lihat -F pilihan untuk lebih banyak format.

-o
Nama file output termasuk jumlah baca. File terpisah termasuk ringkasan
statistik hasil penghitungan juga disertakan dalam output (` .Ringkasan')

masukan_file
Daftar file input dalam format BAM atau SAM. Pengguna tidak perlu menentukan itu BAM atau
DUDUK.

Argumen opsional:

-A
Nama file yang dipisahkan koma termasuk nama alias kromosom yang digunakan untuk mencocokkan
nama kromosom yang digunakan dalam anotasi dengan yang digunakan dalam input BAM/SAM, jika
berbeda. Lihat Panduan Pengguna untuk format file.

-F
Tentukan format file anotasi yang disediakan. Format yang dapat diterima termasuk `GTF' dan
`SAF'. `GTF' secara default. Lihat Panduan Pengguna untuk deskripsi format SAF.

-t
Tentukan jenis fitur dalam anotasi GTF. `ekson' secara default. Fitur yang digunakan untuk membaca
penghitungan akan diekstraksi dari anotasi menggunakan nilai yang disediakan.

-g
Tentukan jenis atribut dalam anotasi GTF. `gen_id' secara default. Meta-fitur yang digunakan
untuk penghitungan baca akan diekstraksi dari anotasi menggunakan nilai yang disediakan.

-f Lakukan penghitungan baca di tingkat fitur (mis. menghitung bacaan untuk ekson daripada
gen).

-O Tetapkan bacaan untuk semua fitur meta yang tumpang tindih (atau fitur jika -f is
ditentukan).

-s
Lakukan penghitungan baca khusus untai. Nilai yang mungkin: 0 (tidak terdampar), 1
(terdampar) dan 2 (terdampar terbalik). 0 secara default.

-M Pembacaan multi-pemetaan juga akan dihitung. Untuk pembacaan multimapping, semua dilaporkan
keselarasan akan dihitung. Tag `NH' dalam input BAM/SAM digunakan untuk mendeteksi
pembacaan multi-pemetaan.

-Q
Skor kualitas pemetaan minimum yang harus dipenuhi oleh pembacaan agar dapat dihitung. Untuk
pembacaan berpasangan, setidaknya satu ujung harus memenuhi kriteria ini. 0 secara default.

-T
Jumlah benang. 1 secara default.

-v Versi keluaran program.

-J Hitung jumlah pembacaan yang mendukung setiap sambungan ekson-ekson. Persimpangan adalah
diidentifikasi dari pembacaan ekson-spanning di input (berisi 'N' di CIGAR
rangkaian). Hasil penghitungan disimpan ke file bernama ' .jcounts'

-G
File Fasta yang berisi genom referensi yang digunakan dalam menghasilkan input SAM atau
file BAM. Argumen ini hanya diperlukan saat melakukan penghitungan persimpangan.

-R Keluarkan hasil tugas terperinci untuk setiap bacaan. File teks akan dibuat untuk
setiap file input, termasuk nama bacaan dan meta-fitur/fitur yang dibaca adalah
ditugaskan untuk. Lihat Panduan Pengguna untuk lebih jelasnya.

--terbesar Tumpang Tindih
Tetapkan pembacaan ke fitur meta/fitur yang memiliki jumlah tumpang tindih terbesar
pangkalan.

--minTumpang tindih
Tentukan jumlah minimum basis tumpang tindih yang diperlukan antara pembacaan dan a
meta-fitur/fitur tempat pembacaan ditetapkan. 1 secara default.

--baca2pos <5:3>
Kurangi bacaan menjadi 5' paling dasar atau 3' paling dasar. Baca penghitungan kemudian dilakukan
berdasarkan basis tunggal pembacaan dikurangi menjadi.

--bacaEkstensi5 Bacaan diperpanjang ke hulu oleh dasar dari mereka
5' akhir.

--bacaEkstensi3 Bacaan diperpanjang ke hulu oleh dasar dari mereka
3' akhir.

--pecahan
Gunakan hitungan pecahan 1/n, alih-alih 1 (satu) hitungan, untuk setiap penyelarasan yang dilaporkan
dari pembacaan multi-pemetaan dalam penghitungan baca. n adalah jumlah total keberpihakan yang dilaporkan
untuk pembacaan multi-pemetaan. Opsi ini harus digunakan bersama dengan opsi '-M'.

--utama
Hitung keberpihakan utama saja. Penjajaran utama diidentifikasi menggunakan bit 0x100 in
Bidang SAM/BAM FLAG.

--abaikanDup
Abaikan pembacaan duplikat dalam penghitungan pembacaan. Bacaan duplikat diidentifikasi menggunakan bit
Ox400 di bidang BAM/SAM FLAG. Seluruh pasangan baca diabaikan jika salah satu bacaan adalah
pembacaan duplikat untuk data akhir yang dipasangkan.

--countSplitAlignmentsOnly Hitung keberpihakan terpisah saja (mis. penyelarasan dengan
String CIGAR berisi `N'). Contoh perataan split adalah pembacaan ekson-spanning
dalam data RNA-seq.

-p Hitung fragmen (pasangan baca) alih-alih bacaan individual. Untuk setiap pasangan baca,
dua pembacaan harus berdekatan satu sama lain dalam input BAM/SAM.

-P Periksa validitas jarak ujung berpasangan saat menghitung pasangan baca. Menggunakan -d dan -D untuk
menetapkan ambang batas.

-d
Panjang fragmen/templat minimum, 50 secara default.

-D
Panjang fragmen/templat maksimum, 600 secara default.

-B Hitung pasangan baca yang kedua ujungnya berhasil disejajarkan saja.

-S
Tentukan orientasi dua bacaan dari pasangan yang sama, 'fr' secara default
(maju/mundur).

-C Jangan hitung pasangan baca yang kedua ujungnya dipetakan ke kromosom yang berbeda
atau pemetaan ke kromosom yang sama tetapi pada untaian yang berbeda.

--jangan sortir
Jangan mengurutkan bacaan dalam input BAM/SAM. Perhatikan bahwa membaca dari pasangan yang sama diperlukan
untuk ditempatkan bersebelahan di input.

--maksMOp
Jumlah maksimum operasi 'M' yang diizinkan dalam string CIGAR . 10 secara default. Keduanya
'X' dan '=' diperlakukan sebagai 'M' dan operasi 'M' yang berdekatan digabungkan dalam CIGAR
String.

Gunakan featureCounts online menggunakan layanan onworks.net