formatdb - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

formatdb - memformat database protein atau nukleotida untuk BLAST

RINGKASAN

formatdb [-] [-B nama file] [-F nama file] [-L nama file] [-T nama file] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i nama file] [-l nama file] [-n str] [-o] [-p F] [-s] [-t str] [-v N]

DESKRIPSI

formatdb harus digunakan untuk memformat basis data sumber protein atau nukleotida sebelum
database ini dapat dicari dengan blastall, blastpgp atau MegaBLAST. Basis data sumber
mungkin dalam format FASTA atau ASN.1. Meskipun format FASTA paling sering digunakan sebagai
masukan ke formatdb, penggunaan ASN.1 menguntungkan bagi mereka yang menggunakan ASN.1 sebagai
sumber umum untuk format lain seperti laporan GenBank. Setelah file database sumber
telah diformat oleh formatdb itu tidak dibutuhkan oleh BLAST. Harap dicatat bahwa jika Anda
akan menerapkan pembaruan berkala ke database BLAST Anda menggunakan menggabungkan(1), Anda perlu
menyimpan file database sumber.

PILIHAN

Ringkasan opsi disertakan di bawah ini.

- Cetak pesan penggunaan

-B nama file
Gifile biner yang dihasilkan dari Gifile yang ditentukan oleh -F. Opsi ini menentukan
nama file daftar GI biner. Opsi ini harus digunakan dengan -F pilihan. A
teks daftar GI dapat ditentukan dengan -F opsi dan -B pilihan akan menghasilkan
daftar GI itu dalam format biner. File biner lebih kecil dan BLAST tidak perlu
untuk mengubahnya, sehingga dapat dibaca lebih cepat.

-F nama file
Gifile (file yang berisi daftar gi) untuk digunakan dengan -B or -L

-L nama file
Buat file alias bernama nama file, membatasi urutan yang dicari ke yang
ditentukan oleh -F.

-T nama file
Atur ID taksonomi di ASN.1 deflines sesuai dengan tabel di nama file.

-V Verbose: periksa id string yang tidak unik di database

-a File input adalah database dalam format ASN.1 (jika tidak, diharapkan FASTA)

-b Basis data ASN.1 adalah biner (berlawanan dengan teks ASCII)

-e Input adalah entri Seq. Basis data ASN.1 sumber (baik teks ascii atau biner) mungkin:
berisi Bioseq-set atau hanya satu Bioseq. Dalam kasus terakhir -e harus disediakan.

-i nama file
File masukan untuk pemformatan

-l nama file
Nama file log (default = formatdb.log)

-n str Nama dasar untuk file BLAST (default ke nama file FASTA asli)

-o Parsing SeqID dan buat indeks. Jika database sumber dalam format FASTA,
pengidentifikasi basis data dalam garis definisi FASTA harus mengikuti konvensi
Format Garis Batas FASTA.

-p F Input adalah nukleotida, bukan protein.

-s Indeks hanya berdasarkan aksesi, bukan berdasarkan lokus. Ini sangat berguna untuk rangkaian urutan
seperti EST di mana nama aksesi dan lokus identik. Formatdb berjalan
lebih cepat dan menghasilkan file sementara yang lebih kecil jika opsi ini digunakan. Hal ini sangat
direkomendasikan untuk EST, STS, GSS, dan HTGS.

-t str Judul untuk file database [String]

-v N Pisahkan file FASTA besar menjadi `volume' ukuran N juta huruf (4000 by
bawaan). Sebagai bagian dari pembuatan volume, formatdb menulis tipe baru BLAST
file database, disebut file alias, dengan ekstensi `nal' atau `pal'.

Gunakan formatdb online menggunakan layanan onworks.net